本文關(guān)鍵詞： 前列腺癌 基因表達譜 生物信息學(xué)　出處：《安徽醫(yī)科大學(xué)學(xué)報》2017年02期 　論文類型：期刊論文

【摘要】：目的利用生物信息學(xué)方法分析前列腺癌基因表達譜芯片,研究前列腺癌差異表達基因的功能及調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。方法采用GEO數(shù)據(jù)庫中獲取的前列腺癌基因表達譜芯片數(shù)據(jù),利用R軟件及affy、limma、pheatmap、ggplot2等R軟件包進行數(shù)據(jù)挖掘及生物信息學(xué)分析。結(jié)合生物信息學(xué)工具DAVID、Gene MANIA對差異表達基因及其調(diào)控網(wǎng)絡(luò)進行分析。結(jié)果共篩選出前列腺癌與癌旁組織差異表達基因56個,表達上調(diào)15個,表達下調(diào)41個,前列腺癌與癌旁組織的差異表達基因被富集到不同的子集。其中cav1、slc16a2、cav2、slc16a5、magi2、ptrf、pdlim5、lmod1、abcc6等9個基因被富集到"細胞功能"分類下的"細胞膜組分"子集中,其中cav1、cav2、ptrf影響細胞膜內(nèi)陷囊狀結(jié)構(gòu)的功能,可能在前列腺癌發(fā)生發(fā)展中發(fā)揮重要作用。結(jié)論前列腺癌與癌旁組織的差異表達基因之間存在復(fù)雜的調(diào)控網(wǎng)絡(luò),生物信息學(xué)可以從中提取有效信息,為前列腺癌分子機制研究提供思路及數(shù)據(jù)基礎(chǔ)。
[Abstract]:Objective to analyze the gene expression microarray of prostate cancer by bioinformatics, and to study the function and regulatory network of differentially expressed genes in prostate cancer. Methods the microarray data of prostate cancer gene expression were obtained from GEO database. The data mining and bioinformatics analysis were carried out by using R software and R software package, such as affyrium limma pheatmapggplot2. The differential expression genes and their regulatory networks were analyzed by using the bioinformatics tool DAVIDGene MANIA. The results showed that prostate cancer and adjacent cancer groups were selected together. There are 56 differentially expressed genes. There were 15 up-regulated genes and 41 down-regulated genes in prostate cancer and paracancerous tissues. Among them, 9 genes, such as cav1sslc16a2cav2slc16a5, magi2ptrfptrfptrftol mod 1abcc6, were enriched into the "cell membrane subgroup" subsets under the classification of "cell function". Cav1Cav2Ptrf may play an important role in the pathogenesis and development of prostate cancer. Conclusion there is a complex regulatory network between the differentially expressed genes in prostate cancer and paracancerous tissues. Bioinformatics can extract effective information from it and provide ideas and data basis for the study of molecular mechanism of prostate cancer.
【作者單位】： 安徽醫(yī)科大學(xué)深圳臨床學(xué)院(深圳市第二人民醫(yī)院);深圳市第二人民醫(yī)院泌尿外科;深圳大學(xué)附屬羅湖醫(yī)院泌尿外科;
【基金】：國家重點基礎(chǔ)研究發(fā)展計劃(973計劃)項目(編號:2014CB745200) 國家自然科學(xué)基金(編號:81301740)
【分類號】：R737.25

【相似文獻】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 任永紅;張科;孫清嵐;王亞輝;莊遠紅;張亮;;高性價比寡核苷酸基因表達譜芯片的制備方法[J];中國醫(yī)藥生物技術(shù);2010年01期

2 夏永宏;基因表達譜芯片在腫瘤研究中的應(yīng)用[J];山西醫(yī)科大學(xué)學(xué)報;2002年06期

3 吳煜,楊宇飛,鄔冬華;薏苡仁脂抗腫瘤轉(zhuǎn)移反應(yīng)性基因與微矩陣芯片技術(shù)分析(英文)[J];中國臨床康復(fù);2005年22期

4 胡新華,楊軍,劉戈飛,張強;用基因表達譜芯片篩選原發(fā)性下肢靜脈曲張相關(guān)基因的研究[J];中華普通外科雜志;2004年05期

5 李曼;趙作偉;辛彥;;應(yīng)用基因表達譜芯片篩選胃腺癌相關(guān)基因[J];世界華人消化雜志;2006年07期

6 楊光,王躍建,譚家駒;一種能夠平行研究大量基因的新技術(shù)——基因芯片技術(shù)的原理與應(yīng)用[J];胃腸病學(xué)和肝病學(xué)雜志;2001年02期

7 朱利娜,馬文麗,毛向明,李 凌,馮春瓊,鄭文嶺;人胎盤基因表達譜芯片的初步研究[J];第一軍醫(yī)大學(xué)學(xué)報;2002年05期

8 張衛(wèi)東,樊慶福;生物芯片將給醫(yī)學(xué)帶來什么[J];上海生物醫(yī)學(xué)工程;2005年02期

9 顧春紅,陳芳源,滕曄,韓潔英,邵念賢,歐陽仁榮;應(yīng)用基因表達譜芯片研究硫化砷作用后K562細胞基因表達的變化[J];上海醫(yī)學(xué);2001年05期

10 王建軍,成軍,劉妍,楊倩,紀(jì)冬,黨曉燕,王春花;基因表達譜芯片篩選雙環(huán)醇作用HepG2細胞后的差異表達基因[J];世界華人消化雜志;2004年07期

相關(guān)會議論文 前7條

1 韋森;陳軍;劉紅雨;李永文;李穎;尤嘉琮;李洋;劉彬;祖玲玲;李雪冰;常銳;周清華;;EML4-ALK和BTG2基因在人肺癌中的生物學(xué)功能和臨床特征研究[A];第13屆全國肺癌學(xué)術(shù)大會論文匯編[C];2013年

2 王琦;李雪;劉彥;朱志兵;薛英威;傅松濱;;應(yīng)用基因表達譜芯片研究胃癌基因表達譜[A];中國的遺傳學(xué)研究——中國遺傳學(xué)會第七次代表大會暨學(xué)術(shù)討論會論文摘要匯編[C];2003年

3 裴軍;;用基因表達譜芯片研究腫瘤耐藥相關(guān)基因[A];中國生物化學(xué)與分子生物學(xué)會第八屆會員代表大會暨全國學(xué)術(shù)會議論文摘要集[C];2001年

4 石學(xué)敏;溫廷益;杜元灝;韓景獻;李平;樊小農(nóng);王舒;劉慶忠;董承超;劉旭;劉健;;老年性癡呆異常表達基因的篩選及芯片的研制[A];中醫(yī)藥優(yōu)秀論文選（下）[C];2009年

5 汪運山;;用基因表達譜芯片研究人正常胃和胃癌中與發(fā)育相關(guān)基因的價值[A];加入WTO和中國科技與可持續(xù)發(fā)展——挑戰(zhàn)與機遇、責(zé)任和對策（下冊）[C];2002年

6 冠瀟;李力;黎丹戎;阮和云;張瑋;;應(yīng)用基因表達譜芯片篩選卵巢癌淋巴結(jié)定向高轉(zhuǎn)移細胞系中差異性表達基因[A];中華醫(yī)學(xué)會第一屆全球華人婦產(chǎn)科學(xué)術(shù)大會暨第三次全國婦產(chǎn)科中青年醫(yī)師學(xué)術(shù)會議論文匯編[C];2007年

7 周美啟;周逸平;汪克明;;用基因表達譜芯片研究中醫(yī)經(jīng)脈-臟腑相關(guān)的機理[A];中國生理學(xué)會論文匯編2004年第六期[C];2004年

相關(guān)重要報紙文章 前1條

1 張建新邋王宇丹;我國將首次開發(fā)具有自主知識產(chǎn)權(quán)腫瘤基因表達譜芯片[N];大眾科技報;2008年

相關(guān)博士學(xué)位論文 前4條

1 董軻;哺乳類era基因在細胞周期調(diào)控中作用的研究[D];第四軍醫(yī)大學(xué);2005年

2 劉軒;基于目標(biāo)區(qū)域捕獲測序策略進行奶牛產(chǎn)奶性狀功能基因挖掘[D];中國農(nóng)業(yè)大學(xué);2014年

3 燕海潮;應(yīng)用基因表達譜芯片篩選胰腺癌病人外周血單個核細胞的腫瘤相關(guān)基因[D];浙江大學(xué);2006年

4 田素禮;應(yīng)用基因表達譜芯片探討Oxaliplatin誘導(dǎo)人結(jié)腸癌細胞凋亡分子機制的實驗研究[D];吉林大學(xué);2005年

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前4條

1 胡育前;全基因表達譜芯片在直腸癌新輔助放化療療效的分子標(biāo)志物篩選及預(yù)測研究[D];復(fù)旦大學(xué);2009年

2 李峰;應(yīng)用基因表達譜芯片篩選IgA腎病患者腎穿組織相關(guān)基因的研究[D];福建醫(yī)科大學(xué);2007年

3 魏龍剛;AGR2蛋白生物學(xué)功能和機制的初步研究[D];廈門大學(xué);2014年

4 閆記;HCV NS5A反式激活基因NS5ATP9對肝癌細胞生長的影響[D];廣西大學(xué);2008年

，

本文編號：1549451