【摘要】：目的應用生物信息學技術分析缺血性腦卒中患者外周血中微小RNA(miRNA)的靶基因及其功能、在疾病中的作用。方法在GEO數據庫中檢索缺血性腦卒中基因芯片數據,并利用生物信息學工具篩選差異表達的miRNA,對差異表達的miRNA進行靶基因預測分析,對miRNA靶基因進行生物學功能分析及信號通路分析,最后構建miRNA調控網絡和miRNA靶基因調控網絡。結果檢索到芯片數據GSE55937,篩選得到50個差異表達的miRNA。篩選出的miRNA的靶基因的合集共7 557個。這些靶基因的功能主要為DNA依賴轉錄、DNA依賴轉錄調節(jié)等,主要分布在絲裂原活化蛋白激酶信號通路、腫瘤信號通路等信號通路。miRNA功能的調控分析及miRNA靶基因調控網絡圖提示,人類miRNA(hsa-miR)-15a-5p、hsa-miR-106b-5p、hsa-let-7c-5p、hsa-let-7i-5p、hsa-let-7g-5p中心度最高。結論缺血性腦卒中患者外周血中存在差異性表達的miRNA,hsa-miR-15a-5p、hsa-miR-106b-5p、hsa-let-7c-5p、hsa-let-7i-5p、hsa-let-7g-5p與缺血性腦卒中的發(fā)病密切相關。
[Abstract]:Objective to analyze the target gene and its function of micro-RNA (miRNA) in peripheral blood of patients with ischemic stroke by bioinformatics technique, and to explore the role of microgene in the disease. Methods the gene chip data of ischemic stroke were retrieved in GEO database, and the differentially expressed miRNA, was screened by bioinformatics tools to predict and analyze the target genes of the differentially expressed miRNA. The biological function and signal pathway of miRNA target gene were analyzed. Finally, miRNA regulatory network and miRNA target gene regulatory network were constructed. Results 50 differentially expressed miRNA. were obtained by GSE55937, screening of microarray data. A total of 7 557 miRNA target genes were screened. The functions of these target genes are mainly DNA-dependent transcription, DNA-dependent transcriptional regulation, and mainly distributed in mitogen-activated protein kinase signaling pathway. Analysis of the regulation of miRNA function and miRNA target gene regulatory network suggested that human miRNA (hsa-miR)-15a-5p, hsa-miR-106b-5p, hsa-let7c-5p, hsa-let-7i-5p, hsa-let-15a-5p, hsa-mir-106b-5p, hsa-let-7i-5p, The centrality of hsa-let-7g-5p was the highest. Conclusion there is a differential expression of miRNA,hsa-miR-15a-5p,hsa-miR-106b-5p,hsa-let-7c-5p,hsa-let-7i-5p, in peripheral blood of patients with ischemic stroke. Hsa-let-7g-5p is closely related to ischemic stroke.
【作者單位】： 廣西醫(yī)科大學附屬民族醫(yī)院神經內二科;廣西醫(yī)科大學第一附屬醫(yī)院神經內科;
【基金】：國家自然科學基金(81360191) 廣西醫(yī)藥衛(wèi)生科研課題(Z2015105)
【分類號】：R743.3

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