本文選題：CRF07_BC　切入點：遺傳多樣性　出處：《中國疾病預(yù)防控制中心》2009年博士論文　論文類型：學(xué)位論文

【摘要】： HIV-1 CRF07_BC重組毒株是我國流行的主要HIV毒株之一,主要分布于靜脈吸毒人群(intravenous drug users,IDUs)中。CRF07_BC最初在四川和新疆IDUs中發(fā)現(xiàn)。了解四川和新疆流行CRF07_BC毒株的個體和群體變異特征并分析其流行情況對于闡明該毒株免疫逃逸和適應(yīng)性機制、分子進化等具有重要的科學(xué)意義和應(yīng)用價值。本文選擇四川和新疆HIV-1感染者,從個體和群體水平分析CRF07_BC毒株的變異特征,探索其遺傳動態(tài)變化并重建CRF07_BC在四川和新疆的流行史。 本文對四川和新疆22例CRF07_BC感染者進行g(shù)ag基因和gp120基因單基因組擴增和序列測定,分析個體內(nèi)序列變異特征;選取2007-2008年從四川和新疆采集195例HIV-1感染者分析群體水平的遺傳多樣性特征。利用1996-2008年采集樣本(四川108份,新疆216份)的env基因序列,進行貝葉斯合并理論方法重建CRF07_BC在四川和新疆的流行史,并分析其遺傳動態(tài)變化特征。 對感染者體內(nèi)病毒序列分析表明CRF07_BC感染者血漿內(nèi)毒株呈現(xiàn)復(fù)雜的準(zhǔn)種變異。序列中存在不同的點突變和插入/缺失模式、以及個體內(nèi)毒株間重組等造成氨基酸組成、N糖基化程度(gp120糖蛋白,18-34個N糖基化位點)和功能區(qū)長度多態(tài)性改變,在進化樹上聚集成復(fù)雜的群體結(jié)構(gòu)。CRF07_BC毒株的高度變異性主要集中在gp120基因,尤其是4個高變環(huán)區(qū)(V1、V2、V4和V5)。總體上,V4/V5區(qū)平均兩兩比對基因距離(0.024-0.178)高于V1/V2區(qū)(0.012-0.117),呈現(xiàn)出獨立進化特征,但兩者的氨基酸長度多態(tài)性存在微弱的正相關(guān)關(guān)系(r=0.359,P＜0.001)。個體內(nèi)高度變異gp120基因中包含相對保守的功能區(qū)(V3區(qū)),表現(xiàn)在長度多態(tài)性低、均使用CCR5輔助受體、頂端四肽為GPGQ;這可能是宿主微環(huán)境對CRF07_BC的功能性選擇和病毒適應(yīng)性的結(jié)果。CRF07_BC gag基因的遺傳多樣性主要集中在p17區(qū)和p2-p6區(qū)。43.6%流行毒株p6區(qū)存在7個氨基酸殘基缺失突變;18%病例的p6區(qū)CTL表位存在3-12個氨基酸殘基插入,脯氨酸(Pro)和丙氨酸(Ala)所占比例增加。這些插入/缺失突變造成蛋白結(jié)構(gòu)和功能的改變,可能有助于病毒免疫逃逸和適應(yīng)性增加。 系統(tǒng)進化分析結(jié)果表明四川和新疆流行CRF07_BC具有較高的遺傳同源性,并起源于共同的祖先,總體上兩省獲得的序列交錯分布,沒有與地域、民族或樣本采集時間相關(guān)的聚集傾向,僅在某些氨基酸位點上表現(xiàn)出與地域和民族相關(guān)聯(lián)的氨基酸組成偏性。 運用貝葉斯合并理論推斷CRF07_BC傳入四川和新疆的時間分別是1994.0年(95%置信區(qū)間,1991.9-1995.7)和1995.0(95%置信區(qū)間,1993.7-1995.8)年。該結(jié)果符合CRF07_BC從我國西南(云南)經(jīng)由四川沿販毒路線傳入新疆的傳播路線假說。CRF07_Bc毒株進入四川和新疆后,大致分為三個流行階段,包括病毒傳入期(1994-1996年)、快速傳播期(1997-2002年)和高水平流行期(2003-2008年)。在流行早期,CRF07_Bc毒株具有較低的遺傳多樣性;隨著流行時間的延長,群體流行CRF07_BC毒株表現(xiàn)出較高的遺傳多樣性�，F(xiàn)有的數(shù)據(jù)表明四川和新疆CRF07_BC傳播速率降低,有效感染群體接近飽和,流行毒株表現(xiàn)出較高的遺傳多樣性(gp120基因距離接近0.09)和較快的進化速率(7-8×10~(-3)替換/位點/年);但CRF07_BC感染仍然維持較高的流行水平,加強HIV/AIDS的防控勢在必行。
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【學(xué)位授予單位】：中國疾病預(yù)防控制中心
【學(xué)位級別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2009
【分類號】：R394;R181.3

【引證文獻】

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1 蘇瑩珍;MSM人群HIV-1感染的影響因素及云南省HIV-1分子流行病學(xué)研究[D];南方醫(yī)科大學(xué);2011年

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本文編號：1637299