背景齲病是微生物發(fā)酵游離糖產(chǎn)生的酸性副產(chǎn)物對牙齒硬組織造成局部破壞的結果,其相關微生物一直是研究熱點。唾液和齦上菌斑是口腔微生物研究的常用樣本。但唾液能否代替齦上菌斑來研究齲病相關微生物具有爭議性。橫斷面調(diào)查和隊列研究都表明患有乳牙齲是第一恒磨牙患齲的危險因素。但是,在第一恒磨牙尚未患齲時,其菌斑微生物群落是否會受乳牙患齲狀態(tài)的影響,有關這方面的研究甚少。高通量測序技術為微生物研究提供了強有力的支持。新一代測序平臺具有短讀長的缺點,這對微生物群落的分析具有一定的影響。第三代測序平臺如PacBio Sequel彌補了該不足,它能讀取全長的16S rRNA基因序列,在鑒定微生物方面具有更精確的“分辨率”,能更好地分析微生物。目的1.評估唾液樣本能否代替齦上菌斑樣本來研究齲病相關微生物;2.比較7—9歲患齲兒童和健康兒童的微生物群落差異;3.比較7—9歲不同患齲狀態(tài)兒童的健康第一恒磨牙齦上菌斑微生物群落差異。方法樣本取自30名7—9歲兒童的齦上菌斑和非刺激性唾液。15名兒童乳磨牙有齲（齲病組/Caries組/C組）,15名兒童無齲（健康組Healthy/H組）,所有兒童的第一恒磨牙均無齲。從... 

【文章來源】：南方醫(yī)科大學廣東省

【文章頁數(shù)】：121 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖２?ＯＴＵ分布情況??每個圓圈內(nèi)的數(shù)字表示每個組或每個亞組內(nèi)的ＯＴＵ數(shù)目，重疊部分的數(shù)字表示兩個組或兩??個亞組之間共有的ＯＴＵ數(shù)目

?７—９歲患齲兒童齦上菌斑及唾液微生物群落研究???２．５測序深度和樣本量大小的評估??稀疏曲線的平緩程度反映了測序深度對于微生物群落多樣性的影響大校??稀疏曲線如果呈現(xiàn)出平緩的形狀，說明當前的測序深度已足以反映微生物群落??多樣性；稀疏曲線若呈現(xiàn)出相對陡峭的形狀，表明增加測序深度還可以檢測到??相對大量的新ＯＴＵ。在圖３Ａ和３Ｂ中，稀疏曲線呈現(xiàn)出一個平緩的形狀，表明??６個亞組的測序深度足以反映該群落樣本所包含的微生物豐富度和均勻度。??５００．?．?．?．?１￣??■?ＣＯ?ｓｕｂｇｒｏｕｐ??■■?ＣＰ?ｓｕｂｇｒｏｕｐ??■■?ＣＳ?ｓｕｂｇｒｏｕｐ??４〇〇?■?．?（＝１?ＨＯ?ｓｕｂｇｒｏｕｐ??＾?■?ｈｆｆｓｕｆｔｇｆｏｕｐ??〇?Ｔ?＾?■?ＨＳ?ｓｕｂｇｒｏｕｐ??ｊ：＾？：??１００?Ｉ??°〇?５００?１０００?１５００?２０００??Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ?Ｐｅｒ?Ｓａｍｐｌｅ??Ａ??＾?ＣＯ?ｓｕｂｇｒｏｕｐ??ｇ?＾?ＣＰｓｕｂｇｉｏｕｐ??ＨＩ?ＣＳ?ｓｕｂｇｒｏｕｐ??一卞?口?ＨＤ?ｓｕｂｇｒｏｕｐ??ｌ?ｉｌ＇??ｆ！??ｔｃ??２??〇〇?５００?１０００?１５００?２０００??Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ?Ｐｅｒ?Ｓａｍｐｌｅ??Ｂ??圖３?６個亞組的稀疏曲線圖??橫坐標代表每個樣本中隨機抽取的序列總數(shù)，縱坐標代表在相應測序深度下觀測到的ＯＴＵ??數(shù)目。（Ａ）?Ｃｈａｏ?１?指數(shù)；（Ｂ）?Ｓｈａｎｎｏｎ?指數(shù)??Ｆｉｇｕｒｅ?３．?Ｒａｒｅｆａｃｔｉｏｎ?ｃｕｒｖｅｓ?ｆｏｒ?ｓｉｘ?ｓｕｂｇｒｏｕｐｓ

?項士學位論文???使用物種累積曲線評估本研究的樣本量大小是否足夠。在圖４中，橫坐標??代表樣本量，縱坐標代表被檢測的ＯＴＵ數(shù)目，曲線中的藍色陰影表示置信區(qū)間，??黃色長方形的上下線條表示四分位數(shù)。從圖中，我們可以看出，隨著樣本量的??增大，藍色陰影的面積和黃色長方形的高度先增加，后逐漸減校樣本量為９０??個的時候，藍色陰影的面積和黃色長方形的高度幾乎重疊在一起，說明上下四??分位數(shù)十分接近，置信區(qū)間很窄。表明本研宄收集的９０個樣本已經(jīng)足夠反映樣??本總體的群落豐富度。稀疏曲線和物種累積曲線的結果說明本研究中的樣本量??大小和測序深度均足以進行下一步分析。??４＞?Ｉ??Ｉ??〇?－?｜??￣￣Ｉ?Ｉ?Ｉ?１?Ｉ?Ｉ?１??０?２０?４０?６０?８０?９０??ｎｕｍｂｅｒ?ｏｌ?ｓａｍｐｌｅｓ??圖４物種累積曲線圖??Ｆｉｇｕｒｅ?４．?Ｓｐｅｃｉｅｓ?ａｃｃｕｍｕｌａｔｉｏｎ?ｃｕｒｖｅ?ｆｏｒ?ａｌｌ?ｓａｍｐｌｅｓ．??２．６?ａｌｐｈａ多樣性分析??基于ＯＴＵ?ｔａｂｌｅ，計算每個樣本的ａｌｐｈａ多樣性指數(shù)，包括Ｓｉｍｐｓｏｎ、Ｃｈａｏｌ、??ＡＣＥ?和?Ｓｈａｎｎｏｎ?指數(shù)（表?９－１１）?〇??２７??

【參考文獻】：
期刊論文
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本文編號：3405439