鼠疫耶爾森氏菌是鼠疫的病原體，歷史上曾引起三次世界鼠疫大流行。鼠疫耶爾森氏菌是在1500～20000年前由假結(jié)核耶爾森氏菌進(jìn)化而來(lái)的，作為一個(gè)新生的病原體，正處于進(jìn)化的活躍時(shí)期。本研究研制了鼠疫耶爾森氏菌全基因組DNA芯片（微點(diǎn)陣），以假結(jié)核耶爾森氏菌為參照，針對(duì)大量背景清楚的鼠疫耶爾森氏菌菌株，進(jìn)行了比較和進(jìn)化基因組學(xué)研究，較深入地認(rèn)識(shí)了鼠疫耶爾森氏菌的起源進(jìn)化，建立了鼠疫耶爾森氏菌基因組分型的策略和方法，據(jù)此進(jìn)行了系統(tǒng)發(fā)育分析，認(rèn)識(shí)了鼠疫耶爾森氏菌基因組進(jìn)化和種內(nèi)分化的基本規(guī)律，探究了鼠疫耶爾森氏菌在中國(guó)的傳播和演化規(guī)律，從基因組進(jìn)化的角度探究了鼠疫耶爾森氏菌演化與生態(tài)位適應(yīng)的關(guān)系，為鼠疫防治工作提供了新思路。 基于DNA芯片的鼠疫耶爾森氏菌比較基因組學(xué)分析 整理鼠疫耶爾森氏菌全基因組數(shù)據(jù)，從中挑選出4005條基因，PCR擴(kuò)增各基因，純化的PCR產(chǎn)物點(diǎn)樣制備全基因組DNA芯片。采用雙色熒光雜交策略，進(jìn)行芯片比較基因組雜交，設(shè)計(jì)了若干質(zhì)控雜交組合，據(jù)此成功建立了基于DNA芯片的鼠疫耶爾森氏菌比較基因組學(xué)技術(shù)平臺(tái)。 ... 

【文章頁(yè)數(shù)】：130 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
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英文摘要
前言Ⅰ 環(huán)境、宿主與鼠疫耶爾森氏菌
    1 鼠疫-典型的自然疫源性疾病
    2 鼠疫耶爾森氏菌的貯存宿主
    3 鼠疫耶爾森氏菌的傳播媒介
    4 鼠疫耶爾森氏菌、宿主、媒介的相互作用
    5 中國(guó)鼠疫自然疫源地
    參考文獻(xiàn)
前言Ⅱ 細(xì)菌的比較和進(jìn)化基因組學(xué)
    1 細(xì)菌基因組進(jìn)化
    2 細(xì)菌的比較和進(jìn)化基因組學(xué)
    3 細(xì)菌比較基因組學(xué)研究方法
    4 鼠疫耶爾森氏菌的比較和進(jìn)化基因組學(xué)
    5 本研究的目的與意義
    參考文獻(xiàn)
第一章 鼠疫耶爾森氏菌全基因組DNA芯片的研制及用于比較基因組學(xué)分析
    1 導(dǎo)論
    2 材料和方法
    3 結(jié)果和討論
        3.1 鼠疫耶爾森氏菌全基因組DNA芯片的研制
        3.2 芯片評(píng)價(jià)及用于比較基因組雜交
        3.3 基于DNA芯片的鼠疫耶爾森氏菌比較基因組學(xué)
    參考文獻(xiàn)
第二章 鼠疫耶爾森氏菌基因組進(jìn)化與生態(tài)位適應(yīng)研究
    1 導(dǎo)論
    2 材料和方法
    3 結(jié)果和討論
        3.1 鼠疫耶爾森氏菌自然分離株質(zhì)粒和pgm位點(diǎn)的缺失特性
        3.2 鼠疫耶爾森氏菌自然分離株的DFR
        3.3 基于DFR的鼠疫耶爾森氏菌基因組分型
        3.4 鼠疫耶爾森氏菌的起源進(jìn)化
        3.5 鼠疫耶爾森氏菌種內(nèi)微進(jìn)化
        3.6 鼠疫耶爾森氏菌在中國(guó)的傳播與演化
        3.7 鼠疫耶爾森氏菌生態(tài)位適應(yīng)與基因組進(jìn)化
    參考文獻(xiàn)
第三章 鼠疫耶爾森氏菌生物型遺傳基礎(chǔ)的研究和新生物型--田鼠型的提出
    1 導(dǎo)論
    2 材料和方法
    3 結(jié)果和討論
        3.1 田鼠疫源地鼠疫耶爾森氏菌的獨(dú)特表型特征
        3.2 田鼠疫源地鼠疫耶爾森氏菌的獨(dú)特分子特征
        3.3 新生物型--田鼠型的提出
        3.4 glpD基因突變與東方型甘油降解陰性表型
        3.5 napA基因突變與中世紀(jì)型和田鼠型的脫氮陰性表型
        3.6 araC基因突變與田鼠型阿拉伯糖利用陰性表型
        3.7 對(duì)田鼠型鼠疫耶爾森氏菌對(duì)人不致病性的解釋
    參考文獻(xiàn)
第四章 鼠疫耶爾森氏菌DNA標(biāo)識(shí)序列的鑒定及其應(yīng)用研究
    1 導(dǎo)論
    2 材料和方法
    3 結(jié)果和討論
        3.1 鼠疫耶爾森氏菌標(biāo)識(shí)基因的鑒定
        3.2 鼠疫耶爾森氏菌特異性引物的設(shè)計(jì)及其應(yīng)用
    參考文獻(xiàn)
第五章 鼠疫耶爾森氏菌活疫苗株的比較基因組學(xué)研究
    1 導(dǎo)論
    2 材料和方法
    3 結(jié)果和討論
        3.1 鼠疫活疫苗株缺失了大片段基因
        3.2 鼠疫耶爾森氏菌活疫苗株中存在大片段基因的拷貝增多
        3.3 EV菌苗和Tjiwidei菌苗的遺傳變異
        3.4 結(jié)語(yǔ)
    參考文獻(xiàn)
細(xì)菌基因組進(jìn)化的分子策略(綜述)
發(fā)表論文和申報(bào)專(zhuān)利
致謝



本文編號(hào)：3689719