本文關鍵詞：2002～2010年浙江省急性出血性結膜炎暴發(fā)疫情病原CA24v的全基因組分析，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

《寧波大學》 2014年

2002～2010年浙江省急性出血性結膜炎暴發(fā)疫情病原CA24v的全基因組分析

李煥  

【摘要】：目的： 1、研究2002-2010年浙江省CA24v病毒流行株在各基因及全序列層面的核苷酸、氨基酸、糖基化位點等的變異情況與進化速率，并探討近十年來浙江省CA24v病毒株與國內(nèi)外不同時期流行株間的差異。 2、分析國內(nèi)外CA24流行株中各基因及全序列上的重組狀況，推算柯薩奇A組24型變異病毒流行株VP1基因和3C基因的進化速率與進化分歧時間，從而探討CA24v病毒的進化特征。 方法： 選擇浙江省在2002-2010年之間分離的13株CA24v病毒流行株，在Hep-2細胞上增殖CA24v病毒，并采用實時熒光定量RT-PCR鑒定，用RT-PCR法擴增病毒核酸的相應片段，進行全序列測定，對獲得的序列用生物軟件進行拼接與分析，并與國內(nèi)外分離的流行株進行比較，同時檢測CA24v病毒各基因及全序列中發(fā)生的重組事件，最后用貝葉斯-馬爾科夫鏈-蒙特卡洛(Bayesian-MCMC)和分子鐘方法對國內(nèi)外不同年代分離的CA24v病毒流行株的VP1和3C基因進行系統(tǒng)發(fā)育學分析，計算CA24v型流行株的起源與分化時間。 結果： 1、3株浙江省CA24v病毒流行株的全基因序列長度為7456-7458個核苷酸。2010年流行株與2002年流行株相比，在5′非編碼區(qū)的核糖體結合位點存在兩個T堿基插入。 2、浙江省CA24v流行株VP1、VP2和VP3三個基因的細胞表位區(qū)分別存在16、7、3個氨基酸位點的變異，其他基因也存在一定數(shù)量的氨基酸變異。CA24v全序列中存在若干熵值較高的位點，但是各氨基酸位點的Ka/Ks均小于1。1970-2011年國內(nèi)外CA24v型病毒流行株共有4個糖基化位點發(fā)生改變。在CA24v的個別流行株序列中發(fā)現(xiàn)有重組事件的發(fā)生。 3、近十年來浙江省急性出血性結膜炎暴發(fā)疫情病原均為CA24v型，2002年、2007～2008年以及2010年浙江省分離的CA24v流行株，在系統(tǒng)進化樹上分別聚集在CA24v GⅣ分支的C2、C3和C4小分支上。 4、CA24型病毒VP1基因的核苷酸堿基替代率為4.86×10-3(3.522×10-3-6.167×10-3)替代/位點/年，推算CA24型原型與變異型的最近共同祖先出現(xiàn)在1909(1885-1930)年，變異型(CA24v)的分化時間點為1942(1927-1958)年；3C基因的核苷酸平均堿基替代率為4.737×10-3(3.237×10-3-6.434×10-3)替代/替代/年，推算CA24型原型與變異型(CA24v)的最近共同祖先出現(xiàn)在1926(1879-1942)年，變異型的分化時間點為1961(1954-1969)年。 結論： CA24v是引起我國及急性出血性結膜炎暴發(fā)疫情的最主要病原，該病毒的氨基酸序列較為穩(wěn)定。CA24型原型病毒并非是引起急性出血性結膜炎的病原，而只是和引起急性出血性結膜炎暴發(fā)的CA24v型病毒有接近親緣關系的一種腸道病毒。CA24型原型與變異型的最近共同祖先出現(xiàn)在19世紀末到20世紀40年代初，，變異型病毒1950年開始分化。為加強對CA24v的預防與控制，我國應開展CA24型病毒的分子流行病學、重組及進化的研究。

【關鍵詞】：
【學位授予單位】：寧波大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2014
【分類號】：R777.31;R181.3
【目錄】：

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本文編號：200156