背景:缺血性腦卒中是最常見(jiàn)的死亡和致殘?jiān)蛑?作為嚴(yán)重威脅人們生命安全和生活質(zhì)量的疾病,該疾病不僅給家庭帶來(lái)沉重的負(fù)擔(dān),社會(huì)醫(yī)療資源也面臨嚴(yán)峻的考驗(yàn)。流行病學(xué)的調(diào)查研究發(fā)現(xiàn)該疾病不僅發(fā)病率越來(lái)越高,而且呈現(xiàn)越來(lái)越低齡化的趨勢(shì)。臨床上對(duì)于錯(cuò)過(guò)溶栓治療時(shí)間窗的該類(lèi)疾病患者尚無(wú)有效精準(zhǔn)的治療策略。因此,深入研究腦卒中發(fā)生發(fā)展的機(jī)制解決臨床問(wèn)題已經(jīng)成為神經(jīng)學(xué)科亟待解決的重要課題。近年來(lái),隨著對(duì)該疾病研究的不斷深入,miRNA與腦卒中疾病的相關(guān)性逐漸被人們認(rèn)識(shí)。在人類(lèi)基因中,三分之一的基因表達(dá)均受到各物種間具有高度保守性miRNA的調(diào)控而參與人體重要的生物調(diào)節(jié)過(guò)程如增殖分化,自噬凋亡等。并且,miRNA在脊椎動(dòng)物中有一半與其他物種還具有同源性。這些特點(diǎn)為挖掘miRNA與疾病之間的關(guān)聯(lián)性提供了基礎(chǔ),而且快速發(fā)展的高通量芯片技術(shù)為我們?cè)诨蚪M水平研究與疾病相關(guān)的分子機(jī)制提供了可能性。鑒于此,我們推斷（1）鑒于miRNA在細(xì)胞內(nèi)具有廣泛的生物學(xué)功能,建模的多條miRNAs共同作用在腦卒中損傷級(jí)聯(lián)中必有重要作用,通過(guò)研究缺血性腦卒中多條miRNAs的聯(lián)合功能,開(kāi)啟了研究腦卒中損傷機(jī)制的新方式;（2）篩... 

【文章來(lái)源】：武漢科技大學(xué)湖北省

【文章頁(yè)數(shù)】：141 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

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18圖2.2：文件導(dǎo)入后所呈現(xiàn)的Explorer界面為了評(píng)估集合中的意義miRNAs預(yù)測(cè)模型的性能,在這過(guò)程中還可以勾選10倍交叉驗(yàn)證的方法對(duì)模型的預(yù)測(cè)結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證。即將數(shù)據(jù)分為訓(xùn)練集和測(cè)試集兩組，用訓(xùn)練集對(duì)意義miRNAs進(jìn)行訓(xùn)練得出結(jié)果，用測(cè)試集對(duì)結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證評(píng)估。目前多個(gè)指標(biāo)可用于對(duì)預(yù)測(cè)結(jié)果進(jìn)行評(píng)估，如靈敏度，特異度等。其中，真陽(yáng)性（TruePositive，TP）表示被正確預(yù)測(cè)的正樣本的個(gè)數(shù)，假陰性（FalseNegative，F(xiàn)N）表示正樣本中沒(méi)有被正確預(yù)測(cè)出的正樣本的個(gè)數(shù)，真陰性（TrueNegative，TN）表示被正確識(shí)別出的負(fù)樣本的個(gè)數(shù)，假陽(yáng)性（FalsePositive，F(xiàn)P）表示負(fù)樣本中沒(méi)有被正確識(shí)別出的負(fù)樣本的個(gè)數(shù)。ROC曲線(xiàn)是以TP為縱坐標(biāo)、FP為橫坐標(biāo)所繪制的一條曲線(xiàn)，該曲線(xiàn)越靠近左上角表明預(yù)測(cè)結(jié)果準(zhǔn)確性越高，即曲線(xiàn)下面積（AUC）越大時(shí)，計(jì)算模型的性能越優(yōu)。當(dāng)兩者的值越接近1，則計(jì)算的模型性能越優(yōu)。最終存在的集合即為該方法所呈現(xiàn)的需要的意義基因模型。2.3.3腦卒中差異表達(dá)miRNAs的靶基因預(yù)測(cè)及生物信息學(xué)分析將建模的差異miRNAs分別導(dǎo)入TargetScan數(shù)據(jù)庫(kù)和miRDB數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行序列推算。取兩者所預(yù)測(cè)到的靶基因維恩交集分析。將預(yù)測(cè)得到的靶基因使用軟件為DIANTools(http://diana.imis.athenainnovation.gr/DianaTool.index.phpr=site/page&view=software)進(jìn)行KEGG的通路分析及GO的功能富集分析。2.3.4雙熒光素酶實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證建模的意義miRNAs與靶標(biāo)基因的關(guān)系生物信息學(xué)分析分析預(yù)測(cè)出miR-124/216與疾病存在良好的相關(guān)性，我們篩選出靶標(biāo)基因CADM2進(jìn)行鑒定，將CADM2和miR-124/216分別轉(zhuǎn)染進(jìn)N2a細(xì)胞，實(shí)驗(yàn)分組為對(duì)照組、miR-216-mimics（空載體組、CADM23’-UTR野生

23miRNAs，GSE51586中可利用的miRNAs5140條，GSE84216中包含的miRNA數(shù)為1892條及三者共有的重疊miRNAs數(shù)為696條。如圖所示最終696條共有的miRNAs入選為我們進(jìn)一步研究的靶基因。圖2.3:3套數(shù)據(jù)中共有的miRNAs的韋恩圖注：3套數(shù)據(jù)分別是GSE97532，GSE51586，GSE84216中包含的miRNA數(shù)及3者重疊的miRNAs數(shù)接著將696條miRNAs所屬的52個(gè)樣本數(shù)據(jù)首先導(dǎo)入R語(yǔ)言對(duì)miRNAs基因芯片數(shù)據(jù)行中位數(shù)標(biāo)準(zhǔn)化[109]。經(jīng)過(guò)處理后樣本間數(shù)據(jù)的質(zhì)量比較如圖2.4所示。圖2.4:3套數(shù)據(jù)行標(biāo)準(zhǔn)化處理注：X軸為52份實(shí)驗(yàn)樣本，Y軸為標(biāo)準(zhǔn)化處理后miRNA的表達(dá)狀態(tài)，經(jīng)過(guò)標(biāo)準(zhǔn)化處理后基因芯片表達(dá)狀態(tài)的中位數(shù)接近“0”水平。

【參考文獻(xiàn)】：
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碩士論文
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本文編號(hào)：3496010