本文關(guān)鍵詞：基于二代測序技術(shù)的遺傳性痙攣性截癱一家系突變情況的研究

  更多相關(guān)文章： 遺傳性痙攣性截癱伴薄型胼胝體 二代測序 基因突變

【摘要】：目的:對遺傳性痙攣性截癱伴薄型胼胝體(Hereditary spastic paraplegia with a thin corpus callosum,HSP-TCC)一家系進(jìn)行二代測序,從而明確本家系的致病基因。方法:對本家系患者進(jìn)行臨床診斷,總結(jié)患者臨床-遺傳特點(diǎn),構(gòu)建標(biāo)準(zhǔn)家系圖,選取4名家系成員(患者及同輩兄妹共4人)作為待測樣本。1.臨床診斷:病史采集、神經(jīng)系統(tǒng)體格檢查、實(shí)驗(yàn)室檢查、顱腦MRI等;2.基因檢測:取上述待測樣本外周血,提取DNA。應(yīng)用HSP相關(guān)致病基因全外顯子測序、全外顯子組測序結(jié)合Sanger測序等方法,檢測本家系的基因突變情況。結(jié)果:一患者樣本通過HSP相關(guān)致病基因全外顯子測序,并未發(fā)現(xiàn)已知的HSP致病基因,但排除絕大部分臨床上主訴為痙攣性截癱的其他遺傳病;隨后進(jìn)行另外3個(gè)樣本的全外顯子組測序結(jié)合Sanger測序,發(fā)現(xiàn)大量新發(fā)SNPs和Indels,并篩選出可能有意義的候選基因NBPF1和AHI1突變。結(jié)論:在具有典型HSP-TCC臨床表現(xiàn)的家系患者中,其致病基因并非目前已知的HSP致病基因,而是一種新發(fā)的罕見突變,可能是目前未成功克隆的HSP亞型致病基因亦或一新發(fā)HSP亞型;通過基因芯片測序,發(fā)現(xiàn)大量新發(fā)SNPs和Indels,并篩選出該家系可能有意義的候選致病基因:NBPF1和AHI1基因;建立了對HSP的基因檢測流程,可用于HSP患者的早期篩查和基因診斷,為產(chǎn)前診斷提供可靠依據(jù);Sanger測序、自定義Gene Panel全外顯子測序和全外顯子組測序各有優(yōu)缺點(diǎn),正確選擇基因檢測的方法、保證測序過程的嚴(yán)謹(jǐn)和信息分析方法的完備,是確保研究結(jié)果的準(zhǔn)確可靠的必要條件。
【關(guān)鍵詞】：遺傳性痙攣性截癱伴薄型胼胝體 二代測序 基因突變
【學(xué)位授予單位】：南昌大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號】：R741
【目錄】：

• 摘要3-4
• ABSTRACT4-9
• 第1章 前言9-14
• 第2章 研究對象與實(shí)驗(yàn)材料14-22
• 2.1 研究對象14-17
• 2.2 實(shí)驗(yàn)材料17-22
• 2.2.1 主要試劑17-18
• 2.2.2 主要實(shí)驗(yàn)設(shè)備和儀器18-20
• 2.2.3 主要生物醫(yī)學(xué)應(yīng)用軟件20
• 2.2.4 主要生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫20-22
• 第3章 研究方法22-50
• 3.1 全血基因組DNA樣本的提取及質(zhì)量檢測22-23
• 3.1.1 全血基因組DNA樣本的提取22
• 3.1.2 DNA質(zhì)量檢測22-23
• 3.2 HSP相關(guān)致病基因全外顯子測序23-38
• 3.2.1 文庫構(gòu)建24-31
• 3.2.2 文庫雜交反應(yīng)31-34
• 3.2.3 雜交后文庫擴(kuò)增34-36
• 3.2.4 Illumina Hiseq 2500高通量測序36
• 3.2.5 生物信息處理分析36-38
• 3.3 全外顯子組測序38-47
• 3.3.1 Ion AmpliSeqTM外顯子組文庫制備38-41
• 3.3.2 模板陽性ISPs制備41-44
• 3.3.3 芯片處理及上機(jī)測序44-47
• 3.3.4 生物信息處理分析47
• 3.4 Sanger測序驗(yàn)證47-50
• 3.4.1 引物設(shè)計(jì)合成47
• 3.4.2 PCR擴(kuò)增與PCR產(chǎn)物純化47-49
• 3.4.3 DNA測序分析目標(biāo)片段49-50
• 第4章 結(jié)果50-65
• 4.1 原始數(shù)據(jù)概況50-58
• 4.1.1 HSP相關(guān)致病基因全外顯子測序50-51
• 4.1.2 全外顯子組測序51-58
• 4.1.3 Sanger測序58
• 4.2 突變分析58-65
• 4.2.1 HSP相關(guān)致病基因全外顯子測序58-59
• 4.2.2 全外顯子組測序59-65
• 第5章 討論65-72
• 5.1 HSP和HSP-TCC65-67
• 5.2 一代測序和二代測序67-69
• 5.3 NBPF1和AHI1基因69-72
• 第6章 結(jié)論72-73
• 6.1 結(jié)論72
• 6.2 進(jìn)一步工作的方向72-73
• 致謝73-74
• 參考文獻(xiàn)74-78
• 附表78-92
• 攻讀學(xué)位期間的研究成果92-93
• 綜述93-102
• 參考文獻(xiàn)99-102

【參考文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前8條

1 郭奕斌;;基因診斷中測序技術(shù)的應(yīng)用及優(yōu)缺點(diǎn)[J];遺傳;2014年11期

2 王珍珍;岑志棟;羅巍;;伴遠(yuǎn)端肌萎縮遺傳性痙攣性截癱的分子遺傳學(xué)研究進(jìn)展[J];中華醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)雜志;2013年04期

3 張雷;徐愛軍;;遺傳性痙攣性截癱研究進(jìn)展[J];臨床薈萃;2013年03期

4 劉朋虎;林冬梅;林占q，

本文編號：543993