本文選題：結腸癌 + 長鏈非編碼RNA�。� 參考：《中國人民解放軍醫(yī)學院》2015年博士論文

【摘要】：結腸癌是我國常見的惡性腫瘤,因發(fā)病隱匿,進展迅速,多數(shù)病人就診時已處于晚期。在全世界范圍內,每年超過12萬人診斷為結腸癌,死亡率超過33%,嚴重威脅人類健康。結腸癌的發(fā)生是個復雜的過程,包含了遺傳學及表觀遺傳學變化,闡明腫瘤發(fā)生及進展的分子機制,進而尋找早期診斷,預后判斷及治療療效評估的新的分子標記物,具有重要意義。長鏈非編碼RNA是長度超過200nt,無蛋白編碼能力的RNA分子,可定位于細胞漿或細胞核。長鏈非編碼RNA多由RNA聚合酶Ⅱ轉錄,但沒有開放閱讀框,具有和編碼蛋白基因相似的表觀遺傳學特征,如在轉錄起始位點有H3K4me3,轉錄區(qū)有H3K36me3的結合。根據(jù)GENCODE V19報道,人類基因組中含有多達13870個長鏈非編碼RNA基因,產生超過23898條lncRNA。長鏈非編碼RNA參與調節(jié)多個過程,其表達和功能異�？蓪е露喾N疾病,包括腫瘤。長鏈非編碼RNA在腫瘤中可發(fā)揮癌基因或抑癌基因的功能,參與調控腫瘤的增殖,轉移,自噬,凋亡等多個方面。已有文獻報道,多種長鏈非編碼RNA的異常和結腸癌的進展密切相關。雖然有些腫瘤相關的長鏈非編碼RNA在不同的腫瘤中有類似的表達和功能,但部分長鏈非編碼RNA存在腫瘤的特異性,需要描繪結腸癌特異的長鏈非編碼RNA表達譜,并篩選新的結腸癌特異表達的長鏈非編碼RNA,以期發(fā)現(xiàn)結腸癌診斷和治療的新的標記物。在本課題中,我們收集了3例結腸癌組織樣本及對應的正常組織,病理學分析確認組織類型。分別提取了RNA,質檢合格后應用Agilent Human lncRNA Microarray。在完成基因芯片制作后進行了原始分析,分別采用箱線圖、矩陣圖、主成分分析圖-PCA進行芯片質量評估,驗證芯片質量合格后,對基因芯片數(shù)據(jù)進行了差異篩選和分析,共發(fā)現(xiàn)了2377個差異mRNA和4315個差異lncRNA,其中上調的mRNA 1461個,下調的mRNA916個,上調的lncRNA2137個,下調的lncRNA2178個,結果顯示lncRNA在正常結腸組織樣本和結腸癌組織樣本中存在明顯的差異表達。采用生物信息學、數(shù)學建模的方法,對正常結腸組織樣本和結腸癌樣本中差異表達的lncRNA進行分析,具體包括：1、GO分析和KEGG分析；2、lncRNA和mRNA共表達分析；3、lncRNA cis基因共表達分析；4、lncRNA與其臨近編碼基因的基因組共表達分析,來預測差異lncRNA可能影響的生物學通路。結果顯示差異的lncRNA參與結腸癌的多種生物學過程,如腫瘤的代謝,血管生成,腫瘤的浸潤轉移,細胞凋亡等。差異表達的lncRNA可以通過GABPA、MYC、ZEB1、MAX、TFAP2C、KAT2A、E2F4、SIN3A等轉錄因子來實現(xiàn)對靶基因的調控。通過實時定量PCR對差異基因進行驗證,發(fā)現(xiàn)和芯片結果完全一致。在本課題中,我們建立了結腸癌的長鏈非編碼RNA的差異表達譜,篩選到多條在結腸癌中異常表達的長鏈非編碼RNA,并通過生物信息學分析初步探討了其可能的分子機制。對特定的兩個lncRNA進行了驗證,確定其在腫瘤中的高表達,為今后以lncRNA為切入點的結腸癌診斷和治療奠定了基礎。
[Abstract]:Long - chain non - coding RNA is a complex process . It can be used to regulate the proliferation , metastasis , autophagy and apoptosis of colon cancer . The expression of lncRNA in normal colon tissue samples and colon cancer tissue samples was analyzed by bioinformatics and mathematical modeling .
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本文編號：1803660