本文關(guān)鍵詞：基于復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)的人類視網(wǎng)膜色素變性的位點(diǎn)基因型相互作用網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及相關(guān)性分析，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：分析遺傳疾病的發(fā)病機(jī)理往往需要龐大并且昂貴的生物實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證或者需要長(zhǎng)時(shí)間遺傳疾病的臨床診斷的經(jīng)驗(yàn)積累。相關(guān)生物數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)龐大,并且數(shù)據(jù)之間的關(guān)系復(fù)雜。因此,采用數(shù)據(jù)挖掘技術(shù)和復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)理論設(shè)計(jì)遺傳疾病發(fā)病機(jī)理的發(fā)現(xiàn)方法,使發(fā)現(xiàn)過程自動(dòng)化,縮短發(fā)現(xiàn)時(shí)間,減少費(fèi)用支出,對(duì)從分子水平預(yù)測(cè)、診斷病情有一定的參考價(jià)值。為此,本文以人類視網(wǎng)膜色素變性的病例和對(duì)照數(shù)據(jù)為基礎(chǔ),采用數(shù)據(jù)挖掘技術(shù)和復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)理論,發(fā)現(xiàn)人類視網(wǎng)膜色素變性的發(fā)病機(jī)理。論文的主要研究?jī)?nèi)容和工作如下:(1)表型與位點(diǎn)間關(guān)聯(lián)規(guī)則高效挖掘算法。提出了匹配度指標(biāo),用于發(fā)現(xiàn)具有生物學(xué)統(tǒng)計(jì)意義的支持度低的關(guān)聯(lián)規(guī)則。并且采用并行計(jì)算加快支持度設(shè)置為較低時(shí)關(guān)聯(lián)規(guī)則算法的運(yùn)行速度。(2)位點(diǎn)基因型互作網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建。采用關(guān)聯(lián)規(guī)則算法發(fā)現(xiàn)位點(diǎn)基因型之間的相互作用關(guān)系,以位點(diǎn)基因型為網(wǎng)絡(luò)節(jié)點(diǎn),具有相互作用的位點(diǎn)基因型建立連邊,構(gòu)建位點(diǎn)基因型互作網(wǎng)絡(luò)。由此分別構(gòu)建病例和對(duì)照位點(diǎn)基因型相互作用網(wǎng)絡(luò),然后對(duì)比分析這兩個(gè)網(wǎng)絡(luò)中節(jié)點(diǎn)的比例和網(wǎng)絡(luò)拓?fù)湫再|(zhì)的統(tǒng)計(jì)顯著差異。(3)基于位點(diǎn)基因型互作網(wǎng)絡(luò)的遺傳疾病發(fā)病機(jī)理提取。分別發(fā)現(xiàn)病例和對(duì)照位點(diǎn)基因型相互作用網(wǎng)絡(luò)中的3節(jié)點(diǎn)模體,然后通過網(wǎng)絡(luò)間差異性分析發(fā)現(xiàn)人類視網(wǎng)膜色素變性的發(fā)病機(jī)理。
【關(guān)鍵詞】：視網(wǎng)膜色素變性 匹配度 位點(diǎn)基因型相互作用網(wǎng)絡(luò) 網(wǎng)絡(luò)間差異性分析
【學(xué)位授予單位】：青島大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：O157.5;R774.1
【目錄】：

• 摘要2-3
• Abstract3-6
• 第1章 引言6-12
• 1.1 選題目的和意義6
• 1.2 國(guó)內(nèi)外研究現(xiàn)狀6-10
• 1.2.1 網(wǎng)絡(luò)生物學(xué)6-8
• 1.2.2 生物信息學(xué)8-9
• 1.2.3 網(wǎng)絡(luò)模體檢測(cè)9-10
• 1.3 論文研究的主要內(nèi)容10-12
• 第2章 基礎(chǔ)理論及數(shù)據(jù)12-21
• 2.1 關(guān)聯(lián)規(guī)則算法12-16
• 2.1.1 關(guān)聯(lián)規(guī)則算法的度量12-13
• 2.1.2 Apriori算法及其改進(jìn)算法13-16
• 2.2 復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)拓?fù)湫再|(zhì)16-18
• 2.2.1 度中心性16
• 2.2.2 介數(shù)中心性16-17
• 2.2.3 聚類系數(shù)17
• 2.2.4 模體17-18
• 2.3 數(shù)據(jù)介紹18-20
• 2.4 小結(jié)20-21
• 第3章 表型與位點(diǎn)基因型間關(guān)聯(lián)規(guī)則高效挖掘算法研究21-30
• 3.1 問題引出21
• 3.2 基于Apriori算法的關(guān)聯(lián)規(guī)則高效挖掘算法21-26
• 3.2.1 匹配度指標(biāo)21-22
• 3.2.2 并行化改進(jìn)22-25
• 3.2.3 算法性能分析25-26
• 3.3 仿真結(jié)果與分析26-28
• 3.4 小結(jié)28-30
• 第4章 基于位點(diǎn)基因型相互作用網(wǎng)絡(luò)的人類視網(wǎng)膜色素變性研究30-37
• 4.1 問題引出30
• 4.2 位點(diǎn)基因型相互作用發(fā)現(xiàn)及相互作用網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建30-32
• 4.2.1 位點(diǎn)基因型相互作用關(guān)系發(fā)現(xiàn)30-31
• 4.2.2 位點(diǎn)基因型間相互作用網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建31-32
• 4.3 數(shù)據(jù)預(yù)處理32-34
• 4.4 病例與對(duì)照組位點(diǎn)基因型相互作用網(wǎng)絡(luò)對(duì)比分析34-36
• 4.4.1 節(jié)點(diǎn)統(tǒng)計(jì)差異分析34-35
• 4.4.2 節(jié)點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)拓?fù)湫再|(zhì)統(tǒng)計(jì)差異分析35-36
• 4.5 小結(jié)36-37
• 第5章 基于位點(diǎn)基因型相互作用網(wǎng)絡(luò)的發(fā)病機(jī)理提取37-44
• 5.1 問題引出37
• 5.2 發(fā)病機(jī)理提取37-42
• 5.2.1 網(wǎng)絡(luò)模體提取37-39
• 5.2.2 開關(guān)連接和保守連接提取39-42
• 5.3 結(jié)果分析42-43
• 5.4 小結(jié)43-44
• 第6章 總結(jié)與展望44-45
• 參考文獻(xiàn)45-49
• 攻讀學(xué)位期間的研究成果49-50
• 致謝50-51

【相似文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 劉曉軍,柴建華;視網(wǎng)膜色素變性治療的臨床前研究進(jìn)展[J];生物工程進(jìn)展;2000年02期

2 滕云,王慧;視網(wǎng)膜色素變性的分子遺傳學(xué)研究進(jìn)展[J];遺傳;2002年03期

3 李巍;;視網(wǎng)膜色素變性遺傳嗎?[J];遺傳;2008年08期

4 ;香港科大發(fā)現(xiàn)視覺系統(tǒng)機(jī)理 有助于視網(wǎng)膜色素變性研究[J];廣東科技;2011年15期

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本文編號(hào)：263950