發(fā)布時間：2017-08-24 10:07

  本文關鍵詞：基于炎癥反應的阿爾茨海默癥功能模塊構建

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【摘要】：整合阿爾茨海默癥患者6個腦區(qū)的基因表達數(shù)據(jù)和蛋白質相互作用數(shù)據(jù),較好地避免了基因表達數(shù)據(jù)高噪聲、高變異等不足對構建基因調控網(wǎng)絡精度和準確性的影響.考慮到腦部神經(jīng)炎癥是AD發(fā)病的重要原因之一,以及鈣平衡失調可能是AD幾個致病因素聯(lián)系的紐帶,結合蛋白質網(wǎng)絡挖掘與AD發(fā)病密切相關的基因及炎癥和鈣離子功能網(wǎng)絡,采用最大權重誘導子圖(Heinz)算法實現(xiàn)兩種高通量數(shù)據(jù)的結合并提取顯著擾動子網(wǎng),在此基礎上利用基于邊權的模擬退火算法預測和優(yōu)化擾動網(wǎng)絡,去除網(wǎng)絡中較弱的相互作用,添加預測的較強的相互作用,提高網(wǎng)絡的精度.實驗共提取206個特征基因,并且提取了腦部炎癥及鈣離子作用機制的功能模塊子網(wǎng).結果證明,使用基于邊權的模擬退火算法進一步加強了功能網(wǎng)絡的模塊性.經(jīng)生物學分析證明炎癥和鈣離子機制在AD致病機制中起著很大的作用.這些數(shù)據(jù)在不同方面為系統(tǒng)地認識基因的復雜調控機制提供了必要的信息.
【作者單位】： 上海海事大學信息工程學院;美國羅文大學醫(yī)藥研究中心;
【關鍵詞】： 阿爾茨海默病 加權子網(wǎng)絡 炎癥反應 PPI網(wǎng)絡 基因功能模塊子網(wǎng)
【基金】：國家自然科學基金資助項目(61271446,61003093)
【分類號】：R749.16
【正文快照】： 阿爾茨海默(Alzheimer disease,簡稱AD)是以進行性認知障礙和記憶力損害為主的中樞神經(jīng)系統(tǒng)退行性病變,病人逐漸喪失生活自理能力,給家庭和社會帶來沉重的負擔.AD起病隱匿且發(fā)病機制復雜,基因信號傳導通路及調控關系難以構建[1].大量的臨床病理報告顯示,Aβ沉積所形成的神經(jīng)炎，

本文編號：730655