【摘要】：近年來,越來越多的研究指出RNA編輯作為一種轉(zhuǎn)錄后修飾行為,通過改變編碼區(qū)域和非編碼區(qū)域的序列,不僅增加了蛋白質(zhì)的多樣性,而且在轉(zhuǎn)錄后的調(diào)控過程中也扮演著非常重要的作用。RNA編輯事件被多次報道與癌癥有關(guān),例如乳腺癌、前列腺癌等,目前關(guān)于神經(jīng)母細(xì)胞瘤中RNA編輯事件的研究還比較少。 本文通過提出一個只利用RNA測序數(shù)據(jù)檢測RNA編輯事件的分析流程,通過驗(yàn)證得出本文的分析流程具有很高的準(zhǔn)確率,并利用這個分析流程分析了497個神經(jīng)母細(xì)胞瘤樣本中的RNA編輯事件。通過分析,總共發(fā)現(xiàn)645,603個RNA編輯事件,但是不同樣本之間的重合度非常低。 通過分析不同期神經(jīng)母細(xì)胞瘤樣本中發(fā)生的RNA編輯事件,發(fā)現(xiàn)每一期疾病樣本中獨(dú)有的RNA編輯事件所占的比例非常高；分析不同診斷年齡神經(jīng)母細(xì)胞瘤樣本中的RNA編輯事件,結(jié)果表明診斷年齡接近的樣本組之間的RNA編輯事件的重合度更高；通過分析高危組和中低危組樣本中RNA編輯事件的編輯度,揭示了大多數(shù)RNA編輯事件的編輯度在高危組病人中顯著地低于中低危組病人,并且這些RNA編輯事件所處的基因中有些已經(jīng)被報道過與神經(jīng)母細(xì)胞瘤密切相關(guān),例如NTRK1, CHD5和DNAJC11;通過分析RNA編輯事件與OS d和EFS_d之間的關(guān)聯(lián)性,得出所有樣本共同發(fā)生的RNA編輯事件的編輯度與OS d和EFS_d沒有顯著的相關(guān)性；最后,分析了外顯子區(qū)域發(fā)生的RNA編輯事件,結(jié)果顯示病情較好的樣本組中發(fā)生的非同義突變RNA編輯事件的個數(shù)反而更多。 本文的研究結(jié)果表明,大多數(shù)RNA編輯事件對于人體的健康發(fā)展是有利的,這些RNA編輯事件不發(fā)生或者RNA編輯事件編輯度降低可能會導(dǎo)致神經(jīng)母細(xì)胞瘤病情的惡化。
[Abstract]:In recent years, more and more studies have pointed out that as a kind of post-transcriptional modification behavior, RNA editing not only increases the diversity of proteins by changing the sequences of coding and non-coding regions, but also increases the diversity of proteins. RNA editing events have been reported to be related to cancer, such as breast cancer, prostate cancer, and so on. At present, there are few studies on RNA editing events in neuroblastoma. In this paper, we propose an analysis flow only using RNA sequencing data to detect RNA editing events, and verify that the analysis process of this paper has a very high accuracy. The RNA editing events in 497 neuroblastoma samples were analyzed by this analysis process. Through analysis, a total of 645603 RNA editing events were found, but the coincidence between the different samples was very low. By analyzing the RNA editing events in different neuroblastoma samples, it was found that the percentage of unique RNA editing events in each phase of the disease sample was very high. The RNA editing events in neuroblastoma samples of different diagnostic ages were analyzed. The results showed that the coincident degree of RNA editing events was higher among the groups with similar diagnostic age. By analyzing the editing degree of RNA editing events in high-risk group and middle-low risk group, it is revealed that the editing degree of most RNA editing events in high-risk group is significantly lower than that in middle-and low-risk group. And some of the genes where these RNA editing events are located have been reported to be closely related to neuroblastoma, such as NTRK1, CHD5 and DNAJC11;. By analyzing the relationship between RNA editing events and OS d and EFS_d, it is concluded that the editing degree of RNA editing events co-occurring in all samples has no significant correlation with OS d and EFS_d. Finally, the RNA editing events occurred in exons were analyzed, and the results showed that the number of non-synonymous mutation RNA editing events in the group with better condition was more than that in the control group. The results of this study show that most of the RNA editing events are beneficial to the healthy development of human body. The non-occurrence of these RNA editing events or the decrease of editing degree of RNA editing events may lead to the deterioration of neuroblastoma.
【學(xué)位授予單位】：華東師范大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2014
【分類號】：R739.41

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