一種基于基因組甲基化探針的肺腺癌診斷模型
本文選題:肺腺癌 + 早期診斷; 參考:《復旦學報(自然科學版)》2017年06期
【摘要】:由于肺腺癌早期病征不夠明顯,傳統(tǒng)的檢測方法難以達到早期臨床診斷的要求.目前,基于甲基化分子標記進行癌癥的早期診斷則展現(xiàn)出很好的發(fā)展前景.本研究在訓練集中篩選出在肺腺癌與正常樣本中甲基化差異度最大的10個甲基化探針,并基于此構建廣義線性診斷模型,同時引入Lasso方法進行模型的變量選擇.最終得到由4個探針(分別對應于基因TRIM58、HOXA9、HOXB4、PRAC)作為變量的診斷模型,并提供了合理的分類閾值區(qū)間.在3個測試集使用該模型都表現(xiàn)出很好的診斷效果,ROC曲線的AUC均在0.99以上.
[Abstract]:Because the early symptoms of lung adenocarcinoma are not obvious, the traditional detection method is difficult to meet the requirements of early clinical diagnosis.At present, the early diagnosis of cancer based on methylation molecular marker shows a good prospect.In this study, 10 methylation probes with the largest methylation difference between lung adenocarcinoma and normal samples were screened in the training set, and a generalized linear diagnostic model was constructed based on this, and the variable selection of the model was carried out by introducing the Lasso method.Finally, a diagnostic model with four probes (corresponding to the gene TRIM58, HOXA9, HOXB4 / PRAC) as variable was obtained, and a reasonable threshold range was provided.The AUC of the three test sets using this model showed good diagnostic effect and the ROC curve was above 0.99.
【作者單位】: 復旦大學生命科學學院生物統(tǒng)計學與計算生物學系;
【基金】:教育部博士點專項科研基金(博導類)(20120071110018)
【分類號】:R734.2
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