發(fā)布時間：2017-12-25 20:36

  本文關(guān)鍵詞：在應(yīng)激誘導(dǎo)的焦慮模型中運用eQTL方法研究EAPP基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)　出處：《南通大學(xué)》2016年碩士論文　論文類型：學(xué)位論文

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【摘要】：目的 慢性應(yīng)激條件下,研究EAPP基因在小鼠下丘腦組織中基因表達(dá)的變化及調(diào)控。方法1.構(gòu)建慢性應(yīng)激模型;在蛋白水平,運用蛋白免疫印跡(Western Blot)檢測EAPP的蛋白表達(dá)變化;在m RNA水平,運用實時熒光定量PCR(q PCR)檢測EAPP的m RNA表達(dá)變化;運用免疫組織化學(xué)(immunohistochemical)檢測EAPP基因在下丘腦組織中的定位、分布及其表達(dá)變化。2.EAPP基因的e QTL定位分析。借助于美國田納西大學(xué)建立的e QTL分析在線工具:www.genenetwork.org,采用區(qū)間作圖(interval mapping)、復(fù)合連鎖分析(composite mapping)和交互影響連鎖分析(interactive mapping)的方法,在全基因組水平定位影響EAPP基因的數(shù)量性狀基因座(expression Quantitative Trait Locus,e QTL)。本實驗主要使用Gene Network網(wǎng)站(www.genenetwork.org)中 INIA BXD hypothalamus Cohort Affy Mo Gene 1.0 ST(Nov10)RMA‖數(shù)據(jù)庫(accession number:GN113),該數(shù)據(jù)庫中包括50個品系的BXD RI小鼠和及其親本B6、D2及其F1代(B6D2F1和D2B6F1)。3.EAPP下游候選基因的鑒定。應(yīng)用Cluster Map分析BXD RI小鼠下丘腦中受EAPP調(diào)控的基因,且運用偏相關(guān)分析排除連鎖不平衡對下游基因定位的影響。4.EAPP基因下游基因及其高相關(guān)基因的驗證。在SH-SY5Y細(xì)胞中,敲低EAPP基因,運用q PCR檢測下游候選基因Sphk2和Nosip的表達(dá)變化,并且在慢性應(yīng)激模型中,運用q PCR檢測了下游基因Sphk2和Nosip基因以及高相關(guān)基因Mmp9、Npy、Npy5r和Maob的表達(dá)變化。5.EAPP調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建。以皮爾森相關(guān)系數(shù)(person product-moment correlation coefficient)為評價指標(biāo)計算EAPP基因的表達(dá)量與BXD RI小鼠下丘腦組織中其余所有基因的遺傳相關(guān)度(genetic correlation),選擇其中相關(guān)度最高的(r0.58,p0.01)前60個基因構(gòu)建EAPP基因的遺傳調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。結(jié)果1.在慢性應(yīng)激誘導(dǎo)下的小鼠下丘腦組織中,在m RNA水平,實時熒光定量PCR分析發(fā)現(xiàn)EAPP基因表達(dá)上升;在蛋白水平,免疫印跡和免疫組織化學(xué)分析發(fā)現(xiàn)EAPP基因的表達(dá)也呈現(xiàn)出表達(dá)上升趨勢;說明EAPP基因參與了應(yīng)激反應(yīng)。2.e QTL定位分析結(jié)果顯示:EAPP基因具有似然比(likelihood ratio statistics,LRS)高達(dá)100的e QTL,且該基因座位于EAPP基因自身所在的位置5Mb以內(nèi)(±5Mb),屬于順式e QTL(cis-e QTL)。3.在Cluster Map分析中,Sphk2、Kih132和Nosip基因被確定為EAPP基因的下游候選基因。在慢性應(yīng)激模型中,Sphk2和Nosip基因的,在敲低EAPP基因的SH-SY5Y細(xì)胞中,Sphk2和Nosip基因的m RNA呈現(xiàn)出低表達(dá)4.通過皮爾森相關(guān)分析篩選出與EAPP基因高度相關(guān)的基因Mmp9、Npy、Npy5r和Maob,在慢性應(yīng)激模型中,Mmp9、Npy和Npy5r呈現(xiàn)出高表達(dá),而基因Maob顯現(xiàn)出低表達(dá);在敲低EAPP基因的SH-SY5Y細(xì)胞中,Mmp9、Npy和Npy5r基因的m RNA呈現(xiàn)出低表達(dá)而基因Maob的m RNA呈現(xiàn)出高表達(dá)。構(gòu)建了EAPP基因的遺傳調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。結(jié)論1.慢性應(yīng)激誘導(dǎo)后的EAPP在小鼠下丘腦中的表達(dá)量升高,且與應(yīng)激表型高度相關(guān)2.EAPP是一個順式調(diào)節(jié)基因(cis-eQTL),EAPP可以調(diào)節(jié)應(yīng)激相關(guān)基因的表達(dá)變化,如:Npy、Maob、Npy5r、Mmp93.成功構(gòu)建EAPP遺傳調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
【學(xué)位授予單位】：南通大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：R749.72

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本文編號：1334358