本文關(guān)鍵詞：乙型肝炎病毒的系統(tǒng)進(jìn)化研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：乙型肝炎是嚴(yán)重威脅人類健康的疾病之一。乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus, HBV)是導(dǎo)致急慢性肝炎、肝硬化和肝癌的主要原因。10種基因型和48種亞型是HBV病毒多樣化的顯著體現(xiàn),HBV的多類型給乙型肝炎的基礎(chǔ)研究和臨床治療帶來巨大挑戰(zhàn)。本文借鑒數(shù)據(jù)挖掘領(lǐng)域的決策樹分類方法,并結(jié)合傳統(tǒng)系統(tǒng)進(jìn)化分析方法,對(duì)HBV臨床數(shù)據(jù)進(jìn)行了基因型和亞型分類。 對(duì)我國乙型肝炎病毒系統(tǒng)進(jìn)化演變的研究有助于了解乙型肝炎病毒的發(fā)病機(jī)制,并對(duì)臨床治療提供指導(dǎo)依據(jù)。本文的主要研究內(nèi)容如下： 對(duì)HBV臨床數(shù)據(jù)和公共參考數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)一化處理,獲得便于分析的全基因組和X/PreC基因(nt1374-nt1900)。在此基礎(chǔ)上,對(duì)HBV序列進(jìn)行關(guān)鍵信息位點(diǎn)的挖掘,并根據(jù)得到的位點(diǎn)構(gòu)建B1-B10亞型的決策分類樹。 在多序列比對(duì)的基礎(chǔ)上,構(gòu)建A-Ⅰ型X/PreC基因的系統(tǒng)進(jìn)化樹,研究B類亞型與其他基因型間的進(jìn)化關(guān)系；構(gòu)建B1-B10全基因組的系統(tǒng)進(jìn)化樹,研究它們之間的進(jìn)化關(guān)系。通過系統(tǒng)進(jìn)化分析,驗(yàn)證了西雙版納地區(qū)哈尼族人群中存在的HBV新亞型B10。 將基于離散信息位點(diǎn)的分類結(jié)果與基于序列相似性構(gòu)建的系統(tǒng)進(jìn)化樹進(jìn)行一致性分析。并使用Genotyping工具對(duì)新亞型的重組基因結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析,發(fā)現(xiàn)了新亞型的B/C重組結(jié)構(gòu),這一特點(diǎn)在該地區(qū)的哈尼族中屬首次發(fā)現(xiàn)。 此外,本文還對(duì)HBV原始序列及其分類標(biāo)準(zhǔn)的合理性進(jìn)行了一些討論。文章的實(shí)驗(yàn)結(jié)論對(duì)HBV系統(tǒng)進(jìn)化理論作出了補(bǔ)充,并且對(duì)云南省少數(shù)民族聚居地區(qū)HBV的研究具有一定價(jià)值。
【關(guān)鍵詞】：乙型肝炎病毒 系統(tǒng)進(jìn)化分析 HBV/B10 B/C重組型 決策樹 信息位點(diǎn)
【學(xué)位授予單位】：昆明理工大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2014
【分類號(hào)】：R373.21
【目錄】：

• 摘要5-6
• Abstract6-10
• 第一章 緒論10-16
• 1.1 研究背景和研究意義10-11
• 1.2 國內(nèi)外研究現(xiàn)狀11-13
• 1.3 本課題主要研究內(nèi)容13-15
• 1.4 論文結(jié)構(gòu)15-16
• 第二章 生物信息學(xué)背景16-28
• 2.1 生物信息學(xué)中的數(shù)據(jù)挖掘技術(shù)16-17
• 2.2 HBV的DNA分子結(jié)構(gòu)17-21
• 2.3 HBV進(jìn)化過程及其基因型21-22
• 2.4 系統(tǒng)進(jìn)化樹分析在HBV基因分型中的作用22-24
• 2.5 系統(tǒng)進(jìn)化分析常用工具24-26
• 2.6 本章小結(jié)26-28
• 第三章 構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹的方法28-50
• 3.1 HBV DNA序列中的信息位點(diǎn)挖掘29-32
• 3.1.1 信息位點(diǎn)與HBV基因型29
• 3.1.2 基于HBV信息位點(diǎn)的決策樹構(gòu)建方法29-32
• 3.2 系統(tǒng)進(jìn)化樹32-41
• 3.2.1 原始序列在HBV系統(tǒng)進(jìn)化中的意義33-34
• 3.2.2 HBV基因序列的重組結(jié)構(gòu)挖掘34-36
• 3.2.3 構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹的傳統(tǒng)方法36-39
• 3.2.4 系統(tǒng)進(jìn)化樹的可靠性39-41
• 3.3 構(gòu)建HBV系統(tǒng)進(jìn)化樹的基本算法原理41-49
• 3.3.1 序列比對(duì)41-42
• 3.3.2 Kimura兩參數(shù)距離模型42-43
• 3.3.3 Neighbour-joining算法43-47
• 3.3.4 bootstrap評(píng)價(jià)方法47-49
• 3.4 本章小結(jié)49-50
• 第四章 實(shí)驗(yàn)結(jié)果及分析50-70
• 4.1 實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)源50-53
• 4.2 實(shí)驗(yàn)過程53-68
• 4.2.1 數(shù)據(jù)預(yù)處理53-55
• 4.2.2 基于HBV信息位點(diǎn)的決策樹構(gòu)建55-58
• 4.2.3 系統(tǒng)進(jìn)化樹的構(gòu)建58-64
• 4.2.4 基于信息位點(diǎn)分類與系統(tǒng)進(jìn)化分類比較64-65
• 4.2.5 基于Genotyping的HBV B/C重組結(jié)構(gòu)分析65-68
• 4.3 可靠性評(píng)估68-69
• 4.4 本章小結(jié)69-70
• 第五章 工作總結(jié)與展望70-74
• 5.1 工作總結(jié)70-71
• 5.2 展望71-74
• 致謝74-76
• 參考文獻(xiàn)76-82
• 附錄A 攻讀碩士期間公開發(fā)表的論文82

【參考文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前6條

1 白鳳蘭;徐s，

本文編號(hào)：413027