缺血性卒中的芯片數(shù)據(jù)挖掘及生物信息學分析
發(fā)布時間:2021-11-15 16:34
目的:本研究通過基因表達數(shù)據(jù)庫(Gene Expression Omnibus,GEO)中關于缺血性卒中的基因表達譜和microRNA表達譜數(shù)據(jù)為分析材料,分別篩選出差異表達基因及差異表達microRNA。進行生物信息學功能分析,從而探討缺血性腦卒中的發(fā)病及疾病過程相關的基因與microRNA,從分子水平上研究其機制;為缺血性腦卒中的分子診斷和個體化治療提供參考。方法:1)利用Gene Spring GX11.5軟件篩選出基因表達譜數(shù)據(jù)GSE22255的差異表達基因。隨機挑選TNF及IL1B進行Western-Blot驗證,并進行蛋白質互作網絡、基因本體論及信號通路富集分析。2)利用Gene Spring GX11.5軟件篩選出microRNA表達譜數(shù)據(jù)GSE55937的差異表達microRNA。隨機挑選mi R-122及mi R-145進行Real-time PCR驗證,并使用Targetscan、mi RDB及mi Records預測靶基因,最后進行基因本體論及信號通路富集分析。結果:1.差異表達基因:(1)基因表達譜數(shù)據(jù)GSE22255篩選出差異表達基因15個。(2)Wester...
【文章來源】:南華大學湖南省
【文章頁數(shù)】:59 頁
【學位級別】:碩士
【圖文】:
GSE22255數(shù)據(jù)譜數(shù)據(jù)歸一化處理注:X軸為實驗樣本,Y軸為歸一化處理后的表達強度;歸一化處理后基因芯
EGR1 1.809806 0.0047JUN 1.8006055 0.0008PTGS2 1.793512 0.0201IL1B 1.605887 0.0430NR4A2 1.5297155 0.0453TNF 1.5194 0.0059TMEM107 1.5177265 0.0000SNORD3D 1.4216765 0.0012BRE-AS1 1.408874 0.0386SOD2 1.402818 0.0097RGS1 1.3467345 0.0258blot 結果0.0 軟件隨機挑選出 1L1B 和 TNF 進行示 IS 組 IL1B 和 TNF 蛋白表達明顯高化趨勢與 GSE22255 數(shù)據(jù)譜檢測結果相
IL1B的表達水平
【參考文獻】:
期刊論文
[1]《中國心血管病報告2016》概要[J]. 陳偉偉,高潤霖,劉力生,朱曼璐,王文,王擁軍,吳兆蘇,李惠君,顧東風,楊躍進,鄭哲,蔣立新,胡盛壽. 中國循環(huán)雜志. 2017(06)
[2]miRNA-221、miRNA-622、miRNA-649在缺血性腦卒中患者外周血中的表達及意義[J]. 張誓偉. 醫(yī)學研究與教育. 2017(02)
[3]miR-150與缺血性腦卒中患者二級預防預后的關系[J]. 林澤明,何池忠,劉新通,盧?,鐘詩龍,李昌茂,戴穎儀. 廣東醫(yī)學. 2016(22)
[4]外周血miR-200c-3p、miR-99b-5p和miR-150-5p作為缺血性腦卒中生物標記物的研究[J]. 易朝暉,黃素麗,張艷煒,周世權,呂子全,李山山,謝昌輝,程錦泉. 中華神經醫(yī)學雜志. 2015 (06)
本文編號:3497136
【文章來源】:南華大學湖南省
【文章頁數(shù)】:59 頁
【學位級別】:碩士
【圖文】:
GSE22255數(shù)據(jù)譜數(shù)據(jù)歸一化處理注:X軸為實驗樣本,Y軸為歸一化處理后的表達強度;歸一化處理后基因芯
EGR1 1.809806 0.0047JUN 1.8006055 0.0008PTGS2 1.793512 0.0201IL1B 1.605887 0.0430NR4A2 1.5297155 0.0453TNF 1.5194 0.0059TMEM107 1.5177265 0.0000SNORD3D 1.4216765 0.0012BRE-AS1 1.408874 0.0386SOD2 1.402818 0.0097RGS1 1.3467345 0.0258blot 結果0.0 軟件隨機挑選出 1L1B 和 TNF 進行示 IS 組 IL1B 和 TNF 蛋白表達明顯高化趨勢與 GSE22255 數(shù)據(jù)譜檢測結果相
IL1B的表達水平
【參考文獻】:
期刊論文
[1]《中國心血管病報告2016》概要[J]. 陳偉偉,高潤霖,劉力生,朱曼璐,王文,王擁軍,吳兆蘇,李惠君,顧東風,楊躍進,鄭哲,蔣立新,胡盛壽. 中國循環(huán)雜志. 2017(06)
[2]miRNA-221、miRNA-622、miRNA-649在缺血性腦卒中患者外周血中的表達及意義[J]. 張誓偉. 醫(yī)學研究與教育. 2017(02)
[3]miR-150與缺血性腦卒中患者二級預防預后的關系[J]. 林澤明,何池忠,劉新通,盧?,鐘詩龍,李昌茂,戴穎儀. 廣東醫(yī)學. 2016(22)
[4]外周血miR-200c-3p、miR-99b-5p和miR-150-5p作為缺血性腦卒中生物標記物的研究[J]. 易朝暉,黃素麗,張艷煒,周世權,呂子全,李山山,謝昌輝,程錦泉. 中華神經醫(yī)學雜志. 2015 (06)
本文編號:3497136
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