發(fā)布時(shí)間：2021-05-24 12:05

　　目的應(yīng)用生物信息學(xué)方法探討阿爾茨海默病（AD）小鼠海馬組織差異表達(dá)的microRNA,為闡明其發(fā)病機(jī)制提供新線索。方法從美國(guó)國(guó)立生物技術(shù)信息中心（NCBI）公共數(shù)據(jù)平臺(tái)GEO下載基因芯片數(shù)據(jù)集GSE48028,使用在線分析工具GEO2R篩選出正常小鼠與AD小鼠海馬組織差異表達(dá)的microRNA,利用TargetScan靶基因預(yù)測(cè)工具和miRDB在線靶基因預(yù)測(cè)網(wǎng)站預(yù)測(cè)miRNA-687的靶基因,并進(jìn)行富集分析（GO）和通路分析（KEGG）,利用STRING在線分析網(wǎng)站和Cytoscape軟件進(jìn)行靶基因調(diào)控蛋白的互作網(wǎng)絡(luò)分析并計(jì)算網(wǎng)絡(luò)節(jié)點(diǎn),找出關(guān)鍵靶基因。結(jié)果篩選出12個(gè)差異表達(dá)的microRNA,其中8個(gè)下調(diào),4個(gè)上調(diào)。以miRNA-687為靶點(diǎn),預(yù)測(cè)得到其交集靶基因172個(gè)。GO發(fā)現(xiàn)大多集中在投射神經(jīng)元等區(qū)域,主要參與了RNA聚合酶Ⅱ啟動(dòng)子轉(zhuǎn)錄的正調(diào)控、凋亡過(guò)程等生物學(xué)過(guò)程。KEGG發(fā)現(xiàn)其參與了PI3K-Akt信號(hào)通路等多條信號(hào)通路。STRING在線分析網(wǎng)站和Cytoscape軟件分析顯示Pten、Met等8個(gè)靶基因在蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)中起關(guān)鍵作用,是受miRNA-687調(diào)節(jié)的關(guān)鍵基因。結(jié)... 

【文章來(lái)源】：中國(guó)老年學(xué)雜志. 2020,40(21)北大核心

【文章頁(yè)數(shù)】：4 頁(yè)

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 材料
    1.2 microRNA篩選及數(shù)據(jù)處理
    1.3 靶基因預(yù)測(cè)
    1.4 富集分析(GO)和通路分析(KEGG)
    1.5 靶基因相互作用網(wǎng)絡(luò)分析
2 結(jié) 果
    2.1 篩選出差異表達(dá)的microRNA
    2.2 miRNA-687的靶基因預(yù)測(cè)
    2.3 miRNA-687靶基因的GO和KEGG
    2.4 miRNA-687靶基因相互作用網(wǎng)絡(luò)分析
3 討 論



本文編號(hào)：3204164