本文關(guān)鍵詞：胃癌相關(guān)長(zhǎng)鏈非編碼RNA的篩選與分析

  更多相關(guān)文章： 胃癌 lnc RNAs 分子標(biāo)志群 高通量芯片 TUG1

【摘要】：目的:根據(jù)2015年的最新癌癥統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)表明,胃癌(GC)在我國(guó)的發(fā)病率及死亡率均處于第二位。雖然近年來(lái),我國(guó)在胃癌的診斷及治療上已經(jīng)取得了巨大的進(jìn)步,但大多數(shù)患者在確診時(shí)已處于晚期階段,失去了行根治性手術(shù)的機(jī)會(huì),即便進(jìn)行了手術(shù),甚至術(shù)后的輔助放化療、靶向及生物治療等,患者的復(fù)發(fā)率及轉(zhuǎn)移風(fēng)險(xiǎn)仍很高,進(jìn)展期胃癌患者的5年生存率僅為30%-50%,很可能是因?yàn)槲赴┚哂袠O強(qiáng)異質(zhì)性,其分子信號(hào)通路復(fù)雜,許多癌基因和抑癌基因的失調(diào)被認(rèn)為是導(dǎo)致胃癌形成的不可或缺的因素。在過(guò)去數(shù)十年里,短鏈非編碼RNA,尤其是mi RNAs的功能及作用機(jī)制得到了充分的闡明,而另一類興起的長(zhǎng)鏈非編碼RNA(lnc RNAs)近來(lái)被發(fā)現(xiàn)在包括胃癌在內(nèi)的多種人類疾病中也發(fā)揮著重要功能。隨著芯片及測(cè)序技術(shù)的飛速發(fā)展,胃癌相關(guān)分子標(biāo)志物得以不斷發(fā)掘。但大多數(shù)研究都著重于單個(gè)分子標(biāo)志物,其用以胃癌診斷和預(yù)測(cè)的可靠性欠佳。因此,本課題利用Human Lnc RNA Microarray建立胃癌相關(guān)lnc RNAs表達(dá)譜,對(duì)有潛在研究?jī)r(jià)值的lnc RNAs進(jìn)行了初步驗(yàn)證并對(duì)其臨床意義進(jìn)行了探討,從而為后續(xù)完善胃癌相關(guān)的“分子標(biāo)志群”,并基于胃癌分子標(biāo)志群建立“胃癌相關(guān)lnc RNAs診斷或預(yù)測(cè)模式”提供研究基礎(chǔ)。方法:針對(duì)5個(gè)有明確胃癌家族史的胃癌患者,利用高通量基因芯片系統(tǒng)性地檢測(cè)了配對(duì)的癌及癌旁組織中l(wèi)nc RNAs和m RNAs的表達(dá)情況,建立了lnc RNAs在胃癌中的差異表達(dá)譜。通過(guò)檢索文獻(xiàn)在表達(dá)譜中選出了3個(gè)可能有潛在功能的lnc RNAs在72對(duì)配對(duì)的胃癌及癌旁組織以及胃癌細(xì)胞株中運(yùn)用q RT-PCR進(jìn)行了驗(yàn)證,并進(jìn)一步對(duì)差異表達(dá)的m RNAs作了GO分析和Pathway分析。深入研究了上調(diào)的TUG1表達(dá)水平與胃癌患者臨床病理因素及預(yù)后的相關(guān)性,揭示其可能的臨床價(jià)值。結(jié)果:我們通過(guò)lnc RNA芯片篩選得到了胃癌癌及癌旁組織中差異表達(dá)的lnc RNA共3107個(gè),其中上調(diào)或下調(diào)超過(guò)2倍的lnc RNA分別為1300個(gè)和1807個(gè),上調(diào)或下調(diào)超過(guò)10倍的lnc RNA分別有50個(gè)和482個(gè)。結(jié)合文獻(xiàn)分析,選出了3個(gè)具有研究?jī)r(jià)值的Lnc RNAs:TUG1、HOTAIRM1、SNHG12,并分別在72對(duì)胃癌患者的配對(duì)組織以及胃癌細(xì)胞株中進(jìn)行定量檢測(cè),q RT-PCR結(jié)果與基因芯片的結(jié)果保持一致。對(duì)可靠的芯片結(jié)果中差異表達(dá)的m RNAs行GO分析顯示,有1898個(gè)上調(diào)m RNAs和1256個(gè)下調(diào)m RNAs富集于Biological Process;有1976個(gè)上調(diào)m RNAs和1349個(gè)下調(diào)m RNAs富集于Cellular Component;有1846個(gè)上調(diào)m RNAs和1223個(gè)下調(diào)m RNAs富集于Molecular Function。此外,KEGG Pathway分析結(jié)果顯示:有47條信號(hào)通路與上調(diào)表達(dá)的m RNAs相關(guān),12條信號(hào)通路與差異下調(diào)的m RNAs相關(guān)。相比于配對(duì)癌旁正常胃黏膜組織,lnc RNA TUG1在腫瘤組織中的表達(dá)顯著上調(diào),且與腫瘤浸潤(rùn)深度(P=0.002)、淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移(P=0.034)、遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移(P=0.029)、TNM分期(P=0.008)以及脈管內(nèi)有無(wú)癌栓(P=0.045)有關(guān)。Cox分析亦顯示:TUG1的表達(dá)水平(P=0.031)與淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移(P0.001)、脈管內(nèi)有癌栓形成(P0.001)、遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移(P=0.002)和TNM分期(P=0.039)共為影響胃癌患者OS的獨(dú)立危險(xiǎn)因素。結(jié)論:本研究通過(guò)lnc RNA芯片成功構(gòu)建了胃癌lnc RNA差異表達(dá)譜,利用q RT-PCR選取部分Lnc RNAs進(jìn)行初步驗(yàn)證,證實(shí)芯片可靠。其中,TUG1在胃癌組織中明顯高表達(dá),與患者的臨床病理資料及預(yù)后具有顯著相關(guān)性。因此,它很有可能成為“胃癌相關(guān)分子標(biāo)志群”中的新一員以發(fā)揮其臨床價(jià)值。
【關(guān)鍵詞】：胃癌 lnc RNAs 分子標(biāo)志群 高通量芯片 TUG1
【學(xué)位授予單位】：江蘇大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：R735.2
【目錄】：

• 摘要5-7
• Abstract7-11
• 英文縮略詞表11-15
• 1 引言15-21
• 2 材料和方法21-32
• 2.1 材料21-26
• 2.1.1 病例來(lái)源及臨床病理資料21
• 2.1.2 組織樣本21-24
• 2.1.2.1 用于lnc RNA芯片篩選的組織樣本21-22
• 2.1.2.2 用于q RT-PCR驗(yàn)證的組織樣本22-24
• 2.1.3 胃癌細(xì)胞株24-26
• 2.2 方法26-32
• 2.2.1 組織總RNA抽提26-27
• 2.2.2 RNA質(zhì)量檢測(cè)27-28
• 2.2.2.1 RNA濃度及純度的測(cè)定27-28
• 2.2.2.2 RNA完整性檢測(cè)28
• 2.2.3 Lnc RNA芯片雜交28
• 2.2.4 芯片洗滌與掃描28
• 2.2.5 芯片數(shù)據(jù)的采集及分析28-29
• 2.2.6 Lnc RNA q RT-PCR驗(yàn)證29-31
• 2.2.6.1 引物設(shè)計(jì)29-30
• 2.2.6.2 Lnc RNA逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)30
• 2.2.6.3 Lnc RNA q RT-PCR反應(yīng)30-31
• 2.2.6.4 分析熒光定量結(jié)果31
• 2.2.7 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法31-32
• 3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果32-60
• 3.1 總RNA的提取和質(zhì)控32-33
• 3.2 Lnc RNA芯片初篩結(jié)果:33-40
• 3.3 芯片結(jié)果在組織和細(xì)胞株中的q RT-PCR定量驗(yàn)證40-43
• 3.4 對(duì)芯片篩選結(jié)果中差異表達(dá)m RNAs的GO分析結(jié)果43-53
• 3.5 對(duì)芯片篩選結(jié)果中差異表達(dá)m RNAs的Pathway分析結(jié)果53-56
• 3.6 TUG1 的臨床意義56-60
• 3.6.1 72 例胃癌患者的臨床相關(guān)資料56
• 3.6.2 TUG1 的表達(dá)水平與臨床病理因素的相關(guān)性56-58
• 3.6.3 TUG1 的表達(dá)水平與胃癌患者預(yù)后的關(guān)系58-60
• 4 討論60-66
• 5 結(jié)論66-67
• 參考文獻(xiàn)67-76
• 致謝76-77
• 攻讀學(xué)位期間發(fā)表的文章77-79
• 綜述79-97
• 參考文獻(xiàn)89-97

【相似文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：1099835