口腔鱗狀細(xì)胞癌是世界上第八大最常見的惡性腫瘤,預(yù)后不良,患者5年生存率小于60%。舌鱗狀細(xì)胞癌是口腔鱗癌最常見的亞型,占口腔鱗癌病例的41%,具有比其他口腔癌更具攻擊性的臨床行為學(xué)和更差的預(yù)后,是最致命的癌癥之一。不幸的是,即使采用手術(shù)、放療和化療聯(lián)合治療,5年生存率仍然很低。舌鱗狀細(xì)胞癌的分子機(jī)制在很大程度上是尚未探明的。探索腫瘤發(fā)生和轉(zhuǎn)移中的基因表達(dá)變化并鑒定舌鱗癌的生物學(xué)標(biāo)記物可以幫助我們找到改善治療的關(guān)鍵。生物信息學(xué)分析是探索疾病與基因表達(dá)調(diào)控關(guān)系的有效方法。目前高通量測(cè)序技術(shù)飛速發(fā)展,因此激發(fā)產(chǎn)生了大量的基因測(cè)序數(shù)據(jù)以及一系列測(cè)序數(shù)據(jù)的分析方法,也為探索生命科學(xué)的基因表達(dá)調(diào)控關(guān)系提供了基礎(chǔ)。本研究的目的是通過一系列生物信息學(xué)分析探索舌鱗狀細(xì)胞癌與基因表達(dá)的關(guān)系,篩選出腫瘤發(fā)展和轉(zhuǎn)移相關(guān)的基因模塊以及潛在的生物學(xué)標(biāo)志物。首先我們從TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)(腫瘤基因組圖譜)中下載舌鱗癌患者的mRNA測(cè)序數(shù)據(jù)和臨床數(shù)據(jù)并進(jìn)行整合,一共包括126名患者的腫瘤樣本和其中13名患者配對(duì)的正常組織樣本的mRNA表達(dá)信息。通過R包“ballgown”處理分析13對(duì)配對(duì)的腫瘤-正常組織mRNA信息得到差異表達(dá)基因(|foldchange|1.5,P值0.05),并在DAVID數(shù)據(jù)庫(kù)中對(duì)差異基因進(jìn)行GO功能和KEGG通路富集分析。然后我們通過R包“WGCNA”對(duì)126例腫瘤樣本的差異表達(dá)基因進(jìn)行加權(quán)重基因共表達(dá)分析,根據(jù)表達(dá)模式對(duì)基因進(jìn)行劃分,具有相似表達(dá)變化的基因劃分在同一模塊內(nèi)。將模塊分別與126名患者臨床信息中的腫瘤病理分級(jí)和病理淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移作相關(guān)性分析,篩選出與腫瘤病理分期和淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移相關(guān)的基因模塊,并對(duì)目標(biāo)模塊進(jìn)行基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建,利用Cytoscape網(wǎng)絡(luò)工具將共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)可視化并篩選出目標(biāo)模塊的核心基因。最后通過單因素COX和log-rank生存分析驗(yàn)證其是否與生存相關(guān)。通過上述一系列分析,我們共獲得2792個(gè)差異表達(dá)基因,基因功能和通路富集結(jié)果顯示KEGG通路主富集在焦點(diǎn)粘著、ECM-受體相互作用以及癌癥通路;GO生物學(xué)過程主要富集在細(xì)胞外基質(zhì)組織、膠原分解代謝過程以及細(xì)胞粘附。在加權(quán)重基因共表達(dá)分析中差異基因被分成8個(gè)模塊,其中黃色模塊與舌鱗癌的病理分期和淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移顯著相關(guān)。黃色模塊中有基因363個(gè),我們挑選出最中心的20個(gè)基因作核心基因。單基因COX和log-rank生存分析結(jié)果中其中6個(gè)核心基因的低表達(dá)與舌鱗癌患者的總體生存時(shí)間短有關(guān):SPRR3、VSIG10L、CYSRT1、CRNN、TGM3和CYP2C18。以上分析表明,黃色模塊和6個(gè)關(guān)鍵基因可能在舌鱗癌的發(fā)展和轉(zhuǎn)移中起重要作用,6個(gè)關(guān)鍵基因可能作為可以預(yù)測(cè)和治療TSCC的生物標(biāo)志物,研究結(jié)果也為舌鱗癌的發(fā)生發(fā)展和轉(zhuǎn)移機(jī)制提供了更好理解,并對(duì)未來的研究提供了方向。
【學(xué)位單位】：南方醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位年份】：2019
【中圖分類】：R739.86
【部分圖文】：

在１２６個(gè)腫瘤樣本的２１９２個(gè)ＤＥＧｓ表達(dá)信息構(gòu)建的聚類樹中，未發(fā)現(xiàn)離群??樣本。然后在基因間相關(guān)矩陣中，根據(jù)無尺度拓?fù)鋽M合指數(shù)Ｒ２＞０．９和保持低平??均連通性，將閾值軟功率Ｐ設(shè)定為６?（圖３－２）。接著將所有ＤＥＧｓ根據(jù)計(jì)算得到??的ＴＯＭ值構(gòu)建分層聚類樹，根據(jù)模塊數(shù)量最小值６０和模塊合并相似系數(shù)值０．２５??對(duì)聚類樹進(jìn)行動(dòng)態(tài)剪切，得到８?jìng)�(gè)基因模塊，包括未分配的基因被分類構(gòu)成的灰??色模塊。設(shè)８?jìng)�(gè)模塊的基因數(shù)量范圍從１３２到５９４?（圖３－３）（表３－３）。臨床特征??和基因検塊之間的關(guān)系如圖３－４所７Ｋ。??Ａ?Ｂ??１〇?１?６?７?８?９?１０?１２?１４—１６?１８?Ｈ???ｓ－２???０８?－?４?４００－??＞？〇：??Ｈ?３?Ｉ?３Ｍ－??〇．４－?２０?Ｉ??＼?—?〇?２００－??１１?°－２－?｜??｜?２??００－?＾?１００－??３??■°２￣?１?０－?４?５?６?７?８?９?１０?１２?１４?１６?１８?２０??Ｉ?Ｉ?ｌ?Ｉ?ｉ?ｉ?Ｉ?Ｉ??５?１０?１５?２０?５?１０?１５?２０??Ｓｏｆ

在１２６個(gè)腫瘤樣本的２１９２個(gè)ＤＥＧｓ表達(dá)信息構(gòu)建的聚類樹中，未發(fā)現(xiàn)離群??樣本。然后在基因間相關(guān)矩陣中，根據(jù)無尺度拓?fù)鋽M合指數(shù)Ｒ２＞０．９和保持低平??均連通性，將閾值軟功率Ｐ設(shè)定為６?（圖３－２）。接著將所有ＤＥＧｓ根據(jù)計(jì)算得到??的ＴＯＭ值構(gòu)建分層聚類樹，根據(jù)模塊數(shù)量最小值６０和模塊合并相似系數(shù)值０．２５??對(duì)聚類樹進(jìn)行動(dòng)態(tài)剪切，得到８?jìng)�(gè)基因模塊，包括未分配的基因被分類構(gòu)成的灰??色模塊。設(shè)８?jìng)�(gè)模塊的基因數(shù)量范圍從１３２到５９４?（圖３－３）（表３－３）。臨床特征??和基因検塊之間的關(guān)系如圖３－４所７Ｋ。??Ａ?Ｂ??１〇?１?６?７?８?９?１０?１２?１４—１６?１８?Ｈ???ｓ－２???０８?－?４?４００－??＞？〇：??Ｈ?３?Ｉ?３Ｍ－??〇．４－?２０?Ｉ??＼?—?〇?２００－??１１?°－２－?｜??｜?２??００－?＾?１００－??３??■°２￣?１?０－?４?５?６?７?８?９?１０?１２?１４?１６?１８?２０??Ｉ?Ｉ?ｌ?Ｉ?ｉ?ｉ?Ｉ?Ｉ??５?１０?１５?２０?５?１０?１５?２０??Ｓｏｆ

ＬＮＭ?ｓｔａｇｅ??圖３－３基因模塊與臨床表征相關(guān)性??Ｆｉｇｕｒｅ?３－３?Ｇｅｎｅ?Ｍｏｄｕｌｅ－ｔｒａｉｔ?ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｏｐ??表３－３舌鱗癌ＷＧＣＮＡ各模塊中基因數(shù)量??Ｔａｂｌｅ?３－３?Ｎｕｍｂｅｒ?ｏｆ?ｇｅｎｅｓ?ｉｎ?ｅａｃｈ?ｍｏｄｕｌｅ?ｉｎ?ＷＧＣＮＡ?ｏｆｔｏｎｇｕｅ?ｓｑｕａｍｏｕｓ?ｃｅｌｌ?ｃａｒｃｉｎｏｍａ??Ｍｏｄｕｌｅ?Ｇｅｎｅ?ｎｕｍｂｅｒ??ｙｅｌｌｏｗ?３６３??ｇｒｅｅｎ?２２１??ｂｌａｃｋ?１３２??ｒｅｄ?２１７??ｂｌｕｅ?４５８??ｂｒｏｗｎ?３７７??ｔｕｒｑｕｏｉｓｅ?５９４??ｇｒｅｙ?４３０??３．３．４?目標(biāo)模塊選擇和共表達(dá)Ｍ絡(luò)可視化??在ＷＧＣＮＡ的模塊－臨床表型關(guān)系結(jié)果中，黃色模塊顯／Ｋ？出１ｊ?ｓｔａｇｅ和ＬＮＭ??的顯著關(guān)系。黃色模塊中共包含３６３個(gè)基因，ＧＯ功能富集分析纟汜�。市�，卞物??過程和細(xì)胞組分中最重要的ＧＯ術(shù)ｌｉｈｉ？分別Ｍ集于灰皮發(fā)育（ｅｐｉｄｅｒｍｉｓ?ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ
【相似文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 李玲玲;王升志;劉旭陽(yáng);劉浩;宮兆華;;富含脯氨酸的酪氨酸激酶2和磷酸化的絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶在舌鱗狀細(xì)胞癌組織中的表達(dá)及臨床意義[J];華西口腔醫(yī)學(xué)雜志;2018年01期

2 戴德華;陳胡杰;王璇;;舌鱗狀細(xì)胞癌組織中COX-2、VEGF、MMP-9和Bcl-2表達(dá)水平及臨床意義[J];解放軍醫(yī)藥雜志;2017年04期

3 張英懷;王潔;董福生;谷建琦;;脆性組氨酸三聚體基因在舌鱗狀細(xì)胞癌中的表達(dá)及意義[J];腫瘤防治研究;2006年06期

4 戴群;影響舌鱗狀細(xì)胞癌患者預(yù)后的臨床病理因素分析[J];實(shí)用癌癥雜志;2002年04期

5 ;口腔、頜面[J];中國(guó)癌癥防治雜志;1988年03期

6 李建嬌;代曉明;;組蛋白去乙�；�2在人舌鱗狀細(xì)胞癌中的表達(dá)[J];昆明醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào);2018年08期

7 李志強(qiáng);鄒瑞;歐陽(yáng)可雄;白植寶;艾偉健;;�；撬嵘险{(diào)基因1在舌鱗狀細(xì)胞癌中的作用研究[J];口腔疾病防治;2016年09期

8 張玉蓮;周曉紅;何云;李真華;吳劍;葛家華;;老年舌鱗狀細(xì)胞癌的手術(shù)治療及放射治療療效分析[J];中國(guó)腫瘤臨床與康復(fù);2014年06期

9 杜洪亮;何等旗;林慶玲;;HIF-1α的表達(dá)與舌鱗狀細(xì)胞癌關(guān)系的系統(tǒng)評(píng)價(jià)[J];實(shí)用口腔醫(yī)學(xué)雜志;2014年03期

10 吳延升;張麗;趙景會(huì);張侖;王旭東;;舌鱗狀細(xì)胞癌預(yù)后多因素分析[J];實(shí)用腫瘤雜志;2012年02期

相關(guān)博士學(xué)位論文 前8條

1 侯超;miRNA-509作為腫瘤抑制子靶向EGFR抑制舌鱗狀細(xì)胞癌生長(zhǎng)的機(jī)制研究[D];山東大學(xué);2018年

2 杜建新;C反應(yīng)蛋白對(duì)舌鱗狀細(xì)胞癌的作用及機(jī)制的初步研究[D];山東大學(xué);2018年

3 葉學(xué)紅;一氧化氮與舌鱗狀細(xì)胞癌放化療敏感性研究[D];浙江大學(xué);2007年

4 林常榮(LIN CHANG KONG);Kif2a在舌鱗狀細(xì)胞癌中的作用及機(jī)制研究[D];山東大學(xué);2014年

5 傅其宏;三羧氨基喹啉(Linomide)對(duì)人舌鱗狀細(xì)胞癌的治療作用及其機(jī)制研究[D];浙江大學(xué);2001年

6 黃雪蕾;舌鱗癌及前哨淋巴結(jié)近紅外熒光活體成像的實(shí)驗(yàn)研究[D];中國(guó)人民解放軍軍醫(yī)進(jìn)修學(xué)院;2011年

7 唐清明;生物鐘基因BMAL1對(duì)舌鱗狀細(xì)胞癌生物學(xué)行為的影響及機(jī)制研究[D];華中科技大學(xué);2017年

8 王成勤;Kif2a基因沉默抑制舌鱗狀細(xì)胞癌生長(zhǎng)轉(zhuǎn)移的研究[D];山東大學(xué);2011年

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前10條

1 袁碩;MMP1\7調(diào)控人舌鱗狀細(xì)胞癌的增殖、遷移和侵襲[D];福建醫(yī)科大學(xué);2018年

2 黎穎樺;舌鱗狀細(xì)胞癌基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建及生物學(xué)靶點(diǎn)的鑒定[D];南方醫(yī)科大學(xué);2019年

3 劉涵碩;SIRT1在不同病理分級(jí)的舌鱗狀細(xì)胞癌組織中的表達(dá)及臨床意義的相關(guān)研究[D];大連醫(yī)科大學(xué);2018年

4 鄒艾靈;環(huán)狀RNA在舌鱗狀細(xì)胞癌中差異表達(dá)的分析研究[D];南方醫(yī)科大學(xué);2018年

5 李建嬌;舌癌HDAC2、CYLD、EP300、TBP表達(dá)與腫瘤臨床病理特征相關(guān)性的研究[D];昆明醫(yī)科大學(xué);2018年

6 李楊;硫氧還蛋白系統(tǒng)與舌鱗狀細(xì)胞癌的相關(guān)性及其抗癌作用研究[D];蘭州大學(xué);2018年

7 何宗軒;體外沉默Rac1對(duì)舌鱗狀細(xì)胞癌增殖、遷移和侵襲的影響[D];青島大學(xué);2018年

8 章永平;舌鱗狀細(xì)胞癌中細(xì)胞周期調(diào)控蛋白表達(dá)的研究[D];浙江大學(xué);2002年

9 吳德報(bào);SphK1在舌鱗癌中的表達(dá)及對(duì)Tca8113P160舌鱗癌細(xì)胞增殖、遷移及侵襲影響的體外研究[D];天津醫(yī)科大學(xué);2017年

10 王亞楠;細(xì)胞自噬與舌鱗狀細(xì)胞癌生物學(xué)行為相關(guān)性的初步研究[D];天津醫(yī)科大學(xué);2017年

本文編號(hào)：2850350