目的:腦膠質(zhì)瘤是目前最常見(jiàn)的侵襲性顱內(nèi)原發(fā)惡性腫瘤,鑒于其高侵襲、高復(fù)發(fā)的特性,目前膠質(zhì)瘤患者的中位生存期約為14.6個(gè)月,5年生存率僅為5.5%,嚴(yán)重影響著人類(lèi)的生活質(zhì)量和健康。轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子CUX-1為同源異型盒homeobox家族的成員之一,其在大腦皮層上層表達(dá),參與DNA復(fù)制、細(xì)胞周期控制和DNA修復(fù)。目前已有多種研究證明CUX-1參與了多種類(lèi)型實(shí)體腫瘤的增殖。本研究旨在探討轉(zhuǎn)錄因子CUX1在膠質(zhì)瘤中的表達(dá)及其與臨床病理和患者預(yù)后的關(guān)系,并初步預(yù)測(cè)其在膠質(zhì)瘤增殖中介導(dǎo)的相關(guān)分子機(jī)制。方法:運(yùn)用生物信息學(xué)分析方法在腫瘤基因組圖譜數(shù)據(jù)庫(kù)（TCGA）中對(duì)轉(zhuǎn)錄因子CUX-1進(jìn)行基因差異性表達(dá)分析及生存曲線(xiàn)分析。收集于2014年6月至2016年6月之間在山東省臨沂市人民醫(yī)院神經(jīng)外科經(jīng)手術(shù)切除并經(jīng)病理診斷定級(jí)的不同級(jí)別膠質(zhì)瘤組織46例,以及通過(guò)顱腦外傷腦葉切除減壓術(shù)獲得的正常腦組織10例,隨訪所有患者,獲得完整病歷資料。培養(yǎng)多株膠質(zhì)瘤細(xì)胞系（U251,SF295,CRT,A172,TJ905）及正常膠質(zhì)細(xì)胞系（HA1800）,qRT-PCR,Westernblot實(shí)驗(yàn)檢測(cè)轉(zhuǎn)錄因子CUX1在膠... 

【文章來(lái)源】：青島大學(xué)山東省

【文章頁(yè)數(shù)】：46 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

生物信息學(xué)分析CUX-1在數(shù)據(jù)庫(kù)中的表達(dá)及生存分析

實(shí)驗(yàn)結(jié)果10實(shí)驗(yàn)結(jié)果1.TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中轉(zhuǎn)錄因子CUX-1基因差異性表達(dá)分析及生存分析首先，為了明確轉(zhuǎn)錄因子CUX-1的表達(dá)與膠質(zhì)瘤發(fā)生發(fā)展及患者臨床預(yù)后的關(guān)系，我們?cè)赥CGA數(shù)據(jù)庫(kù)中運(yùn)用ULCAN在線(xiàn)生物信息學(xué)分析工具，對(duì)156例膠質(zhì)瘤組織及5例正常腦組織中的CUX-1表達(dá)進(jìn)行基因差異性分析。隨后對(duì)39例CUX-1高表達(dá)及113例CUX-1低表達(dá)的膠質(zhì)瘤患者進(jìn)行Kaplan-Meie生存分析。結(jié)果表明，轉(zhuǎn)錄因子CUX-1在膠質(zhì)瘤中表達(dá)明顯升高，且高CUX-1表達(dá)明顯縮短膠質(zhì)瘤患者總體生存期（P<0.05）。（圖1a，b）圖1.生物信息學(xué)分析CUX-1在數(shù)據(jù)庫(kù)中的表達(dá)及生存分析。圖1a.不同膠質(zhì)瘤組織中CUX-1的差異表達(dá)分析。圖1b.Kaplan-Meier生存曲線(xiàn)（低表達(dá)，N＝113；高表達(dá)，N＝39，P＝0.03）。上述數(shù)據(jù)均來(lái)自TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)及GTEX數(shù)據(jù)庫(kù)。2.CUX-1在膠質(zhì)瘤組織及細(xì)胞系中的表達(dá)首先我們將8例不同WHO分級(jí)的膠質(zhì)瘤組織樣本（WHOⅠ～Ⅱ級(jí)4例；WHOⅢ～Ⅳ級(jí)4例）及1例正常腦組織樣本進(jìn)行組織勻漿，提取組織蛋白，隨后進(jìn)行實(shí)時(shí)熒光定量PCR實(shí)驗(yàn)（qRT-PCR）及蛋白印跡實(shí)驗(yàn)（Westernblot）。qRT-PCR實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，CUX-1mRNA在膠質(zhì)瘤中的表達(dá)較正常腦組織明顯升高，且在高級(jí)別膠質(zhì)瘤（HGG，WHOⅢ～Ⅳ級(jí)）中的表達(dá)明顯高于低級(jí)別膠質(zhì)瘤（LGG，WHOⅠ～Ⅱ級(jí)）中的表達(dá)，

青島大學(xué)碩士學(xué)位論文11提示轉(zhuǎn)錄因子CUX-1在膠質(zhì)瘤組織RNA層面上的表達(dá)且隨膠質(zhì)瘤WHO分級(jí)的升高而而上調(diào)（P<0.01）；Westernblot實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，轉(zhuǎn)錄因子CUX-1在膠質(zhì)瘤組織中的表達(dá)相較正常腦組織而言明顯升高（P<0.05），且高級(jí)別膠質(zhì)瘤（WHOⅢ～Ⅳ級(jí)）中的表達(dá)顯著高于低級(jí)別膠質(zhì)瘤（WHOⅠ～Ⅱ級(jí)）中的表達(dá)（P<0.01），說(shuō)明在膠質(zhì)瘤組織蛋白層面上CUX-1的表達(dá)水平同樣隨著膠質(zhì)瘤WHO級(jí)別的升高而上調(diào)（圖2a,2b）。隨后我們培養(yǎng)了3株膠質(zhì)瘤細(xì)胞系（U251，SF295，CRT）、2株膠質(zhì)母細(xì)胞瘤（GBM）細(xì)胞系（A172，TJ905）以及1株正常星形膠質(zhì)細(xì)胞系（HA1800），對(duì)其進(jìn)行細(xì)胞勻漿，提取細(xì)胞蛋白。qRT-PCR實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明CUX-1mRNA在膠質(zhì)瘤細(xì)胞系中（SF295，CRT，A172，TJ905）的表達(dá)較正常膠質(zhì)細(xì)胞系（HA1800）明顯升高，且在膠母細(xì)胞系（A172，TJ905）中的表達(dá)較膠質(zhì)瘤細(xì)胞系（SF295，CRT）中的表達(dá)更高（P<0.01），提示CUX-1在細(xì)胞RNA層面上的表達(dá)隨膠質(zhì)瘤細(xì)胞的惡性程度增加而明顯上調(diào)；同樣地，Westernblot實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，在細(xì)胞蛋白層面，轉(zhuǎn)錄因子CUX-1在膠質(zhì)瘤細(xì)胞（SF295，A172，TJ905）中的表達(dá)相較正常膠質(zhì)細(xì)胞（HA1800）而言升高，且在膠質(zhì)母細(xì)胞瘤細(xì)胞系（A172，TJ905）中的表達(dá)顯著其他細(xì)胞系（P<0.05），說(shuō)明CUX-1在膠質(zhì)瘤細(xì)胞蛋白層面上的表達(dá)水平同樣隨著膠質(zhì)瘤惡性程度的升高而上調(diào)（圖2c,2d）。圖2.CUX-1在膠質(zhì)瘤中高表達(dá)。圖2a.qRT-PCR檢測(cè)CUX-1mRNA在膠質(zhì)瘤中的表達(dá)。與正常腦組織相比，CUX-1mRNA在膠質(zhì)瘤組織中高表達(dá)，且隨著WHO分級(jí)升高而上調(diào)；圖2b.WHOⅠ～Ⅳ級(jí)膠質(zhì)瘤及非腫瘤標(biāo)本中CUX-1蛋白的Westernblot分析。圖2c.qRT-PCR檢測(cè)CUX-1mRNA在


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