本文選題：CRF07_BC　切入點(diǎn)：遺傳多樣性　出處：《中國疾病預(yù)防控制中心》2009年博士論文　論文類型：學(xué)位論文

【摘要】： HIV-1 CRF07_BC重組毒株是我國流行的主要HIV毒株之一,主要分布于靜脈吸毒人群(intravenous drug users,IDUs)中。CRF07_BC最初在四川和新疆IDUs中發(fā)現(xiàn)。了解四川和新疆流行CRF07_BC毒株的個(gè)體和群體變異特征并分析其流行情況對(duì)于闡明該毒株免疫逃逸和適應(yīng)性機(jī)制、分子進(jìn)化等具有重要的科學(xué)意義和應(yīng)用價(jià)值。本文選擇四川和新疆HIV-1感染者,從個(gè)體和群體水平分析CRF07_BC毒株的變異特征,探索其遺傳動(dòng)態(tài)變化并重建CRF07_BC在四川和新疆的流行史。 本文對(duì)四川和新疆22例CRF07_BC感染者進(jìn)行g(shù)ag基因和gp120基因單基因組擴(kuò)增和序列測(cè)定,分析個(gè)體內(nèi)序列變異特征;選取2007-2008年從四川和新疆采集195例HIV-1感染者分析群體水平的遺傳多樣性特征。利用1996-2008年采集樣本(四川108份,新疆216份)的env基因序列,進(jìn)行貝葉斯合并理論方法重建CRF07_BC在四川和新疆的流行史,并分析其遺傳動(dòng)態(tài)變化特征。 對(duì)感染者體內(nèi)病毒序列分析表明CRF07_BC感染者血漿內(nèi)毒株呈現(xiàn)復(fù)雜的準(zhǔn)種變異。序列中存在不同的點(diǎn)突變和插入/缺失模式、以及個(gè)體內(nèi)毒株間重組等造成氨基酸組成、N糖基化程度(gp120糖蛋白,18-34個(gè)N糖基化位點(diǎn))和功能區(qū)長度多態(tài)性改變,在進(jìn)化樹上聚集成復(fù)雜的群體結(jié)構(gòu)。CRF07_BC毒株的高度變異性主要集中在gp120基因,尤其是4個(gè)高變環(huán)區(qū)(V1、V2、V4和V5)�？傮w上,V4/V5區(qū)平均兩兩比對(duì)基因距離(0.024-0.178)高于V1/V2區(qū)(0.012-0.117),呈現(xiàn)出獨(dú)立進(jìn)化特征,但兩者的氨基酸長度多態(tài)性存在微弱的正相關(guān)關(guān)系(r=0.359,P＜0.001)。個(gè)體內(nèi)高度變異gp120基因中包含相對(duì)保守的功能區(qū)(V3區(qū)),表現(xiàn)在長度多態(tài)性低、均使用CCR5輔助受體、頂端四肽為GPGQ;這可能是宿主微環(huán)境對(duì)CRF07_BC的功能性選擇和病毒適應(yīng)性的結(jié)果。CRF07_BC gag基因的遺傳多樣性主要集中在p17區(qū)和p2-p6區(qū)。43.6%流行毒株p6區(qū)存在7個(gè)氨基酸殘基缺失突變;18%病例的p6區(qū)CTL表位存在3-12個(gè)氨基酸殘基插入,脯氨酸(Pro)和丙氨酸(Ala)所占比例增加。這些插入/缺失突變?cè)斐傻鞍捉Y(jié)構(gòu)和功能的改變,可能有助于病毒免疫逃逸和適應(yīng)性增加。 系統(tǒng)進(jìn)化分析結(jié)果表明四川和新疆流行CRF07_BC具有較高的遺傳同源性,并起源于共同的祖先,總體上兩省獲得的序列交錯(cuò)分布,沒有與地域、民族或樣本采集時(shí)間相關(guān)的聚集傾向,僅在某些氨基酸位點(diǎn)上表現(xiàn)出與地域和民族相關(guān)聯(lián)的氨基酸組成偏性。 運(yùn)用貝葉斯合并理論推斷CRF07_BC傳入四川和新疆的時(shí)間分別是1994.0年(95%置信區(qū)間,1991.9-1995.7)和1995.0(95%置信區(qū)間,1993.7-1995.8)年。該結(jié)果符合CRF07_BC從我國西南(云南)經(jīng)由四川沿販毒路線傳入新疆的傳播路線假說。CRF07_Bc毒株進(jìn)入四川和新疆后,大致分為三個(gè)流行階段,包括病毒傳入期(1994-1996年)、快速傳播期(1997-2002年)和高水平流行期(2003-2008年)。在流行早期,CRF07_Bc毒株具有較低的遺傳多樣性;隨著流行時(shí)間的延長,群體流行CRF07_BC毒株表現(xiàn)出較高的遺傳多樣性。現(xiàn)有的數(shù)據(jù)表明四川和新疆CRF07_BC傳播速率降低,有效感染群體接近飽和,流行毒株表現(xiàn)出較高的遺傳多樣性(gp120基因距離接近0.09)和較快的進(jìn)化速率(7-8×10~(-3)替換/位點(diǎn)/年);但CRF07_BC感染仍然維持較高的流行水平,加強(qiáng)HIV/AIDS的防控勢(shì)在必行。
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【學(xué)位授予單位】：中國疾病預(yù)防控制中心
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2009
【分類號(hào)】：R394;R181.3

【引證文獻(xiàn)】

相關(guān)博士學(xué)位論文 前1條

1 蘇瑩珍;MSM人群HIV-1感染的影響因素及云南省HIV-1分子流行病學(xué)研究[D];南方醫(yī)科大學(xué);2011年

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本文編號(hào)：1637299