遺傳進(jìn)化分析在廣東省一起HCV“暴發(fā)流行”事件中的應(yīng)用
本文選題:丙型肝炎病毒 切入點(diǎn):暴發(fā) 出處:《實(shí)用醫(yī)學(xué)雜志》2017年07期
【摘要】:目的:通過(guò)對(duì)廣東省一起丙型肝炎病毒(HCV)"暴發(fā)流行"事件進(jìn)行遺傳進(jìn)化分析來(lái)了解此次事件的起源時(shí)間和傳播源頭。方法:首先對(duì)"暴發(fā)流行"事件調(diào)查中的192例血清樣本作為研究組進(jìn)行基因分型,得到2a亞型和6a亞型,選取相應(yīng)基因亞型的對(duì)照組樣本,采用生物信息學(xué)相關(guān)軟件進(jìn)行遺傳進(jìn)化分析,通過(guò)構(gòu)建的時(shí)間尺度樹推斷此次HCV可能的起源時(shí)間及傳播源頭。結(jié)果:此次"暴發(fā)流行"事件的192例患者中,66例為2a亞型,119例為6a亞型,未發(fā)現(xiàn)其它的基因亞型。對(duì)2a亞型數(shù)據(jù)集以及6a數(shù)據(jù)集分別進(jìn)行遺傳進(jìn)化分析提示兩者都主要起源于2~5年前,均符合醫(yī)源性感染的特點(diǎn)。結(jié)論:此次廣東省HCV"暴發(fā)流行"事件中HCV主要基因型為2a和6a,主要起源于2~5年前,符合醫(yī)源性傳播特點(diǎn),隨著時(shí)間的延長(zhǎng)積累了眾多病例導(dǎo)致"暴發(fā)"。
[Abstract]:Objective: to investigate the origin time and transmission source of an outbreak of hepatitis C virus (HCV) in Guangdong Province by genetic and evolutionary analysis. Methods: firstly, 192 cases of "outbreak" were investigated. Serum samples were used as study group for genotyping. 2a subtype and 6a subtype were obtained. The control group samples of the corresponding gene subtypes were selected, and the genetic evolution analysis was carried out by bioinformatics software. According to the time scale tree constructed, the possible origin and source of HCV transmission were inferred. Results: among the 192 patients with this outbreak, 66 cases were subtype 2a and 119 cases were subtype 6a. No other gene subtypes were found. Genetic evolution analysis of 2a subtype data set and 6a data set showed that both of them mainly originated from 2 ~ 5 years ago. Conclusion: in this outbreak of HCV in Guangdong Province, the main genotypes of HCV were 2a and 6a, which were mainly originated from 2 ~ 5 years ago and accorded with the characteristics of iatrogenic transmission. Over time, the accumulation of many cases led to an "outbreak".
【作者單位】: 中山大學(xué)附屬第三醫(yī)院感染科;中山大學(xué)附屬第三醫(yī)院肝移植科、外科重癥醫(yī)學(xué)科;
【基金】:正大天晴Bridge專項(xiàng)經(jīng)費(fèi)資助(編號(hào):20151211)
【分類號(hào)】:R181.3;R512.63
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