本文關(guān)鍵詞：東鄉(xiāng)族和漢族患齲者唾液微生物群落結(jié)構(gòu)研究

  更多相關(guān)文章： 東鄉(xiāng)族 齲病 唾液 高通量測序 微生物群落結(jié)構(gòu)

【摘要】：目的：通過Illumina Miseq高通量測序平臺對甘肅東鄉(xiāng)族和漢族有齲者及無齲者唾液微生物群落結(jié)構(gòu)進(jìn)行研究,分析東鄉(xiāng)族及漢族唾液微生物物種豐度及結(jié)構(gòu)的異同,并分析齲病核心微生物及齲病、民族相關(guān)菌屬,進(jìn)一步分析齲病的可能病因,對相應(yīng)的預(yù)防和治療措施進(jìn)行指導(dǎo),以減少齲病的發(fā)病率及患病率,從而提高當(dāng)?shù)鼐用竦纳钯|(zhì)量。方法：基于Illumina Miseq高通量測序方法,以28例甘肅東鄉(xiāng)族及漢族個體為研究對象[分為4組：東鄉(xiāng)有齲組(DC組),東鄉(xiāng)無齲組(DH組),漢族有齲組(HC組),漢族無齲組(HH組)],收集唾液樣本并提取DNA,16S rRNA基因擴(kuò)增并進(jìn)行高通量測序,利用Mothur、MEGAN4、Cluster 3.0和Java Treeview等軟件進(jìn)行細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)及多樣性的差異分析。結(jié)果：(1)、本研究中優(yōu)質(zhì)樣本共20例,共得到252,157條平均長度約為225bp的優(yōu)質(zhì)序列,平均每個樣本含12,608條優(yōu)質(zhì)序列。(2)、本研究中共檢測到12,751個OTUs,可分類至28個門,319個屬。東鄉(xiāng)族唾液樣本一共得到7,013個OTUs(DC組：4,544個OTUs,DH組：2,469個OTUs),歸屬于26個門(DC組：25個,DH組：23個),250個屬(DC組：219個,DH組：153個)；漢族唾液樣本一共得到5,738個OTUs(HC組：2,751個OTUs,HH組：2,987個OTUs),歸屬于28個門(HC組：25個,HH組：23個),218個屬(HC組：171個,HH組：176個)。(3)、α多樣性指數(shù)分析中,Chao/Ace大于0.5,Simpson指數(shù)均小于0.2,Shannon指數(shù)均大于2.5,且Coverage大于0.94。東鄉(xiāng)族有齲無齲及漢族有齲無齲有著相似的多樣性指數(shù)。(4)、主成分分析顯示,DC組、DH組、HC組和HH組的微生物主成分各自集中但是有交集,說明群落結(jié)構(gòu)存在一定差異但是差異不大。(5)、差異菌屬：DC和HC組間,17個菌屬含量有差異,優(yōu)勢菌屬中,放線菌屬(Actinomyces)、纖毛菌屬(Leptotrichias)和棒狀桿菌屬(Corynebacterium)在DC組低于HC組；DH和HH組間,5個菌屬存在差異,優(yōu)勢菌屬中,放線桿菌屬在DH組高于HH組；DH和DC組之間共有16個菌屬存在差異,優(yōu)勢菌屬中,奈瑟菌屬(Neisseria)在DH組高于DC組,纖毛菌屬在DH組低于DC組；HH和HC組間,4個菌屬存在差異,優(yōu)勢菌屬中,羅氏菌屬(Rothia)在HH組高于HC組。(6)、核心微生物分析顯示,齲病樣本中序列比例大于1%的有35個菌屬,其中奈瑟菌屬、鏈球菌屬(Streptococcus)、放線菌屬、纖毛菌屬、放線桿菌屬(A ctinobacillus)在所有齲病樣本中都存在；無齲樣本中序列比例大于1%的有18個菌屬,其中奈瑟菌屬、放線菌屬、放線桿菌屬、鏈球菌屬、纖毛菌屬、孿生菌屬(Gemella)在所有無齲樣本中都存在。結(jié)論：本文從微生態(tài)的宏觀角度,分析了甘肅東鄉(xiāng)族和漢族的唾液微生物與齲病發(fā)生發(fā)展的關(guān)系。(1)說明了唾液中的微生物數(shù)目和種類很多,種類很復(fù)雜；(2) Illumina Miseq測序技術(shù)是一種先進(jìn)的、完善的測序平臺,可以滿足科研需求；(3)證實(shí)了在齲病和無齲者唾液中,均有核心微生物組存在；(4)在門水平和屬水平上,有齲者與無齲者唾液微生物結(jié)構(gòu)均有差異,有齲者的微生物種類較無齲者稍有減少；有些菌屬的含量與齲病的發(fā)病率有正相關(guān)關(guān)系,反之亦然；(5)民族之間微生物群落結(jié)構(gòu)存在一定差異,但是相對于環(huán)境等因素,該因素引起的差異較小。
【關(guān)鍵詞】：東鄉(xiāng)族 齲病 唾液 高通量測序 微生物群落結(jié)構(gòu)
【學(xué)位授予單位】：蘭州大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號】：R781.1
【目錄】：

• 英文縮略詞表3-4
• 中文摘要4-6
• Abstract6-11
• 第一章 前言11-15
• 1.1 齲病概述11-12
• 1.2 致齲菌檢測方法12-13
• 1.3 東鄉(xiāng)族概況及齲病流行病學(xué)調(diào)查13-14
• 1.4 課題背景14-15
• 第二章 實(shí)驗材料和方法15-22
• 2.1 材料15-16
• 2.1.1 主要試劑15
• 2.1.2 主要材料和儀器15-16
• 2.2 方法16-22
• 2.2.1 研究對象16
• 2.2.2 采樣方法16
• 2.2.3 DNA提取16-18
• 2.2.4 16S rRNA基因擴(kuò)增及高通量測序18-19
• 2.2.5 數(shù)據(jù)分析19-22
• 2.2.5.1 質(zhì)量控制19-20
• 2.2.5.2 群落結(jié)構(gòu)分析20-21
• 2.2.5.3 統(tǒng)計學(xué)分析21-22
• 第三章 實(shí)驗結(jié)果與分析22-45
• 3.1 樣本資料22-23
• 3.2 唾液微生物全基因組DNA的提取23-25
• 3.3 口腔微生物多樣性25-29
• 3.3.1 序列信息25-26
• 3.3.2 口腔微生物多樣性26-28
• 3.3.3 主成分分析28-29
• 3.4 發(fā)育樹的構(gòu)建29-31
• 3.4.1 東鄉(xiāng)族系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建29-30
• 3.4.2 漢族系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建30-31
• 3.5 核心微生物組分析31-34
• 3.5.1 齲病組核心微生物組分析32-33
• 3.5.2 無齲組核心微生物組分析33-34
• 3.6 唾液微生物群落結(jié)構(gòu)與齲病和民族差異的關(guān)系分析34-45
• 3.6.1 有無齲東鄉(xiāng)族和漢族在門水平上的差異34-37
• 3.6.2 有無齲東鄉(xiāng)族和漢族在屬水平上的差異37-45
• 3.6.2.1 有齲組東鄉(xiāng)族和漢族在屬水平上的差異38-39
• 3.6.2.2 無齲組東鄉(xiāng)族和漢族在屬水平上的差異39-40
• 3.6.2.3 東鄉(xiāng)族有齲和無齲組在屬水平上的差異40-41
• 3.6.2.4 漢族有齲和無齲組在屬水平上的差異41-45
• 第四章 討論45-51
• 4.1 研究對象的選擇45
• 4.2 16S rRNA擴(kuò)增區(qū)域的選擇45-46
• 4.3 微生物多樣性分析46-47
• 4.3.1 序列信息46
• 4.3.2 微生物多樣性46-47
• 4.4 核心微生物分析47-48
• 4.4.1 無齲組核心微生物分析47-48
• 4.4.2 有齲組核心微生物分析48
• 4.5 齲病相關(guān)菌屬48-49
• 4.5.1 東鄉(xiāng)族齲病相關(guān)菌屬48-49
• 4.5.2 漢族齲病相關(guān)菌屬49
• 4.6 民族相關(guān)菌屬49-51
• 4.6.1 齲病民族相關(guān)菌屬49-50
• 4.6.2 無齲組民族相關(guān)菌屬50-51
• 第五章 結(jié)論51-52
• 參考文獻(xiàn)52-56
• 在學(xué)期間的研究成果56-57
• 致謝57-58
• 病例匯報58-59

【參考文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前2條

1 歐陽林;姜繼權(quán);王新;馬昕;郭潔;;甘肅省東鄉(xiāng)族與漢族學(xué)生身體形態(tài)和機(jī)能狀況的比較分析[J];西北民族大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版);2010年01期

2 馬力揚(yáng);李志強(qiáng);胡曉潘;周建業(yè);岳海泉;蘇琳涵;練維娟;;東鄉(xiāng)族、保安族、裕固族老年人群患齲狀況及衛(wèi)生行為調(diào)查[J];中國老年學(xué)雜志;2014年01期

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本文編號：1029544