目的:糖尿病視網(wǎng)膜病變是糖尿病最嚴(yán)重的并發(fā)癥之一,并且是目前世界主要致盲眼病之一,隨著糖尿病視網(wǎng)膜病變進(jìn)展為增殖期,伴隨著新生血管形成,牽拉因素將導(dǎo)致玻璃體積血和視網(wǎng)膜脫離,并最終造成不可逆的失明。就現(xiàn)在而言,增殖性糖尿病視網(wǎng)膜病變的最佳治療方法是手術(shù)治療,其原理為在解剖學(xué)上去除纖維血管膜帶來(lái)的的牽拉效應(yīng),從而挽救患者的視力。為了尋找早期干預(yù)糖尿病視網(wǎng)膜病變的新靶點(diǎn),從源頭預(yù)防患者視力的大幅度下降,我們選擇目前熱門(mén)的RNA測(cè)序作為主要方法。RNA測(cè)序作為主要的轉(zhuǎn)錄組分析系統(tǒng),通過(guò)它闡明人外周血轉(zhuǎn)錄組的復(fù)雜性,對(duì)于篩選增殖性糖尿病性視網(wǎng)膜病變的候選基因是必不可少的。方法:我們選擇了天津醫(yī)科大學(xué)眼科醫(yī)院眼底病與眼外傷科的6名住院病人。根據(jù)我國(guó)糖尿病視網(wǎng)膜病變6級(jí)分期標(biāo)準(zhǔn)(1987),其中有3名患者被診斷為增殖期糖尿病視網(wǎng)膜病變(即PDR組),另外3名患者未患有糖尿病(即對(duì)照組)。對(duì)以上6名患者進(jìn)行靜脈采血,血液樣本液氮凍存后送至諾和致源公司進(jìn)行RNA測(cè)序。諾和致源公司經(jīng)標(biāo)準(zhǔn)化流程提取外周血總RNA,經(jīng)總RNA樣本檢測(cè)、文庫(kù)構(gòu)建、文庫(kù)質(zhì)檢和測(cè)序后,我們得到了兩組患者的原始數(shù)據(jù)。通過(guò)對(duì)原始數(shù)據(jù)的生物信息分析,我們得到了本次基因選擇性表達(dá)的最終分析結(jié)果。結(jié)果:我們得到了兩組患者的原始數(shù)據(jù),即原始讀段,在質(zhì)量控制和序列比對(duì)之后,可得到正確讀段,其數(shù)目在46111478-56703914之間,外顯子區(qū)的讀段分布率為86.7%-93.2%。進(jìn)行基因表達(dá)水平分析和基因結(jié)構(gòu)分析結(jié)果顯示,PDR組與對(duì)照組之間有82個(gè)差異表達(dá)基因(p0.05,錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率q0.05),其中上調(diào)基因19個(gè),下調(diào)基因63個(gè),同組內(nèi)基因表達(dá)模式相似�；虮倔w論和通路分析表明,這82種選擇性表達(dá)的基因在特定的生物學(xué)過(guò)程得到富集。我們查閱文獻(xiàn)和相關(guān)網(wǎng)站尋找與增殖、遷移、分化和新生血管形成功能有關(guān)聯(lián)的基因,并結(jié)合本次RNA測(cè)序兩組間相同基因選擇性表達(dá)的結(jié)果,最終篩選出涉及不同生物學(xué)信號(hào)通路的26個(gè)候選基因�；诓煌纳镄盘�(hào)通路如有絲分裂原活化蛋白激酶和磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B信號(hào)通路等,我們?cè)谶@26個(gè)候選基因中選擇了9個(gè)基因通過(guò)聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)進(jìn)行進(jìn)一步的驗(yàn)證,驗(yàn)證結(jié)果表明DUSP2和DUSP5是影響增殖性糖尿病視網(wǎng)膜病變形成的最有希望的候選基因。結(jié)論:本研究使用RNA測(cè)序探索了人類(lèi)外周血轉(zhuǎn)錄組的復(fù)雜性,并且對(duì)測(cè)序結(jié)果進(jìn)行了生物信息分析。最終,我們發(fā)現(xiàn)DUSP2和DUSP5可能與增殖性糖尿病視網(wǎng)膜病變有關(guān),而RNA測(cè)序也可能成為探索治療疾病新靶點(diǎn)的常用方法。
【學(xué)位單位】：天津醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位年份】：2019
【中圖分類(lèi)】：R587.2;R774.1
【部分圖文】：

入適量的 DEPC 水溶解引物干粉，將其變?yōu)?100mM 體系，再按照需求按 1:1:3的比例對(duì)應(yīng)取上游引物、下游引物和 DEPC 水適量，加入 EP 管混勻待用。此時(shí)EP 管中為 20mM 的上、下游引物混合物。qRT-PCR 按標(biāo)準(zhǔn)程序進(jìn)行。qPCR 的反應(yīng)體系（8μL）為：每孔加入 cDNA模版 2μL，上、下游引物混合物共 2μL，Syb Green 4μL。注意加入 Syb Green 之后的步驟應(yīng)避光進(jìn)行。將 qPCR 用 384 孔板蓋膜后壓實(shí)，剪刀減去多余的膜以免進(jìn)行反應(yīng)時(shí)膜邊緣卷起。4℃ 1200r 離心 5min 后上機(jī)。反應(yīng)程序：50℃ 2min；95℃ 10 min；95℃ 15s，60℃ 1min，40 個(gè)循環(huán)；95℃ 15s，60℃ 15s，95℃ 15s 解離。2.1.5 數(shù)據(jù)處理拷貝結(jié)果后，觀(guān)察其 CT 值，采用 2 -ΔΔct 法分析數(shù)據(jù)。2.2 結(jié)果我們將兩組的 CT 值進(jìn)行對(duì)照，結(jié)果展示如圖 1.

【相似文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 嚴(yán)佳文;袁啟鳳;解璞;王立娟;馬玉華;王正媛;;利用小RNA測(cè)序技術(shù)檢測(cè)貴州西番蓮病毒[J];熱帶作物學(xué)報(bào);2019年08期

2 劉林莉;廖倩;汪瀚文;歐陽(yáng)飛;魯青蓮;劉婷婷;房慧;萬(wàn)焰;于春水;;運(yùn)用高通量RNA測(cè)序探討當(dāng)歸多糖對(duì)角質(zhì)形成細(xì)胞的影響[J];中國(guó)中西醫(yī)結(jié)合皮膚性病學(xué)雜志;2019年05期

3 陸泓雨;劉波;秦超勇;張彥;;基于模板轉(zhuǎn)換的微量RNA測(cè)序建庫(kù)方案探索[J];生物技術(shù)通訊;2018年06期

4 吳李娜;金立;舒錦;汪海婭;;RNA測(cè)序研究篩選血管緊張素Ⅱ誘導(dǎo)的心臟重構(gòu)候選基因[J];老年醫(yī)學(xué)與保健;2018年03期

5 王文淵;江華;潘海霞;楊浩;彭謹(jǐn);周志遠(yuǎn);;人結(jié)腸癌第二代RNA測(cè)序數(shù)據(jù)的計(jì)算生物學(xué)研究流程[J];腫瘤代謝與營(yíng)養(yǎng)電子雜志;2016年03期

6 李小凡;張?chǎng)┯?翟曉巧;;轉(zhuǎn)錄組在植物抗逆中的研究[J];河南林業(yè)科技;2019年02期

7 李辰璐;方錦霞;羅京;朱小春;王曉冰;;炎癥通路在強(qiáng)直性脊柱炎發(fā)病中作用的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究[J];溫州醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào);2019年12期

8 張圓圓;夏養(yǎng)敏;賈瑩婷;朱運(yùn)霈;王燕;房正鄒;高大慶;陸承平;;sRNA_EsR240調(diào)控遲緩愛(ài)德華菌胞內(nèi)生存及其毒力[J];東南大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版);2019年04期

9 孫洪計(jì);魏慧君;;RNA-Seq技術(shù)在轉(zhuǎn)錄組研究中的應(yīng)用[J];中外醫(yī)學(xué)研究;2018年20期

10 畢茹茹;范文廷;馬萍;顧兵;;核糖開(kāi)關(guān)在細(xì)菌耐藥性中的應(yīng)用進(jìn)展[J];臨床與病理雜志;2016年09期

相關(guān)會(huì)議論文 前3條

1 王艷;陶向;唐曉梅;嚴(yán)雪峰;肖亮;孫蛟龍;栗丹;鄧洪淵;楊宏;馬欣榮;;比較轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究ABA對(duì)番茄抗病基因的影響[A];中國(guó)遺傳學(xué)會(huì)第九次全國(guó)會(huì)員代表大會(huì)暨學(xué)術(shù)研討會(huì)論文摘要匯編（2009-2013）[C];2013年

2 劉天驕;代翠紅;程大友;崔杰;羅成飛;;甜菜雄性不育系與保持系轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序分析[A];中國(guó)作物學(xué)會(huì)甜菜專(zhuān)業(yè)委員會(huì)學(xué)術(shù)會(huì)議論文集[C];2018年

3 袁媛;宋利璞;李冥輝;劉貴明;楚亞男;周媛媛;王曉;于軍;王緒敏;黃璐琦;;遺傳變異和代謝途徑的復(fù)雜性導(dǎo)致的藥用植物金銀花活性成分含量及其品質(zhì)的變異[A];第十屆全國(guó)藥用植物及植物藥學(xué)術(shù)研討會(huì)論文摘要集[C];2011年

相關(guān)重要報(bào)紙文章 前1條

1 記者 張夢(mèng)然;RNA測(cè)序發(fā)現(xiàn)雜交蟬遺傳證據(jù)[N];科技日?qǐng)?bào);2018年

相關(guān)博士學(xué)位論文 前7條

1 張進(jìn);楊樹(shù)發(fā)育對(duì)環(huán)境溫度升高的響應(yīng)及可變剪接分析[D];中國(guó)林業(yè)科學(xué)研究院;2013年

2 郝強(qiáng);1、基因特異性單核苷酸變異與前列腺癌患病風(fēng)險(xiǎn)的關(guān)聯(lián)研究 2、中國(guó)人前列腺癌新融合基因的初步研究[D];北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院;2016年

3 儲(chǔ)晨;RNA/DNA及癌癥基因測(cè)序數(shù)據(jù)的統(tǒng)計(jì)方法研究[D];中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué);2015年

4 律文堂;水稻抗褐飛虱基因Bph15的精細(xì)定位及轉(zhuǎn)錄組分析[D];武漢大學(xué);2014年

5 陳梅麗;轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究人腫瘤細(xì)胞的表達(dá)調(diào)控機(jī)制和大熊貓基因組重注釋[D];中國(guó)科學(xué)院北京基因組研究所;2013年

6 張泓泰;結(jié)核病診斷及耐藥檢測(cè)分子標(biāo)識(shí)物的發(fā)現(xiàn)[D];中國(guó)科學(xué)院研究生院（近代物理研究所）;2014年

7 李自慧;結(jié)核分枝桿菌非編碼RNA的系統(tǒng)發(fā)現(xiàn)和鑒定[D];北京市結(jié)核病胸部腫瘤研究所;2013年

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前10條

1 朱依萌;增殖性糖尿病視網(wǎng)膜病變患者外周血轉(zhuǎn)錄組分析[D];天津醫(yī)科大學(xué);2019年

2 周海辰;紫花苜蓿（Medicago sativa L.）多雌突變體mp1的轉(zhuǎn)錄組和小RNA測(cè)序分析[D];蘭州大學(xué);2017年

3 王亞妮;運(yùn)用高通量RNA測(cè)序探討陽(yáng)離子多肽對(duì)氣道上皮細(xì)胞的影響[D];安徽醫(yī)科大學(xué);2019年

4 許劍濤;第29次南極考察隊(duì)員腸道菌群研究與紅景天小RNA測(cè)序數(shù)據(jù)的分析[D];北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院;2017年

5 章旭;利用RNA測(cè)序技術(shù)探索靜脈內(nèi)平滑肌瘤病與子宮平滑肌瘤關(guān)系[D];北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院;2017年

6 馮雪;兔卵巢數(shù)字基因表達(dá)譜的構(gòu)建及繁殖相關(guān)基因的篩選[D];河南農(nóng)業(yè)大學(xué);2014年

7 曾飄;小鼠成熟精子中mRNA表達(dá)譜的分析及mRNA在早期胚胎發(fā)育中潛在功能的研究[D];上海交通大學(xué);2014年

8 彭世杰;棉花鎘脅迫應(yīng)答機(jī)制的初步研究[D];湖南農(nóng)業(yè)大學(xué);2016年

9 張莉華;基于RNA-Seq技術(shù)的尼古丁影響下大鼠大腦中的基因表達(dá)研究[D];天津醫(yī)科大學(xué);2014年

10 夏吉瀚;高脂高糖誘導(dǎo)巴馬小型豬2型糖尿病及肝臟轉(zhuǎn)錄組研究[D];中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院;2012年

本文編號(hào)：2825623