基于蛋白質(zhì)組學(xué)方法探索PINK1蛋白下游底物
發(fā)布時間:2022-12-09 23:57
PINK1(PTEN Induced Putative Kinase 1)是定位于線粒體的絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶,PD(Parkinson’s disease)病人的PINK1基因突變大多導(dǎo)致其激酶活性下降或缺失,因此研究認為PINK1的激酶活性對維持多巴胺能神經(jīng)元的穩(wěn)態(tài)是不可或缺的。線粒體去極化背景下PINK1通過磷酸化下游底物誘導(dǎo)自噬/線粒體自噬。除了自噬途徑外PINK1在PD發(fā)病過程中的其他作用機制或者是聯(lián)合機制以及具體機制如何發(fā)揮作用目前還值得進一步研究。本實驗通過基因敲除技術(shù)獲得PINK1基因敲除小鼠。取PINK1野生型和缺失型的新生小鼠做原代神經(jīng)元培養(yǎng),用線粒體去極化藥物CCCP分多個時間點(15 min和45 min,2 h和6h)處理做PD模型。然后大規(guī)模檢測野生型和缺失型小鼠神經(jīng)元細胞中蛋白質(zhì)及其磷酸化水平變化情況,獲取蛋白質(zhì)組學(xué)和磷酸組學(xué)數(shù)據(jù)后,分析發(fā)現(xiàn)多種激酶信號發(fā)生改變。我們挑選了一些潛在的靶點展開研究。發(fā)現(xiàn)DAPK1與PINK1存在部分共定位且其Ser289和Ser333位點可能依賴于PINK1激酶活性的變化;ULK1的Ser757位點和Ser555位點可能依...
【文章頁數(shù)】:89 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【文章目錄】:
附件
內(nèi)容摘要
ABSTRACT
第一章 引言
1.1 帕金森氏病
1.1.1 PD致病基因PINK1 的功能
1.2 質(zhì)譜實驗方法概述
1.2.1 DDA(數(shù)據(jù)依賴性采集)數(shù)據(jù)采集分析技術(shù)
1.2.2 DIA(非數(shù)據(jù)依賴性采集)數(shù)據(jù)采集模式
1.3 ULK1 與自噬
1.3.1 ULK1 與自噬
1.4 DAPK1 與細胞自噬和凋亡
1.4.1 DAPK1 分子信息
1.4.2 DAPK1 與自噬和凋亡
1.5 前期研究進展
1.5.1 蛋白質(zhì)組學(xué)和磷酸化組學(xué)結(jié)果顯示PINK1 參與多條細胞信號通路
第二章 實驗材料與方法
2.1 實驗材料
2.1.1 實驗藥品與試劑
2.1.2 實驗儀器
2.1.3 常用細胞
2.1.4 耗材
2.1.5 基因克隆引物
2.1.6 質(zhì)粒
2.1.7 抗體
2.1.8 實驗試劑配制
2.2 實驗方法
2.2.1 分子克隆
2.2.2 細胞水平實驗方法
2.2.3 儀器參數(shù)設(shè)置
第三章 實驗結(jié)果與分析
3.1 小鼠基因型鑒定及CCCP誘導(dǎo)模型驗證
3.2 磷酸化變化蛋白功能分析
3.3 磷酸化水平僅在PINK1-WT中上調(diào)的蛋白
3.4 小規(guī)模驗證磷酸化水平上調(diào)的蛋白是否是PINK1 直接底物
3.5 PINK1與ULK1 以及DAPK1 的相互作用
3.6 CCCP處理細胞PINK1 激活后潛在底物磷酸化水平變化情況
3.6.1 ULK1 磷酸化水平變化與PINK1 有關(guān)聯(lián)
3.6.2 AMPK磷酸化水平變化隨CCCP處理變化但與PINK1 無關(guān)
3.6.3 ERK磷酸化水平變化隨CCCP處理變化但與PINK1 無關(guān)
3.7 DAPK1 的磷酸化變化情況影響細胞自噬和凋亡
第四章 總結(jié)與討論
參考文獻
科研成果
致謝
本文編號:3715629
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【學(xué)位級別】:碩士
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ABSTRACT
第一章 引言
1.1 帕金森氏病
1.1.1 PD致病基因PINK1 的功能
1.2 質(zhì)譜實驗方法概述
1.2.1 DDA(數(shù)據(jù)依賴性采集)數(shù)據(jù)采集分析技術(shù)
1.2.2 DIA(非數(shù)據(jù)依賴性采集)數(shù)據(jù)采集模式
1.3 ULK1 與自噬
1.3.1 ULK1 與自噬
1.4 DAPK1 與細胞自噬和凋亡
1.4.1 DAPK1 分子信息
1.4.2 DAPK1 與自噬和凋亡
1.5 前期研究進展
1.5.1 蛋白質(zhì)組學(xué)和磷酸化組學(xué)結(jié)果顯示PINK1 參與多條細胞信號通路
第二章 實驗材料與方法
2.1 實驗材料
2.1.1 實驗藥品與試劑
2.1.2 實驗儀器
2.1.3 常用細胞
2.1.4 耗材
2.1.5 基因克隆引物
2.1.6 質(zhì)粒
2.1.7 抗體
2.1.8 實驗試劑配制
2.2 實驗方法
2.2.1 分子克隆
2.2.2 細胞水平實驗方法
2.2.3 儀器參數(shù)設(shè)置
第三章 實驗結(jié)果與分析
3.1 小鼠基因型鑒定及CCCP誘導(dǎo)模型驗證
3.2 磷酸化變化蛋白功能分析
3.3 磷酸化水平僅在PINK1-WT中上調(diào)的蛋白
3.4 小規(guī)模驗證磷酸化水平上調(diào)的蛋白是否是PINK1 直接底物
3.5 PINK1與ULK1 以及DAPK1 的相互作用
3.6 CCCP處理細胞PINK1 激活后潛在底物磷酸化水平變化情況
3.6.1 ULK1 磷酸化水平變化與PINK1 有關(guān)聯(lián)
3.6.2 AMPK磷酸化水平變化隨CCCP處理變化但與PINK1 無關(guān)
3.6.3 ERK磷酸化水平變化隨CCCP處理變化但與PINK1 無關(guān)
3.7 DAPK1 的磷酸化變化情況影響細胞自噬和凋亡
第四章 總結(jié)與討論
參考文獻
科研成果
致謝
本文編號:3715629
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