本文關(guān)鍵詞：基于炎癥反應(yīng)的阿爾茨海默癥功能模塊構(gòu)建

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【摘要】：整合阿爾茨海默癥患者6個(gè)腦區(qū)的基因表達(dá)數(shù)據(jù)和蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù),較好地避免了基因表達(dá)數(shù)據(jù)高噪聲、高變異等不足對構(gòu)建基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)精度和準(zhǔn)確性的影響.考慮到腦部神經(jīng)炎癥是AD發(fā)病的重要原因之一,以及鈣平衡失調(diào)可能是AD幾個(gè)致病因素聯(lián)系的紐帶,結(jié)合蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)挖掘與AD發(fā)病密切相關(guān)的基因及炎癥和鈣離子功能網(wǎng)絡(luò),采用最大權(quán)重誘導(dǎo)子圖(Heinz)算法實(shí)現(xiàn)兩種高通量數(shù)據(jù)的結(jié)合并提取顯著擾動子網(wǎng),在此基礎(chǔ)上利用基于邊權(quán)的模擬退火算法預(yù)測和優(yōu)化擾動網(wǎng)絡(luò),去除網(wǎng)絡(luò)中較弱的相互作用,添加預(yù)測的較強(qiáng)的相互作用,提高網(wǎng)絡(luò)的精度.實(shí)驗(yàn)共提取206個(gè)特征基因,并且提取了腦部炎癥及鈣離子作用機(jī)制的功能模塊子網(wǎng).結(jié)果證明,使用基于邊權(quán)的模擬退火算法進(jìn)一步加強(qiáng)了功能網(wǎng)絡(luò)的模塊性.經(jīng)生物學(xué)分析證明炎癥和鈣離子機(jī)制在AD致病機(jī)制中起著很大的作用.這些數(shù)據(jù)在不同方面為系統(tǒng)地認(rèn)識基因的復(fù)雜調(diào)控機(jī)制提供了必要的信息.
【作者單位】： 上海海事大學(xué)信息工程學(xué)院;美國羅文大學(xué)醫(yī)藥研究中心;
【關(guān)鍵詞】： 阿爾茨海默病 加權(quán)子網(wǎng)絡(luò) 炎癥反應(yīng) PPI網(wǎng)絡(luò) 基因功能模塊子網(wǎng)
【基金】：國家自然科學(xué)基金資助項(xiàng)目(61271446,61003093)
【分類號】：R749.16
【正文快照】： 阿爾茨海默(Alzheimer disease,簡稱AD)是以進(jìn)行性認(rèn)知障礙和記憶力損害為主的中樞神經(jīng)系統(tǒng)退行性病變,病人逐漸喪失生活自理能力,給家庭和社會帶來沉重的負(fù)擔(dān).AD起病隱匿且發(fā)病機(jī)制復(fù)雜,基因信號傳導(dǎo)通路及調(diào)控關(guān)系難以構(gòu)建[1].大量的臨床病理報(bào)告顯示,Aβ沉積所形成的神經(jīng)炎，

本文編號：730655