【摘要】：目的:探討遵義地區(qū)腸道病毒71型(Enterovirus 71,EV71)流行株的基因分型、變異及遺傳進化情況,從分子水平了解其流行病學特點,為該地區(qū)EV71型手足口病(Hand foot and mouth disease,HFMD)防治提供理論參考。方法:選取2013至2015年遵義地區(qū)220例HFMD住院患兒咽拭子為研究樣本,其中重癥病例樣本187例,普通病例樣本33例。通過對所有咽拭子進行病毒類型鑒定,篩選出EV71感染樣本進行病毒體外培養(yǎng),提取出病毒核酸,利用逆轉(zhuǎn)錄-聚合酶鏈反應(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)鑒定核酸類型;將EV71核酸利用RT-PCR及大腸桿菌質(zhì)粒進行分段擴增,擴增產(chǎn)物測序后利用生物信息學軟件依次進行序列編輯、拼接、比對、相似性分析及遺傳進化樹構建。結果:(1)檢出EV71情況:220例咽拭子樣本中,檢出EV71 105例(占47.7(4));187例重癥病例樣本中,檢出EV71 100例(占53.5(4));33例普通病例樣本中,檢出EV71 5例(占15.2(4))。(2)EV71全基因組分析:本研究獲得7株EV71毒株全基因組序列,長度均為7405 bp,編碼2193個氨基酸,毒株間10處氨基酸位點存在差異。(3)EV71遺傳進化分析:(1)7株EV71毒株間分別基于全基因組核苷酸、全基因組編碼氨基酸、VP1核苷酸及VP1氨基酸的相似性分析:7株EV71毒株的相似性非常高,在99(4)以上。(2)7株EV71毒株與柯薩奇病毒A組16型(Coxsackievirus A16,CVA16)及各型EV71參照株基于VP1區(qū)基因序列的相似性和進化樹分析:7株EV71毒株與各參照株間的相似性和遺傳距離差異明顯;其中與EV71參照株的相似性明顯高于CVA16參照株,遺傳距離明顯較CVA16參照株遠;同各型EV71參照株相比,與C基因型參照株相似性最高,遺傳距離最遠,其次依次為B、A基因型;C基因型中與C4a亞型參照株相似性最高,遺傳距離最遠。(3)7株EV71毒株與CVA16及各型EV71參照株基于5'非翻譯區(qū)(5'Untranslated Region,5'UTR)基因序列的相似性和進化樹分析:7株EV71毒株與EV71 C4a參照株的相似性最高,遺傳距離最遠,與EV71 A參照株相似性最低,遺傳距離最近。(4)7株EV71毒株與CVA16及各型EV71參照株基于全基因組序列的相似性和進化樹分析:7株EV71毒株與各參照株基于全基因組序列的相似性和遺傳距離差異不如VP1明顯;7株EV71毒株與EV71參照株的相似性較CVA16參照株稍高,遺傳距離稍遠;同各型EV71參照株相比,與B、C基因型參照株的相似性高于A基因型參照株,遺傳距離也較A基因型參照株遠;同B、C各基因亞型參照株的比較中,7株EV71毒株與C4a亞型參照株相似性最高,遺傳距離最遠,其次為C4b亞型參照株,與其它C亞型及各B亞型參照株的相似性及遺傳距離缺乏規(guī)律性。結論:EV71可能是遵義地區(qū)2013-2015年重癥HFMD患兒感染的主要病原體,其基因型為C4a亞型,與我國其它地區(qū)EV71流行株型別一致,暫未發(fā)現(xiàn)抗原轉(zhuǎn)變及新亞型毒株輸入,但毒株間存在散發(fā)變異;EV71遺傳進化研究以VP1基因序列為依據(jù)最為合理可靠。
【圖文】：

遵義醫(yī)學院碩士學位論文 茍恩進2.3 EV71全基因組序列分析(1) EV71全基因組結構EV71全基因組包括兩個非翻譯區(qū)（5′UTR和3′UTR）和1個開放閱讀框(OpenReading Frame,ORF)，ORF包括2A、2B、2C、3A、3B、3C、3D基因區(qū)域。ORF編碼1個多聚蛋白后可裂解形成P1、P2、P3三個前體蛋白，，其中P1進一步裂解為VP4、VP2、VP3、VP1結構蛋白（對應的編碼基因依次為1A、1B、1C、1D），P2裂解為2A、2B（又名VPg）、2C非結構蛋白（對應的編碼基因依次為2A、2B、2C），P3裂解為3A、3B、3C、3D非結構蛋白（對應的編碼基因依次為3A、3B、3C、3D）；AAAn為結合到3′UTR末端的病毒多聚腺苷酸尾結構；見圖6。

2.4.2 7 株 EV71 毒株與 CVA16 及各型 EV71 參照株分別基于 VP1、5'UTR 及全基因組基因序列的相似性分析(1) 7 株 EV71 毒株與 CVA16 及各型 EV71 參照株基于 VP1 基因序列的相似性分析7 株 EV71 毒株與各型 EV71 參照株的相似性（81.7 -98.5 ）明顯高于 CVA16參照株（63.2 -63.5 ，見圖 藍色框線）；同各型 EV71 參照株的比較中，與 C基因型參照株的相似性最高（87.4 -98.5 ），其次依次為 B 基因型參照株（83.3 -85.0 ）、A 基因型參照株(81.7 -82.0 )；同 EV71 C 基因型參照株的比較中，與 C4 亞型中的 C4a 參照株相似性最高（98 以上，見圖 10-紅色框線），其次為 C4b參照株（91.5 -91.8 ），再次依次為 C2、C1、C3、C5 參照株（87.4 -89.3 ）。7 株 EV71 毒株與不同血清型（EV71 與 CVA16）參照株間的相似性差異非常明顯，與不同基因型（EV71A、B、C）參照株間的相似性差異較明顯，與同一基因型中的不同基因亞型（C1-C5、B1-B5）也存在一定的差異性。見圖 10。
【學位授予單位】：遵義醫(yī)學院
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2018
【分類號】：R725.1;R181.3

【參考文獻】

相關期刊論文 前10條

1 陳壽珊;茍恩進;宋惠玲;李青;顧勝利;韓允;湯正珍;李穎;黃波;;貴州省17例手足口病腸道病毒71型分離株全基因組序列分析[J];中國小兒急救醫(yī)學;2017年09期

2 李艷芬;黃勇;黎景全;袁達康;陳永迪;曾漢日;;東莞市2014年手足口病病原檢測與基因特征分析[J];中國熱帶醫(yī)學;2015年11期

3 張亞杰;秦立增;孟紅;;腸道病毒71型5′端非編碼區(qū)研究新進展[J];中國病原生物學雜志;2015年07期

4 喬喬;王志玉;溫紅玲;;腸道病毒71型3D蛋白研究進展[J];中國人獸共患病學報;2015年08期

5 王瓊肖;許紅梅;;重慶單中心手足口病分子流行病學特征分析[J];中國循證兒科雜志;2015年04期

6 李靜;溫紅玲;王志玉;;腸道病毒A71型3C蛋白結構、功能及抗3C蛋白藥物的研究進展[J];病毒學報;2015年04期

7 劉志芳;桂娟娟;華啟航;董長征;;人腸道病毒71型與手足口病的分子流行病學及其分子進化[J];遺傳;2015年05期

8 張志勤;項國仕;黃孝天;;腸道病毒71型VP1蛋白研究進展[J];中國人獸共患病學報;2015年04期

9 舒劍波;孟英韜;黨利亨;林書祥;黃敬孚;;手足口病患兒176例病原檢測及腸道病毒71型基因特征分析[J];中國實用兒科雜志;2015年04期

10 王戩;李琴麗;馬超鋒;李江博;;西安市2011—2012年重癥手足口病病原學及腸道病毒71型基因特征分析[J];中國實用兒科雜志;2015年04期

相關博士學位論文 前2條

1 湯芬芬;腸道病毒71型非結構蛋白3AB的功能研究[D];武漢大學;2015年

2 夏鴻杰;腸道病毒71型非結構蛋白2C的功能研究[D];武漢大學;2015年

相關碩士學位論文 前1條

1 喬喬;腸道病毒71型2A蛋白在病毒復制能力與毒力中的作用[D];山東大學;2016年

本文編號：2699016