隨著生物科學(xué)技術(shù)的迅猛發(fā)展,生物信息學(xué)悄然興起。它是研究生物和生物醫(yī)學(xué)相關(guān)系統(tǒng)中信息內(nèi)容與信息流向的一門綜合系統(tǒng)學(xué)科。隨著基因芯片[1]技術(shù)的出現(xiàn),吸引了不少科研人員加入到這個領(lǐng)域。對DNA微陣列數(shù)據(jù)進行基因差異共表達分析,找到與疾病相關(guān)的基因是當前生物信息學(xué)最熱門的科研項目,也是了解和治療重大疾病的新方法�，F(xiàn)在醫(yī)學(xué)很多遺傳疾病的病理還不是很了解,因此基因的差異共表達分析方法越來越多的被應(yīng)用于統(tǒng)計分析來尋找與疾病相關(guān)的中心基因。本篇文章首先對基因表達數(shù)據(jù)集進行差異表達分析,應(yīng)用R包篩選出298個下調(diào)差異表達基因和36個上調(diào)差異表達基因。通過比較在正常狀態(tài)下和疾病狀態(tài)下的兩個差異表達基因的聚類圖,我們會發(fā)現(xiàn)一些差異表達基因聚的類有所改變,然后我們對這些基因進行KEGG Pathway富集分析,發(fā)現(xiàn)下調(diào)基因主要與新陳代謝通路有關(guān),然而,上調(diào)差異表達基因還與胰島素信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路和磷酸戊糖等通路有關(guān),除此之外還有兩個與代謝有關(guān)的通路。然后我們對差異表達基因做進一步的差異共表達分析,當前差異共表達分析主要采用連通性策略的方法去估計差異共表達基因,盡管它簡化了計算,但無法從細微的變化中區(qū)分差異共表達...

【文章頁數(shù)】：55 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖３．１１響應(yīng)低氮脅迫表達基因差異的維恩圖

?１??參參參旅參旁參務(wù)??圖３．１０基于表達譜的共表達調(diào)控差異基因的聚類分析（ＦＰＫＭ值�。欤铮纾欤希�??Ｆｉｇ?３．１０?Ｃｌｕｓｔｅｒｉｎ呂?ｃｏ－ｍｏｄｕｌａｔｅｄ?ＤＥＧｓ?ｂａｓｅｄ?ｏｎ?１：ｈｅ?ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ?ｐｒｏｆｉｌｅｓ?（ＦＰＫＭ?ｖａｌｕｅｓ??....

圖３－１：兩種生物狀態(tài)下的網(wǎng)絡(luò)圖??

圖３－１：兩種生物狀態(tài)下的網(wǎng)絡(luò)圖???＝?ａｂｓ［ｈｇｌ０?ｇｇ］???｜）??

圖３－２：構(gòu)建基因差異共表達網(wǎng)絡(luò)的兩個策略：硬閾值法和軟閾值法??的定量值，進而實現(xiàn)對差異共表達程度精確的度量和歸納；３）綜合差異表達和差??

值”（ｈａｒｄ－ｔｌｉｒｅｓｈｏｌｄｉｎｇ）丨１６，２２丨和“軟閾值”（ｓｏｆｔ－ｔｈｒｅｓｈｏｌｄｉｎｇ）丨？’９，１１，２４丨。在“硬閾??值”策略中人們采納一個基因表達表達關(guān)系數(shù)值，即只要當表達值在其表達網(wǎng)??絡(luò)中大于預(yù)先設(shè)定的閾值就會被保留下來，低于閾值的全部抹掉（圖３－....

圖３－３：基因差異共表達網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建策略“半閾值法”（左）ＤＣｐ算法（右）??值”法抹掉某些基因連接的表達相關(guān)值的差異，此方案不利于區(qū)分不同程度的表??

達相關(guān)性變化，對于“軟閾值”目前的轉(zhuǎn)換函數(shù)在處理表達相關(guān)性負值時不合??理，妨礙了生物學(xué)家對較大的負相關(guān)系數(shù)值的關(guān)注Ｉ４７］。??綜合上述兩種方法的思想，提出“半閾值”法構(gòu)建基因表達網(wǎng)絡(luò)（圖３－３）。??我們首先計算兩種生物狀態(tài)下搜有可能的基因?qū)Φ谋磉_相關(guān)數(shù)值，然后設(shè)定一個??閾....

本文編號：3932140