口腔鱗狀細胞癌（OSCC）占口腔癌的90%以上,是全球最常見的口腔腫瘤�；蛟诳谇击[狀細胞癌的發(fā)病機制中起著不可忽視的作用。然而,目前對口腔鱗狀細胞癌分子機理的研究還不完全。為了確定與疾病相關的基因,研究人員通常會關注表達值的均值在疾病和正常之間存在差異的基因,實際上在兩種不同的生物狀態(tài)（疾病vs.正常）之間基因表達值的方差如果存在差異同樣也具有生物學意義。方差是統(tǒng)計中的另一個重要衡量標準,表示數(shù)據(jù)集包含的信息量。一般方差越大,數(shù)據(jù)集包含的信息就越多。本文提出了一種新的口腔鱗狀細胞癌相關基因檢測方法,在該方法中,不僅比較了口腔鱗狀細胞癌患者與對照組基因表達值的均值差異,而且比較了患者與對照組之間的基因表達值的方差差異。目前,比較疾病患者與對照組基因表達值的均值差異,即基因表達差異（DE）分析方法已經(jīng)成功應用于復雜人類疾病的相關基因檢測,如黑色素瘤、漿液性卵巢癌、肺腺癌和頭頸部鱗狀細胞癌。然而跟據(jù)已有文獻可知,目前還沒有研究來檢測口腔鱗狀細胞癌差異變異性（DV）基因探針。在具體分析中,基于來自GEO公共數(shù)據(jù)庫的兩個基因芯片數(shù)據(jù)集GSE30784和GSE6791,檢測到了456個DV探針,... 

【文章來源】：北京工業(yè)大學北京市 211工程院校

【文章頁數(shù)】：74 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

基因表達矩陣示意圖

圖 2-2 基因芯片數(shù)據(jù)分析的一般流程Figure 2-2 General analysis process of gene data sets因表達差異分析選表達差異的基因是基因芯片數(shù)據(jù)分析在層次（1）上的重要手段。因是指在不同實驗條件（疾病 vs.正常）下表達值存在顯著性差異的基實驗條件包括：不同的組織細胞、不同的藥物處理時間、不同的病人實驗處理等。表達的差異通常指在排除實驗和檢測等因素后，一個基驗條件下的表達水平達到一定的差異，且同時具有統(tǒng)計學和生物學意表達差異基因的檢測方法主要有以下幾類：因芯片發(fā)展之初，往往根據(jù)基因表達的倍數(shù)變化直接區(qū)分表達的差異最廣泛應用于基因芯片數(shù)據(jù)分析的方法，該方法是通過對基因芯片的小排序。f 值是由實驗組與對照組基因表達值的比值來計算得到，用在兩類樣本中存在表達差異的基因。一般 f 值大于 2 或小于 0.5 時，

圖 2-3 數(shù)據(jù)集 GSE30784 對數(shù)化和歸一化后的基因表達軌跡圖re 2-3 The plot of the quantiles of gene expression levels for GSE3078圖 2-4 數(shù)據(jù)集 GSE6791 對數(shù)化和歸一化后的基因表達軌跡圖ure 2-4 The plot of the quantiles of gene expression levels for GSE6791

【參考文獻】：
期刊論文
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碩士論文
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[2]PIK3CA基因表達及SNPs在口腔鱗狀細胞癌發(fā)生發(fā)展中的意義[D]. 萬瀟瀟.重慶醫(yī)科大學 2016
[3]面向疾病的基因芯片差異分析方法研究[D]. 魏航.中國科學技術大學 2016
[4]基于Top-r方法的特征選擇算法研究[D]. 趙軍.湖南大學 2014
[5]基于生物學通路的差異表達基因檢測[D]. 呂丹丹.黑龍江大學 2014
[6]基因表達數(shù)據(jù)的聚類算法設計與分析[D]. 姜中博.天津大學 2008



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