第一部分MethylCap-seq芯片數(shù)據(jù)的獲得和細(xì)胞株中DNA甲基化的篩選 目的：對新候選基因的甲基化差異區(qū)域在細(xì)胞株786-0中進行初步的篩選驗證。材料與方法：MethyCap-seq芯片數(shù)據(jù)的獲得本研究基于MethylCap-seq技術(shù)的篩選高通量數(shù)據(jù)來源于復(fù)旦大學(xué)郭士成博士。RPMI1640培養(yǎng)液培養(yǎng)腎癌786—0細(xì)胞并傳代,抽取復(fù)旦大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院組織樣本庫中腎透明細(xì)胞癌配對癌旁組織1例。離心柱法提取DNA。重亞硫酸測序PCR檢測目的片段甲基化情況。結(jié)果：CD9：正常腎組織中甲基化率84.29%、786-0中甲基化率為88.57%。FBXW10:正常腎組織中甲基化率22.22%,786-0中甲基化率84.44%。HIST1H3E:正常腎組織中甲基化率97.33%,786-0中甲基化率96%。LEP：正常腎組織中甲基化率67.03%,786-0中甲基化率84.32%。SMPD3：正常腎組織中甲基化率35.71%,786-0中甲基化率82.86%。GGT6：正常腎組織中甲基化率94.29%,786-0中甲基化率80%。結(jié)論：實驗結(jié)果表明,FBXW10和SMPD3兩基因高甲基化僅發(fā)...

【文章頁數(shù)】：73 頁

【學(xué)位級別】：博士

【部分圖文】：

圖1.2個DNA樣本的基因組DNA檢測泳道1：MarkerDL15000(從上到下依次為：

在http://quma. cdb.riken..]‘p/網(wǎng)站上對各樣本測序結(jié)。組DNA檢測電泳圖

圖2目的片段的PCR擴增

圖1.2個DNA樣本泳道1：Mar15000,10000,7500，3.2目的片段的PCR擴增電泳圖

圖3焦憐酸測序原理圖

沒有聚合的dNTP、反應(yīng)過剩的dNTP和ATP則迅速被反應(yīng)體系中的三憐酸腺訂雙隣酸酶降解，反應(yīng)體系得以再生(圖3)。第五步，隨后加入另一種dNTP，重復(fù)上述第—至第四步反應(yīng)過程。34

圖1癌旁正常組織中SbiPD3甲基化率與Fuhrman分級的關(guān)系

本文編號：3919924