本文選題：滑膜肉瘤　切入點(diǎn)：分子生物學(xué)　出處：《中華腫瘤防治雜志》2017年10期

【摘要】：目的滑膜肉瘤(synovial sarcoma,SS)是一種來(lái)源不明的軟組織惡性腫瘤,臨床上較少見(jiàn)。隨著分子生物學(xué)的不斷發(fā)展,從分子層面了解滑膜肉瘤并發(fā)現(xiàn)其相關(guān)生物學(xué)通路,以此尋找其治療靶點(diǎn)成為目前研究的熱點(diǎn)。本研究通過(guò)建立蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)預(yù)測(cè)滑膜肉瘤的生物學(xué)通路,以期發(fā)現(xiàn)其相關(guān)作用靶點(diǎn)。方法通過(guò)在線人類(lèi)孟德?tīng)栠z傳數(shù)據(jù)庫(kù)篩選出滑膜肉瘤相關(guān)基因,采用Cytoscape軟件和插件Agilent Literature Search進(jìn)行文本挖掘并建立滑膜肉瘤的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò);采用插件Clusterviz,發(fā)現(xiàn)網(wǎng)絡(luò)中可能包含的分子復(fù)合物;基于DAVID富集分子復(fù)合物的生物學(xué)通路。結(jié)果通過(guò)人類(lèi)孟德?tīng)栠z傳數(shù)據(jù)庫(kù)篩選出滑膜肉瘤相關(guān)基因有67個(gè);采用Cytoscape軟件挖掘出滑膜肉瘤相關(guān)蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)包含489個(gè)節(jié)點(diǎn)(蛋白質(zhì))和1 414條邊(相互作用關(guān)系);Clusterviz插件發(fā)現(xiàn)其可能包含6個(gè)分子復(fù)合物;通過(guò)DAVID對(duì)這6個(gè)分子復(fù)合物進(jìn)行富集,獲得其相關(guān)生物學(xué)通路,以錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率(false discovery rate,FDR)1為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,最終獲得分子復(fù)合物1有7條通路,分子復(fù)合物2有45條通路。分子復(fù)合物3、4、5和6的細(xì)胞通路FDR值均1,差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。結(jié)論分子復(fù)合物1主要與p53信號(hào)通路及細(xì)胞因子調(diào)節(jié)有關(guān),且與膀胱癌有相關(guān)性;分子復(fù)合物2涉及通路較多,說(shuō)明滑膜肉瘤的發(fā)生是一個(gè)受多種細(xì)胞通路、多基因構(gòu)成的網(wǎng)絡(luò)協(xié)同調(diào)控的復(fù)雜過(guò)程。
[Abstract]:Objective synovial sarcomaosarcoma (SSS) is a kind of soft tissue malignant tumor of unknown origin, which is rarely seen in clinic. With the development of molecular biology, the molecular level of synovial sarcoma is understood and its related biological pathway is discovered. In this study, protein interaction network was established to predict the biological pathway of synovial sarcoma. Methods the genes related to synovial sarcoma were screened by online human Mendelian genetic database, and text mining was carried out by Cytoscape software and plug-in Agilent Literature Search, and protein interaction network of synovial sarcoma was established. Molecular complexes may be found in the network and biological pathways based on DAVID enriched molecular complexes. Results 67 genes related to synovial sarcoma were screened by human Mendelian genetic database. The synovial sarcoma-associated protein interaction network was found to contain 489 nodes (proteins) and 1,414 edges by Cytoscape software. The six molecular complexes were enriched by DAVID and their biological pathways were obtained. The difference of false discovery rateFDR1 was statistically significant, and the molecular complex 1 had 7 pathways. There were 45 pathways in molecular complex 2 and 1 in cell pathway of molecular complex 3, 4, 5 and 6, with no significant difference. Conclusion Molecular complex 1 is mainly related to p53 signaling pathway and cytokine regulation, and is related to bladder cancer. [WT5HZ] [WT5BZ] [WT5BZ] [WT5BZ] [WT5 "HZ]. Molecular complex 2 is involved in many pathways, indicating that synovial sarcoma is a complex process controlled by a network of multiple cellular pathways and multiple genes.
【作者單位】： 濰坊醫(yī)學(xué)院臨床醫(yī)學(xué)院;濰坊市中醫(yī)院腫瘤中心;山東中醫(yī)藥大學(xué)研究生院;
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金面上項(xiàng)目(81673799)
【分類(lèi)號(hào)】：R738.5

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本文編號(hào)：1693986