【摘要】：目的:探討遵義地區(qū)腸道病毒71型(Enterovirus 71,EV71)流行株的基因分型、變異及遺傳進(jìn)化情況,從分子水平了解其流行病學(xué)特點(diǎn),為該地區(qū)EV71型手足口病(Hand foot and mouth disease,HFMD)防治提供理論參考。方法:選取2013至2015年遵義地區(qū)220例HFMD住院患兒咽拭子為研究樣本,其中重癥病例樣本187例,普通病例樣本33例。通過對所有咽拭子進(jìn)行病毒類型鑒定,篩選出EV71感染樣本進(jìn)行病毒體外培養(yǎng),提取出病毒核酸,利用逆轉(zhuǎn)錄-聚合酶鏈反應(yīng)(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)鑒定核酸類型;將EV71核酸利用RT-PCR及大腸桿菌質(zhì)粒進(jìn)行分段擴(kuò)增,擴(kuò)增產(chǎn)物測序后利用生物信息學(xué)軟件依次進(jìn)行序列編輯、拼接、比對、相似性分析及遺傳進(jìn)化樹構(gòu)建。結(jié)果:(1)檢出EV71情況:220例咽拭子樣本中,檢出EV71 105例(占47.7(4));187例重癥病例樣本中,檢出EV71 100例(占53.5(4));33例普通病例樣本中,檢出EV71 5例(占15.2(4))。(2)EV71全基因組分析:本研究獲得7株EV71毒株全基因組序列,長度均為7405 bp,編碼2193個(gè)氨基酸,毒株間10處氨基酸位點(diǎn)存在差異。(3)EV71遺傳進(jìn)化分析:(1)7株EV71毒株間分別基于全基因組核苷酸、全基因組編碼氨基酸、VP1核苷酸及VP1氨基酸的相似性分析:7株EV71毒株的相似性非常高,在99(4)以上。(2)7株EV71毒株與柯薩奇病毒A組16型(Coxsackievirus A16,CVA16)及各型EV71參照株基于VP1區(qū)基因序列的相似性和進(jìn)化樹分析:7株EV71毒株與各參照株間的相似性和遺傳距離差異明顯;其中與EV71參照株的相似性明顯高于CVA16參照株,遺傳距離明顯較CVA16參照株遠(yuǎn);同各型EV71參照株相比,與C基因型參照株相似性最高,遺傳距離最遠(yuǎn),其次依次為B、A基因型;C基因型中與C4a亞型參照株相似性最高,遺傳距離最遠(yuǎn)。(3)7株EV71毒株與CVA16及各型EV71參照株基于5'非翻譯區(qū)(5'Untranslated Region,5'UTR)基因序列的相似性和進(jìn)化樹分析:7株EV71毒株與EV71 C4a參照株的相似性最高,遺傳距離最遠(yuǎn),與EV71 A參照株相似性最低,遺傳距離最近。(4)7株EV71毒株與CVA16及各型EV71參照株基于全基因組序列的相似性和進(jìn)化樹分析:7株EV71毒株與各參照株基于全基因組序列的相似性和遺傳距離差異不如VP1明顯;7株EV71毒株與EV71參照株的相似性較CVA16參照株稍高,遺傳距離稍遠(yuǎn);同各型EV71參照株相比,與B、C基因型參照株的相似性高于A基因型參照株,遺傳距離也較A基因型參照株遠(yuǎn);同B、C各基因亞型參照株的比較中,7株EV71毒株與C4a亞型參照株相似性最高,遺傳距離最遠(yuǎn),其次為C4b亞型參照株,與其它C亞型及各B亞型參照株的相似性及遺傳距離缺乏規(guī)律性。結(jié)論:EV71可能是遵義地區(qū)2013-2015年重癥HFMD患兒感染的主要病原體,其基因型為C4a亞型,與我國其它地區(qū)EV71流行株型別一致,暫未發(fā)現(xiàn)抗原轉(zhuǎn)變及新亞型毒株輸入,但毒株間存在散發(fā)變異;EV71遺傳進(jìn)化研究以VP1基因序列為依據(jù)最為合理可靠。
【圖文】：

遵義醫(yī)學(xué)院碩士學(xué)位論文 茍恩進(jìn)2.3 EV71全基因組序列分析(1) EV71全基因組結(jié)構(gòu)EV71全基因組包括兩個(gè)非翻譯區(qū)（5′UTR和3′UTR）和1個(gè)開放閱讀框(OpenReading Frame,ORF)，ORF包括2A、2B、2C、3A、3B、3C、3D基因區(qū)域。ORF編碼1個(gè)多聚蛋白后可裂解形成P1、P2、P3三個(gè)前體蛋白，，其中P1進(jìn)一步裂解為VP4、VP2、VP3、VP1結(jié)構(gòu)蛋白（對應(yīng)的編碼基因依次為1A、1B、1C、1D），P2裂解為2A、2B（又名VPg）、2C非結(jié)構(gòu)蛋白（對應(yīng)的編碼基因依次為2A、2B、2C），P3裂解為3A、3B、3C、3D非結(jié)構(gòu)蛋白（對應(yīng)的編碼基因依次為3A、3B、3C、3D）；AAAn為結(jié)合到3′UTR末端的病毒多聚腺苷酸尾結(jié)構(gòu)；見圖6。

2.4.2 7 株 EV71 毒株與 CVA16 及各型 EV71 參照株分別基于 VP1、5'UTR 及全基因組基因序列的相似性分析(1) 7 株 EV71 毒株與 CVA16 及各型 EV71 參照株基于 VP1 基因序列的相似性分析7 株 EV71 毒株與各型 EV71 參照株的相似性（81.7 -98.5 ）明顯高于 CVA16參照株（63.2 -63.5 ，見圖 藍(lán)色框線）；同各型 EV71 參照株的比較中，與 C基因型參照株的相似性最高（87.4 -98.5 ），其次依次為 B 基因型參照株（83.3 -85.0 ）、A 基因型參照株(81.7 -82.0 )；同 EV71 C 基因型參照株的比較中，與 C4 亞型中的 C4a 參照株相似性最高（98 以上，見圖 10-紅色框線），其次為 C4b參照株（91.5 -91.8 ），再次依次為 C2、C1、C3、C5 參照株（87.4 -89.3 ）。7 株 EV71 毒株與不同血清型（EV71 與 CVA16）參照株間的相似性差異非常明顯，與不同基因型（EV71A、B、C）參照株間的相似性差異較明顯，與同一基因型中的不同基因亞型（C1-C5、B1-B5）也存在一定的差異性。見圖 10。
【學(xué)位授予單位】：遵義醫(yī)學(xué)院
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2018
【分類號(hào)】：R725.1;R181.3

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：2699016