發(fā)布時(shí)間：2020-05-08 08:15

【摘要】：結(jié)直腸癌(Colorectal cancer,CRC)包括結(jié)腸癌(Colon cancer,CC)和直腸癌(Rectal cancer,RC)。近年來(lái),CRC在中國(guó)的發(fā)病率和死亡率呈逐年上升趨勢(shì),嚴(yán)重危害人類(lèi)健康,防治工作刻不容緩。但目前CRC的病因尚未明確,主要認(rèn)為是環(huán)境和遺傳因素共同作用的結(jié)果。作為基因組變異中最常見(jiàn)的一種形式,單核苷酸多態(tài)性(Single nucleotide polymorphism,SNP)是指在基因組水平上由單個(gè)核苷酸變異所引起的DNA序列多態(tài)性。研究顯示SNP與CRC的發(fā)生發(fā)展、治療和預(yù)后相關(guān)。本研究結(jié)合國(guó)內(nèi)外研究進(jìn)展,應(yīng)用NCBI的dbSNP數(shù)據(jù)庫(kù),選擇可能與CRC發(fā)生發(fā)展相關(guān),影響基因轉(zhuǎn)錄、翻譯或蛋白活性等生物學(xué)功能,并且在中國(guó)漢族人群中次要等位基因頻率(Minor allele frequency,MAF)20%的7個(gè)SNPs開(kāi)展研究,分別是錯(cuò)配修復(fù)基因SNP:MLH1 rs1800734、MSH2 rs3732183,代謝酶基因SNP:UGT1A1rs3755319、GSTM3 rs7483、DPYD rs1801159以及轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白基因SNP:ABCG2 rs2231137、rs2231142。通過(guò)病例-對(duì)照設(shè)計(jì),采用TaqMan-MGB探針PCR法對(duì)樣本進(jìn)行候選SNPs基因分型,在中國(guó)漢族人群中研究候選SNPs的分布,結(jié)合人群信息,應(yīng)用非條件Logistic回歸模型分析候選SNPs與CRC發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)及臨床病理參數(shù)相關(guān)性,期望在中國(guó)漢族人群中找出與CRC發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)和可能提示疾病進(jìn)展情況的候選SNPs,為我國(guó)CRC防治工作提供理論基礎(chǔ)。本研究共收集690例CRC病例和431名健康對(duì)照的外周血樣本及個(gè)人資料。其中CRC組男性427例,女性263例,平均年齡57.83±11.64歲;對(duì)照組男性154例,女性277例,平均年齡60.19±11.92歲。病例組與對(duì)照組中性別和年齡有差異(P0.05),可能成為混雜因素,因此在之后的統(tǒng)計(jì)分析中對(duì)性別和年齡進(jìn)行校正和分層。其中年齡分層依據(jù)參考文獻(xiàn)和本研究對(duì)照組的平均年齡,分成≤60歲(低齡人群)和60歲(高齡人群)兩組。依次分析候選SNPs與CRC發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)及臨床病理參數(shù)的相關(guān)性,具體結(jié)果如下:1.錯(cuò)配修復(fù)基因SNP與CRC發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)的相關(guān)性研究1)分析MLH1 rs1800734發(fā)現(xiàn):GG基因型攜帶者患CRC的風(fēng)險(xiǎn)顯著增加(GG vs.AA+GA:OR_(adj)=1.440,95%CI:1.021-2.032,P_(adj)=0.038),分層分析顯示其主要與直腸癌和高齡人群CRC風(fēng)險(xiǎn)增加有關(guān)(GG vs.AA+GA:OR_(adj)=1.561,95%CI:1.046-2.329,P_(adj)=0.029;OR_(adj)=1.800,95%CI:1.110-2.921,P_(adj)=0.017);與CRC臨床病理參數(shù)的相關(guān)性分析發(fā)現(xiàn)攜帶GA和GG基因型患者與中高分化有關(guān)(GA+GG vs.AA:OR_(adj)=0.582,95%CI:0.415-0.817,P_(adj)=0.002),主要與低齡和男性患者中高分化有關(guān)(GA+GG vs.AA:OR_(adj)=0.430,95%CI:0.270-0.685,P_(adj)0.001;OR_(adj)=0.490,95%CI:0.319-0.753,P_(adj)=0.001);且男性GA和GG基因型攜帶患者腫瘤尺寸較小(4cm)(GA+GG vs.AA:OR_(adj)=0.520,95%CI:0.315-0.858,P_(adj)=0.010)。綜上,MLH1 rs1800734與CRC發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)有關(guān),主要與直腸癌和高齡人群CRC風(fēng)險(xiǎn)相關(guān),GA和GG基因型攜帶者疾病惡性程度較低,進(jìn)展較慢。2)分析MSH2 rs3732183發(fā)現(xiàn):MSH2 rs3732183與CRC的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)無(wú)關(guān)(P_(adj)0.05),但MSH2rs3732183與腫瘤分化程度相關(guān),男性GA和GG基因型攜帶者呈現(xiàn)腫瘤中高分化(GA+GGvs.AA:OR_(adj)=0.621,95%CI:0.406-0.948,P_(adj)=0.028),提示疾病惡性程度較低。2.代謝酶基因SNP與CRC發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)的相關(guān)性研究1)分析UGT1A1 rs3755319發(fā)現(xiàn):本研究首次分析UGT1A1 rs3755319與CRC發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)性,但未發(fā)現(xiàn)二者具有明顯相關(guān)性(P_(adj)0.05)。進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn),攜帶GT和GG基因型患者腫瘤尺寸較小(GT+GG vs.TT:OR_(adj)=0.648,95%CI:0.454-0.927,P_(adj)=0.018),分層分析顯示主要是攜帶GT和GG基因型的男性和高齡患者腫瘤尺寸較小(GT vs.TT:OR_(adj)=0.562,95%CI:0.348-0.905,P_(adj)=0.018;GT+GG vs.TT:OR_(adj)=0.563,95%CI:0.330-0.959,P_(adj)=0.034)。提示GT和GG基因型攜帶者疾病進(jìn)展較慢。2)分析GSTM3 rs7483發(fā)現(xiàn):本研究首次發(fā)現(xiàn)GSTM3 rs7483 GG基因型攜帶者可顯著增加男性CRC發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)(GG vs.AA+GA:OR_(adj)=3.668,95%CI:1.101-12.217,P_(adj)=0.034);攜帶GG基因型患者與I、II分期相關(guān)(GG vs.AA+GA:OR_(adj)=0.466,95%CI:0.261-0.834,P_(adj)=0.010),分層分析顯示主要與高齡患者I、II分期有關(guān)(GG vs.AA+GA:OR_(adj)=0.321,95%CI:0.126-0.821,P_(adj)=0.018);低齡GA和GG基因型攜帶者腫瘤尺寸較小(GA+GG vs.AA:OR_(adj)=0.576,95%CI:0.356-0.932,P_(adj)=0.025)。綜上,GSTM3 rs7483與男性CRC風(fēng)險(xiǎn)有關(guān),攜帶GG基因型患者多位于疾病早期且腫瘤尺寸較小,提示其疾病進(jìn)展較慢。3)分析DPYD rs1801159發(fā)現(xiàn):未發(fā)現(xiàn)DPYD rs1801159與CRC發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)(P_(adj)0.05);但攜帶AG和GG基因型患者與低分化腫瘤有關(guān)(AG+GG vs.AA:OR_(adj)=1.398,95%CI:1.004-1.946,P_(adj)=0.047),分層分析顯示主要與低齡患者和女性患者的低分化有關(guān)(AG+GG vs.AA:OR_(adj)=1.775,95%CI:1.132-2.785,P_(adj)=0.012;OR_(adj)=2.092,95%CI:1.218-3.595,P_(adj)=0.008);此外還發(fā)現(xiàn)高齡患者中AG和GG基因型攜帶者腫瘤尺寸較大(≥4cm)(AG+GG vs.AA:OR_(adj)=1.775,95%CI:1.034-3.046,P_(adj)=0.037)。因此,DPYDrs1801159 AG和GG基因型攜帶者疾病惡性程度較高,腫瘤尺寸較大,提示疾病進(jìn)展較快。3.轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白基因SNP與CRC發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)的相關(guān)性研究1)分析ABCG2 rs2231137發(fā)現(xiàn):ABCG2 rs2231137與CRC發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)無(wú)關(guān)(P_(adj)0.05);但攜帶AA基因型的低齡患者與I、II期腫瘤相關(guān)(AA vs.GG+GA:OR_(adj)=0.326,95%CI:0.162-0.654,P_(adj)=0.002);攜帶GA和AA基因型女性或高齡患者與腫瘤低分化相關(guān)(GA+AA vs.GG:OR_(adj)=1.733,95%CI:1.004-2.992,P_(adj)=0.048;AA vs.GG+GA:OR_(adj)=2.682,95%CI:1.089-6.602,P_(adj)=0.032)。提示ABCG2 rs2231137對(duì)不同人群的疾病進(jìn)展影響不同。2)分析ABCG2 rs2231142發(fā)現(xiàn):ABCG2 rs2231142 AA基因型攜帶者與男性CRC風(fēng)險(xiǎn)降低有關(guān)(AA vs.CC+CA:OR_(adj)=0.470,95%CI:0.268-0.826,P_(adj)=0.009);未發(fā)現(xiàn)ABCG2rs2231142與CRC臨床進(jìn)展有關(guān)(P_(adj)0.05)。3)分析ABCG2 rs2231137和rs2231142單體型發(fā)現(xiàn):ABCG2 rs2231137和rs2231142的Lewontin系數(shù)D’=0.97,存在較強(qiáng)LD;主要存在3種單體型:GA、AC和GC,但單體型與CRC發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)無(wú)顯著相關(guān)性(P0.05)。綜上所述,中國(guó)漢族人群的錯(cuò)配修復(fù)基因、代謝酶基因、轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白基因SNP可能與CRC發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)和進(jìn)展情況有關(guān),研究為我國(guó)CRC的防治工作提供理論基礎(chǔ)。
【圖文】：

arcinoma 642(93.0) - 48(7.0) - tion(adenocarcinoma) moderate 427(66.5) - 215(33.5) - e (cm)a188(34.6) - 356(65.4) - e 189(27.4) - 501(72.6) - 腫瘤大小數(shù)據(jù)量檢驗(yàn)測(cè)所提取的全血 DNA 的濃度、純度及完整性評(píng)價(jià) DN為 30.0 - 77.1 ng/μL，1.7 < OD260/OD280 < 1.9。瓊脂糖呈穩(wěn)定、單一、清晰的 DNA 亮帶，無(wú)拖尾現(xiàn)象（見(jiàn)圖量較好，符合 PCR 實(shí)驗(yàn)要求，，可用于后續(xù)實(shí)驗(yàn)。

東南大學(xué)碩士學(xué)位論文2.3 TaqMan-MGB 探針 PCR 法對(duì) MLH1 rs1800734 基因分型的結(jié)果本研究設(shè)計(jì)的 MLH1 rs1800734 的探針，F(xiàn)AM 對(duì)應(yīng)“G”，HEX 對(duì)應(yīng)“A”。故只有 HEX擴(kuò)增信號(hào)，無(wú) FAM 擴(kuò)增信號(hào)為 AA 基因型；同時(shí)有 HEX 和 FAM 擴(kuò)增信號(hào)為 GA 基因型；只有 FAM 擴(kuò)增信號(hào)而無(wú) HEX 擴(kuò)增信號(hào)為 GG 基因型。見(jiàn)圖 1-1-2。
【學(xué)位授予單位】：東南大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2018
【分類(lèi)號(hào)】：R735.34

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