膠質(zhì)瘤相關(guān)lncRNA表達譜分析以及PAR5在膠質(zhì)瘤中的功能和機制研究
發(fā)布時間：2021-06-14 12:07
[研究背景]膠質(zhì)瘤（Glioma）是中樞神經(jīng)系統(tǒng)中最常見的原發(fā)性、惡性腫瘤,約占所有原發(fā)性中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤的30%,約占中樞神經(jīng)系統(tǒng)惡性腫瘤的80%。其中惡性度最高的是膠質(zhì)母細胞瘤（glioblastomamultiforme,GBM）,約占膠質(zhì)瘤的一半以上。目前國內(nèi)外臨床針對膠質(zhì)瘤患者普遍建議采用“手術(shù)+放、化療”綜合治療方案,但是GBM的中位生存期也仍然只有15個月左右。雖然近年來手術(shù)設(shè)備更新、技術(shù)改進、放化療技術(shù)的不斷發(fā)展,但是膠質(zhì)瘤的治療效果依舊差強人意,仍然沒有取得重大突破,同時膠質(zhì)瘤的明確致病因素仍不清楚,有關(guān)膠質(zhì)瘤發(fā)生發(fā)展的分子機制研究一直是學術(shù)界的熱點之一。2013年研究人員對膠質(zhì)瘤全基因組進行了分析,結(jié)合近年來有關(guān)膠質(zhì)瘤研究的相關(guān)結(jié)果,目前膠質(zhì)瘤常見的突變基因有 PTEN,TP53,EGFR,PIK3CA,PIK3R1,NF1,RB1,IDH1 和 PDGFRA 等,常見易感通道有p53,Rb,PI3K等。除了研究功能基因,非編碼RNA（Non coding RNA）逐漸成為包括腫瘤在內(nèi)的各類生物領(lǐng)域研究的熱點,有研究表明非編碼RNA（包括micRNA、lncRNA等...
【文章來源】：昆明醫(yī)科大學云南省
【文章頁數(shù)】：138 頁
【學位級別】：博士
【部分圖文】：
圖１為ＩｎｃＲＮＡ測序?qū)嶒灹鞒虉D
物擴增偏差等原因，往往導致在測序過程中得到的每個ｒｅａｄ前６－１０個堿基有較??大的波動干擾，這種波動干擾屬于正常情況，但是其后續(xù)循環(huán)堿基組成應(yīng)該趨于??平穩(wěn)。如圖３所示。??Ｂａｓｅｓ?ｃｏｎｔｅｎｔ?ａｌｏｎｇ?ｒｅａｄｓ??５〇－?Ｉ??４０??Ｉ?ｒ??０－???０?＇Ｘ?２Ｃ０?ＺＯＯ??Ｐｏｓｉｔｉｏｎ?ｉｎ?ｒｅａｄ（ｂｐ）??圖３堿基組成分布圖??統(tǒng)計每個測序循環(huán)的堿基質(zhì)量，并繪制堿基質(zhì)量分布箱線圖，以便從整體??水平上評估測序質(zhì)量。圖中循環(huán)的堿基質(zhì)量平均值用藍色線代表，藍色長方形代??表四分位數(shù)ＩＱＲ（第一四分位點和第三四分位點）的范圍，藍色長方形外的黑色水??平線代表質(zhì)量值的上限和下限。堿基質(zhì)量值一般會隨測序循環(huán)數(shù)的增加而有所降??低，這種情況多考慮是由于測序過程中試劑消耗以及隨著時間推移酶活性降低導??致的。如圖４所示。??Ｑｕａｌｉｔｙ?ａｌｏｎｇ?ｒｅａｄｓ??３０－??９）??８??Ｗ２０－??１０??Ｐｏｓｉｔｉｏｎ?ｉｎ?ｒｅａｄ（ｂｐ）??圖４堿基質(zhì)量分布圖??同樣道理，由于測序過程中引物擴增偏差等原因，序列前６－１０個堿基的錯??誤率較高，隨后其趨勢應(yīng)該趨于平穩(wěn)。但是隨著測序過程中化學試劑的消耗以及??隨著時間推移酶活性的降低，測序錯誤率又會逐漸升高。如圖５所示。??２１??
平線代表質(zhì)量值的上限和下限。堿基質(zhì)量值一般會隨測序循環(huán)數(shù)的增加而有所降??低，這種情況多考慮是由于測序過程中試劑消耗以及隨著時間推移酶活性降低導??致的。如圖４所示。??Ｑｕａｌｉｔｙ?ａｌｏｎｇ?ｒｅａｄｓ??３０－??９）??８??Ｗ２０－??１０??Ｐｏｓｉｔｉｏｎ?ｉｎ?ｒｅａｄ（ｂｐ）??圖４堿基質(zhì)量分布圖??同樣道理，由于測序過程中引物擴增偏差等原因，序列前６－１０個堿基的錯??誤率較高，隨后其趨勢應(yīng)該趨于平穩(wěn)。但是隨著測序過程中化學試劑的消耗以及??隨著時間推移酶活性的降低，測序錯誤率又會逐漸升高。如圖５所示。??２１??
【參考文獻】：
期刊論文
[1]Roles of long non-coding RNAs in gastric cancer metastasis[J]. Zi-Guo Yang,Ling Gao,Xiao-Bo Guo,Yu-Long Shi. World Journal of Gastroenterology. 2015(17)
[2]轉(zhuǎn)錄組與RNA-Seq技術(shù)[J]. 張春蘭,秦孜娟,王桂芝,紀志賓,王建民. 生物技術(shù)通報. 2012(12)
[3]轉(zhuǎn)錄組研究新技術(shù):RNA-Seq及其應(yīng)用[J]. 祁云霞,劉永斌,榮威恒. 遺傳. 2011(11)
[4]新一代高通量RNA測序數(shù)據(jù)的處理與分析[J]. 王曦,汪小我,王立坤,馮智星,張學工. 生物化學與生物物理進展. 2010(08)
本文編號：3229797
【文章來源】：昆明醫(yī)科大學云南省
【文章頁數(shù)】：138 頁
【學位級別】：博士
【部分圖文】：
圖１為ＩｎｃＲＮＡ測序?qū)嶒灹鞒虉D
物擴增偏差等原因，往往導致在測序過程中得到的每個ｒｅａｄ前６－１０個堿基有較??大的波動干擾，這種波動干擾屬于正常情況，但是其后續(xù)循環(huán)堿基組成應(yīng)該趨于??平穩(wěn)。如圖３所示。??Ｂａｓｅｓ?ｃｏｎｔｅｎｔ?ａｌｏｎｇ?ｒｅａｄｓ??５〇－?Ｉ??４０??Ｉ?ｒ??０－???０?＇Ｘ?２Ｃ０?ＺＯＯ??Ｐｏｓｉｔｉｏｎ?ｉｎ?ｒｅａｄ（ｂｐ）??圖３堿基組成分布圖??統(tǒng)計每個測序循環(huán)的堿基質(zhì)量，并繪制堿基質(zhì)量分布箱線圖，以便從整體??水平上評估測序質(zhì)量。圖中循環(huán)的堿基質(zhì)量平均值用藍色線代表，藍色長方形代??表四分位數(shù)ＩＱＲ（第一四分位點和第三四分位點）的范圍，藍色長方形外的黑色水??平線代表質(zhì)量值的上限和下限。堿基質(zhì)量值一般會隨測序循環(huán)數(shù)的增加而有所降??低，這種情況多考慮是由于測序過程中試劑消耗以及隨著時間推移酶活性降低導??致的。如圖４所示。??Ｑｕａｌｉｔｙ?ａｌｏｎｇ?ｒｅａｄｓ??３０－??９）??８??Ｗ２０－??１０??Ｐｏｓｉｔｉｏｎ?ｉｎ?ｒｅａｄ（ｂｐ）??圖４堿基質(zhì)量分布圖??同樣道理，由于測序過程中引物擴增偏差等原因，序列前６－１０個堿基的錯??誤率較高，隨后其趨勢應(yīng)該趨于平穩(wěn)。但是隨著測序過程中化學試劑的消耗以及??隨著時間推移酶活性的降低，測序錯誤率又會逐漸升高。如圖５所示。??２１??
平線代表質(zhì)量值的上限和下限。堿基質(zhì)量值一般會隨測序循環(huán)數(shù)的增加而有所降??低，這種情況多考慮是由于測序過程中試劑消耗以及隨著時間推移酶活性降低導??致的。如圖４所示。??Ｑｕａｌｉｔｙ?ａｌｏｎｇ?ｒｅａｄｓ??３０－??９）??８??Ｗ２０－??１０??Ｐｏｓｉｔｉｏｎ?ｉｎ?ｒｅａｄ（ｂｐ）??圖４堿基質(zhì)量分布圖??同樣道理，由于測序過程中引物擴增偏差等原因，序列前６－１０個堿基的錯??誤率較高，隨后其趨勢應(yīng)該趨于平穩(wěn)。但是隨著測序過程中化學試劑的消耗以及??隨著時間推移酶活性的降低，測序錯誤率又會逐漸升高。如圖５所示。??２１??
【參考文獻】：
期刊論文
[1]Roles of long non-coding RNAs in gastric cancer metastasis[J]. Zi-Guo Yang,Ling Gao,Xiao-Bo Guo,Yu-Long Shi. World Journal of Gastroenterology. 2015(17)
[2]轉(zhuǎn)錄組與RNA-Seq技術(shù)[J]. 張春蘭,秦孜娟,王桂芝,紀志賓,王建民. 生物技術(shù)通報. 2012(12)
[3]轉(zhuǎn)錄組研究新技術(shù):RNA-Seq及其應(yīng)用[J]. 祁云霞,劉永斌,榮威恒. 遺傳. 2011(11)
[4]新一代高通量RNA測序數(shù)據(jù)的處理與分析[J]. 王曦,汪小我,王立坤,馮智星,張學工. 生物化學與生物物理進展. 2010(08)
本文編號：3229797
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