本文關(guān)鍵詞：胃癌相關(guān)長鏈非編碼RNA的篩選與分析

  更多相關(guān)文章： 胃癌 lnc RNAs 分子標(biāo)志群 高通量芯片 TUG1

【摘要】：目的:根據(jù)2015年的最新癌癥統(tǒng)計數(shù)據(jù)表明,胃癌(GC)在我國的發(fā)病率及死亡率均處于第二位。雖然近年來,我國在胃癌的診斷及治療上已經(jīng)取得了巨大的進(jìn)步,但大多數(shù)患者在確診時已處于晚期階段,失去了行根治性手術(shù)的機會,即便進(jìn)行了手術(shù),甚至術(shù)后的輔助放化療、靶向及生物治療等,患者的復(fù)發(fā)率及轉(zhuǎn)移風(fēng)險仍很高,進(jìn)展期胃癌患者的5年生存率僅為30%-50%,很可能是因為胃癌具有極強異質(zhì)性,其分子信號通路復(fù)雜,許多癌基因和抑癌基因的失調(diào)被認(rèn)為是導(dǎo)致胃癌形成的不可或缺的因素。在過去數(shù)十年里,短鏈非編碼RNA,尤其是mi RNAs的功能及作用機制得到了充分的闡明,而另一類興起的長鏈非編碼RNA(lnc RNAs)近來被發(fā)現(xiàn)在包括胃癌在內(nèi)的多種人類疾病中也發(fā)揮著重要功能。隨著芯片及測序技術(shù)的飛速發(fā)展,胃癌相關(guān)分子標(biāo)志物得以不斷發(fā)掘。但大多數(shù)研究都著重于單個分子標(biāo)志物,其用以胃癌診斷和預(yù)測的可靠性欠佳。因此,本課題利用Human Lnc RNA Microarray建立胃癌相關(guān)lnc RNAs表達(dá)譜,對有潛在研究價值的lnc RNAs進(jìn)行了初步驗證并對其臨床意義進(jìn)行了探討,從而為后續(xù)完善胃癌相關(guān)的“分子標(biāo)志群”,并基于胃癌分子標(biāo)志群建立“胃癌相關(guān)lnc RNAs診斷或預(yù)測模式”提供研究基礎(chǔ)。方法:針對5個有明確胃癌家族史的胃癌患者,利用高通量基因芯片系統(tǒng)性地檢測了配對的癌及癌旁組織中l(wèi)nc RNAs和m RNAs的表達(dá)情況,建立了lnc RNAs在胃癌中的差異表達(dá)譜。通過檢索文獻(xiàn)在表達(dá)譜中選出了3個可能有潛在功能的lnc RNAs在72對配對的胃癌及癌旁組織以及胃癌細(xì)胞株中運用q RT-PCR進(jìn)行了驗證,并進(jìn)一步對差異表達(dá)的m RNAs作了GO分析和Pathway分析。深入研究了上調(diào)的TUG1表達(dá)水平與胃癌患者臨床病理因素及預(yù)后的相關(guān)性,揭示其可能的臨床價值。結(jié)果:我們通過lnc RNA芯片篩選得到了胃癌癌及癌旁組織中差異表達(dá)的lnc RNA共3107個,其中上調(diào)或下調(diào)超過2倍的lnc RNA分別為1300個和1807個,上調(diào)或下調(diào)超過10倍的lnc RNA分別有50個和482個。結(jié)合文獻(xiàn)分析,選出了3個具有研究價值的Lnc RNAs:TUG1、HOTAIRM1、SNHG12,并分別在72對胃癌患者的配對組織以及胃癌細(xì)胞株中進(jìn)行定量檢測,q RT-PCR結(jié)果與基因芯片的結(jié)果保持一致。對可靠的芯片結(jié)果中差異表達(dá)的m RNAs行GO分析顯示,有1898個上調(diào)m RNAs和1256個下調(diào)m RNAs富集于Biological Process;有1976個上調(diào)m RNAs和1349個下調(diào)m RNAs富集于Cellular Component;有1846個上調(diào)m RNAs和1223個下調(diào)m RNAs富集于Molecular Function。此外,KEGG Pathway分析結(jié)果顯示:有47條信號通路與上調(diào)表達(dá)的m RNAs相關(guān),12條信號通路與差異下調(diào)的m RNAs相關(guān)。相比于配對癌旁正常胃黏膜組織,lnc RNA TUG1在腫瘤組織中的表達(dá)顯著上調(diào),且與腫瘤浸潤深度(P=0.002)、淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移(P=0.034)、遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移(P=0.029)、TNM分期(P=0.008)以及脈管內(nèi)有無癌栓(P=0.045)有關(guān)。Cox分析亦顯示:TUG1的表達(dá)水平(P=0.031)與淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移(P0.001)、脈管內(nèi)有癌栓形成(P0.001)、遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移(P=0.002)和TNM分期(P=0.039)共為影響胃癌患者OS的獨立危險因素。結(jié)論:本研究通過lnc RNA芯片成功構(gòu)建了胃癌lnc RNA差異表達(dá)譜,利用q RT-PCR選取部分Lnc RNAs進(jìn)行初步驗證,證實芯片可靠。其中,TUG1在胃癌組織中明顯高表達(dá),與患者的臨床病理資料及預(yù)后具有顯著相關(guān)性。因此,它很有可能成為“胃癌相關(guān)分子標(biāo)志群”中的新一員以發(fā)揮其臨床價值。
【關(guān)鍵詞】：胃癌 lnc RNAs 分子標(biāo)志群 高通量芯片 TUG1
【學(xué)位授予單位】：江蘇大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：R735.2
【目錄】：

• 摘要5-7
• Abstract7-11
• 英文縮略詞表11-15
• 1 引言15-21
• 2 材料和方法21-32
• 2.1 材料21-26
• 2.1.1 病例來源及臨床病理資料21
• 2.1.2 組織樣本21-24
• 2.1.2.1 用于lnc RNA芯片篩選的組織樣本21-22
• 2.1.2.2 用于q RT-PCR驗證的組織樣本22-24
• 2.1.3 胃癌細(xì)胞株24-26
• 2.2 方法26-32
• 2.2.1 組織總RNA抽提26-27
• 2.2.2 RNA質(zhì)量檢測27-28
• 2.2.2.1 RNA濃度及純度的測定27-28
• 2.2.2.2 RNA完整性檢測28
• 2.2.3 Lnc RNA芯片雜交28
• 2.2.4 芯片洗滌與掃描28
• 2.2.5 芯片數(shù)據(jù)的采集及分析28-29
• 2.2.6 Lnc RNA q RT-PCR驗證29-31
• 2.2.6.1 引物設(shè)計29-30
• 2.2.6.2 Lnc RNA逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)30
• 2.2.6.3 Lnc RNA q RT-PCR反應(yīng)30-31
• 2.2.6.4 分析熒光定量結(jié)果31
• 2.2.7 統(tǒng)計學(xué)方法31-32
• 3 實驗結(jié)果32-60
• 3.1 總RNA的提取和質(zhì)控32-33
• 3.2 Lnc RNA芯片初篩結(jié)果:33-40
• 3.3 芯片結(jié)果在組織和細(xì)胞株中的q RT-PCR定量驗證40-43
• 3.4 對芯片篩選結(jié)果中差異表達(dá)m RNAs的GO分析結(jié)果43-53
• 3.5 對芯片篩選結(jié)果中差異表達(dá)m RNAs的Pathway分析結(jié)果53-56
• 3.6 TUG1 的臨床意義56-60
• 3.6.1 72 例胃癌患者的臨床相關(guān)資料56
• 3.6.2 TUG1 的表達(dá)水平與臨床病理因素的相關(guān)性56-58
• 3.6.3 TUG1 的表達(dá)水平與胃癌患者預(yù)后的關(guān)系58-60
• 4 討論60-66
• 5 結(jié)論66-67
• 參考文獻(xiàn)67-76
• 致謝76-77
• 攻讀學(xué)位期間發(fā)表的文章77-79
• 綜述79-97
• 參考文獻(xiàn)89-97

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中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 戴成雨;胃癌20例誤診分析[J];實用醫(yī)學(xué)雜志;2002年03期

2 李秋波,陶智慧,胡奎,韓智,馬勇;胃癌術(shù)前區(qū)域動脈灌注化療加手術(shù)聯(lián)合治療的療效觀察(附24例)[J];航空航天醫(yī)藥;2003年03期

3 倪海濱,毛振彪,黃介飛,肖明兵,季穎林,張彥亮,冒海蕾;血清可溶性細(xì)胞間粘附分子-1與胃癌臨床意義的研究[J];南通醫(yī)學(xué)院學(xué)報;2003年01期

4 邢亞莉;姚春霞;唐曉君;劉春梅;;彩超在胃癌診斷中的價值[J];基層醫(yī)學(xué)論壇;2007年17期

5 ;日本專家用新技術(shù)提高胃癌診斷準(zhǔn)確率[J];生物醫(yī)學(xué)工程與臨床;2009年02期

6 ;新技術(shù)能提高胃癌診斷準(zhǔn)確率[J];中華中醫(yī)藥學(xué)刊;2009年07期

7 高春光;;胃癌患者的臨床治療體會[J];中國民族民間醫(yī)藥;2009年14期

8 高瑞鳳;朱曄;劉興姣;;37例進(jìn)展期胃癌的超聲分析[J];中國實用醫(yī)藥;2010年25期

9 姜可偉;;規(guī)范全球第二大致死率疾病的診斷——《胃癌診斷標(biāo)準(zhǔn)》解讀[J];中國衛(wèi)生標(biāo)準(zhǔn)管理;2010年04期

10 張常華;何裕隆;詹文華;吳英;;多學(xué)科小組與胃癌診治[J];現(xiàn)代腫瘤醫(yī)學(xué);2011年06期

中國重要會議論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 武淑蘭;魏志杰;殷宇明;;胃癌致微血管病性溶血性貧血的診斷[A];第十一屆全國紅細(xì)胞疾病學(xué)術(shù)會議暨學(xué)習(xí)班論文匯編[C];2007年

2 丁濤;;超聲在診斷胃癌中的應(yīng)用[A];中國超聲醫(yī)學(xué)工程學(xué)會第三屆全國肌肉骨骼超聲醫(yī)學(xué)學(xué)術(shù)交流會論文匯編[C];2011年

3 陳曉康;呂國榮;蘇若瑟;;應(yīng)用彩色能量多普勒血流顯像對胃癌的診斷價值[A];慶祝中國超聲醫(yī)學(xué)工程學(xué)會成立20周年——第八屆全國超聲醫(yī)學(xué)學(xué)術(shù)會議論文匯編[C];2004年

4 于吉人;;胃癌的術(shù)前系統(tǒng)評估[A];2004年浙江省外科學(xué)學(xué)術(shù)年會論文匯編[C];2004年

5 楊軍樂;寧文德;董季平;徐敏;;多層螺旋CT在胃癌診斷中的應(yīng)用研究[A];中華醫(yī)學(xué)會第十三屆全國放射學(xué)大會論文匯編（下冊）[C];2006年

6 張曉鵬;;胃癌磁共振成像研究進(jìn)展[A];第四屆中國腫瘤學(xué)術(shù)大會暨第五屆海峽兩岸腫瘤學(xué)術(shù)會議教育集[C];2006年

7 張麗紅;常維平;黃賢會;;螺旋CT在特殊部位胃癌診斷中的應(yīng)用[A];中國醫(yī)師協(xié)會放射醫(yī)師分會首屆會員大會暨第四屆醫(yī)學(xué)影像山東論壇、山東省第16次放射學(xué)會議暨山東省第14屆醫(yī)學(xué)影像學(xué)學(xué)術(shù)研討會論文集[C];2007年

8 陳靜;;彩色多普勒超聲檢查在胃癌的應(yīng)用[A];中國超聲醫(yī)學(xué)工程學(xué)會第七屆全國腹部超聲學(xué)術(shù)會議學(xué)術(shù)論文匯編[C];2007年

9 劉池波;梁勇;王海寶;楊林軍;梁津逍;;胃癌患者中血清淀粉樣蛋白A的測定及臨床意義[A];第二屆中國醫(yī)學(xué)細(xì)胞生物學(xué)學(xué)術(shù)大會暨細(xì)胞生物學(xué)教學(xué)改革會議論文集[C];2008年

10 吳厚賓;;腹腔鏡在胃癌診治中的應(yīng)用進(jìn)展(綜述)[A];江西省第二屆胃腸外科學(xué)術(shù)會議暨江西省第十二次中西醫(yī)結(jié)合普通外科學(xué)術(shù)會議論文匯編[C];2012年

中國重要報紙全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 錢錚;新技術(shù)能提高胃癌診斷準(zhǔn)確率[N];中國中醫(yī)藥報;2009年

2 記者 陳青;胃癌患者從“存活”邁向“樂活”[N];文匯報;2010年

3 李楠;胃癌診斷敏感性從不足30%提高到57.4%[N];健康報;2008年

4 通訊員 李楠;胃癌“轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)”研究見成效[N];上�？萍紙�;2008年

5 記者 楚燕　通訊員 那偉 高樹灼;廈門胃癌研究達(dá)國際領(lǐng)先水平[N];廈門日報;2009年

6 胡德榮;新型胃癌分子標(biāo)志物研究獲突破[N];中國醫(yī)藥報;2010年

7 本報記者 周芳;改善飲食習(xí)慣 早發(fā)現(xiàn)早治療[N];吉林日報;2006年

8 中南大學(xué)湘雅二醫(yī)院 楊燕貽;胃癌防治有哪些錯誤觀念[N];大眾衛(wèi)生報;2005年

9 特約記者 程守勤;胃癌診斷又有新方法[N];家庭醫(yī)生報;2003年

10 重慶萬州 黃瓊;胃癌的手術(shù)治療[N];上海中醫(yī)藥報;2013年

中國博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 孫大志;基于microRNA 21的調(diào)控作用探討從痰論治胃癌的作用機制[D];中國人民解放軍醫(yī)學(xué)院;2012年

2 陳悅之;TNFAIP8在胃癌中的表達(dá)和對調(diào)節(jié)胃癌細(xì)胞增殖，，影響侵襲及遷移中的作用研究[D];山東大學(xué);2015年

3 殷繼鵬;腫瘤血管靶向肽GX1用于胃癌的分子影像研究[D];第四軍醫(yī)大學(xué);2015年

4 蔡習(xí)強;TFEB介導(dǎo)的自噬在胃癌耐藥中的作用及其機制研究[D];第四軍醫(yī)大學(xué);2015年

5 趙曉迪;microRNA-7調(diào)控胃癌惡性生物學(xué)行為的功能與分子機制研究[D];第四軍醫(yī)大學(xué);2015年

6 尚華;MicroRNA-125a在胃癌中表達(dá)水平的研究及其臨床意義[D];山東大學(xué);2015年

7 關(guān)中正;TGF-β在胃癌免疫逃逸中作用及機制研究[D];山東大學(xué);2015年

8 黃勇;AEG-1/MT qDH、NF-κB、MMP-9在胃癌中的表達(dá)及相關(guān)性的研究[D];山東大學(xué);2015年

9 謝黎明;胃癌中miR-124表達(dá)的意義及作用機制研究[D];南華大學(xué);2015年

10 劉佳寧;SOX9和CEACAM1在胃癌組織中表達(dá)及其對胃癌細(xì)胞增殖和轉(zhuǎn)移的影響[D];山東大學(xué);2015年

中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 徐海蓉;胃癌危險因素的流行病學(xué)研究[D];南京醫(yī)科大學(xué);2002年

2 張軍利;p27、PTEN與VEGF蛋白在胃癌組織中的表達(dá)及其意義[D];泰山醫(yī)學(xué)院;2014年

3 馬春婷;胃癌與幽門螺桿菌的相關(guān)性研究[D];石河子大學(xué);2015年

4 王士杰;腹腔鏡手術(shù)治療進(jìn)展期遠(yuǎn)端胃癌的臨床療效及患者術(shù)后隨訪生存質(zhì)量研究[D];中國人民解放軍醫(yī)學(xué)院;2015年

5 李浩;胃癌血清蛋白標(biāo)記物的篩選與鑒定[D];鄭州大學(xué);2015年

6 王巍;胃癌患者血液樣品的光譜分析[D];鄭州大學(xué);2015年

7 李玉博;高場磁共振在胃癌術(shù)前T分期與分級的價值[D];鄭州大學(xué);2015年

8 張?zhí)K鈺;SOX4和P53蛋白在胃癌組織中的表達(dá)及貞芪扶正膠囊對胃癌術(shù)后輔助治療作用的觀察[D];蘭州大學(xué);2015年

9 馬來陽;能譜CT成像在胃癌術(shù)前分期及分化程度評價中的應(yīng)用研究[D];蘭州大學(xué);2015年

10 侯向紅;HORMAD2在胃癌中的表達(dá)及對胃癌細(xì)胞增殖和凋亡的影響[D];蘭州大學(xué);2015年

本文編號：1099835