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缺血性卒中的芯片數(shù)據(jù)挖掘及生物信息學(xué)分析

發(fā)布時間:2021-11-15 16:34
  目的:本研究通過基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫(Gene Expression Omnibus,GEO)中關(guān)于缺血性卒中的基因表達(dá)譜和microRNA表達(dá)譜數(shù)據(jù)為分析材料,分別篩選出差異表達(dá)基因及差異表達(dá)microRNA。進(jìn)行生物信息學(xué)功能分析,從而探討缺血性腦卒中的發(fā)病及疾病過程相關(guān)的基因與microRNA,從分子水平上研究其機(jī)制;為缺血性腦卒中的分子診斷和個體化治療提供參考。方法:1)利用Gene Spring GX11.5軟件篩選出基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)GSE22255的差異表達(dá)基因。隨機(jī)挑選TNF及IL1B進(jìn)行Western-Blot驗(yàn)證,并進(jìn)行蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)、基因本體論及信號通路富集分析。2)利用Gene Spring GX11.5軟件篩選出microRNA表達(dá)譜數(shù)據(jù)GSE55937的差異表達(dá)microRNA。隨機(jī)挑選mi R-122及mi R-145進(jìn)行Real-time PCR驗(yàn)證,并使用Targetscan、mi RDB及mi Records預(yù)測靶基因,最后進(jìn)行基因本體論及信號通路富集分析。結(jié)果:1.差異表達(dá)基因:(1)基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)GSE22255篩選出差異表達(dá)基因15個。(2)Wester... 

【文章來源】:南華大學(xué)湖南省

【文章頁數(shù)】:59 頁

【學(xué)位級別】:碩士

【圖文】:

缺血性卒中的芯片數(shù)據(jù)挖掘及生物信息學(xué)分析


GSE22255數(shù)據(jù)譜數(shù)據(jù)歸一化處理注:X軸為實(shí)驗(yàn)樣本,Y軸為歸一化處理后的表達(dá)強(qiáng)度;歸一化處理后基因芯

蛋白表達(dá),特異性,蛋白,對照組


EGR1 1.809806 0.0047JUN 1.8006055 0.0008PTGS2 1.793512 0.0201IL1B 1.605887 0.0430NR4A2 1.5297155 0.0453TNF 1.5194 0.0059TMEM107 1.5177265 0.0000SNORD3D 1.4216765 0.0012BRE-AS1 1.408874 0.0386SOD2 1.402818 0.0097RGS1 1.3467345 0.0258blot 結(jié)果0.0 軟件隨機(jī)挑選出 1L1B 和 TNF 進(jìn)行示 IS 組 IL1B 和 TNF 蛋白表達(dá)明顯高化趨勢與 GSE22255 數(shù)據(jù)譜檢測結(jié)果相

缺血性卒中的芯片數(shù)據(jù)挖掘及生物信息學(xué)分析


IL1B的表達(dá)水平

【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]《中國心血管病報(bào)告2016》概要[J]. 陳偉偉,高潤霖,劉力生,朱曼璐,王文,王擁軍,吳兆蘇,李惠君,顧東風(fēng),楊躍進(jìn),鄭哲,蔣立新,胡盛壽.  中國循環(huán)雜志. 2017(06)
[2]miRNA-221、miRNA-622、miRNA-649在缺血性腦卒中患者外周血中的表達(dá)及意義[J]. 張誓偉.  醫(yī)學(xué)研究與教育. 2017(02)
[3]miR-150與缺血性腦卒中患者二級預(yù)防預(yù)后的關(guān)系[J]. 林澤明,何池忠,劉新通,盧?,鐘詩龍,李昌茂,戴穎儀.  廣東醫(yī)學(xué). 2016(22)
[4]外周血miR-200c-3p、miR-99b-5p和miR-150-5p作為缺血性腦卒中生物標(biāo)記物的研究[J]. 易朝暉,黃素麗,張艷煒,周世權(quán),呂子全,李山山,謝昌輝,程錦泉.  中華神經(jīng)醫(yī)學(xué)雜志. 2015 (06)



本文編號:3497136

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