本文關(guān)鍵詞：蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)蛋白質(zhì)組鑒定的影響

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【摘要】：在蛋白質(zhì)組學(xué)研究中,通常使用數(shù)據(jù)庫(kù)檢索算法進(jìn)行蛋白質(zhì)的鑒定。使用完整性較高但注釋不準(zhǔn)確的數(shù)據(jù)庫(kù),可能能夠鑒定到更多的蛋白質(zhì),但存在數(shù)據(jù)不準(zhǔn)確的風(fēng)險(xiǎn);使用注釋準(zhǔn)確但完整性較低的數(shù)據(jù)庫(kù),則有可能漏掉一些數(shù)據(jù)庫(kù)中未收錄的蛋白。如何兼顧蛋白質(zhì)鑒定結(jié)果的完整性和準(zhǔn)確性是一個(gè)重要的問(wèn)題。本研究以人類蛋白質(zhì)組為例,采用不同質(zhì)譜儀及不同樣品產(chǎn)生的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù),比較了常用的IPI數(shù)據(jù)庫(kù)、UniProt數(shù)據(jù)庫(kù)和Swiss-Prot數(shù)據(jù)庫(kù)的檢索結(jié)果。結(jié)果表明,3個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)在不同的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)中表現(xiàn)各有優(yōu)劣,但總體來(lái)講差異很小;每個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)可鑒定到的、特有的多肽數(shù)不超過(guò)總數(shù)的5%,蛋白數(shù)的差異為1%～5%。說(shuō)明3個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)都覆蓋了常見(jiàn)的人類蛋白序列,完整性很高。因此,推薦采用通過(guò)人工注釋、在不斷更新中的Swiss-Prot數(shù)據(jù)庫(kù)作為檢索對(duì)象。當(dāng)研究目的為鑒定或定量未收錄在Swiss-Prot數(shù)據(jù)庫(kù)中的蛋白序列(如一些特殊的蛋白異構(gòu)體或突變體)時(shí),可將目的序列加入該數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行檢索,或考慮使用其他完整性更高的數(shù)據(jù)庫(kù)。
【作者單位】： 中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究所北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院基礎(chǔ)學(xué)院;
【關(guān)鍵詞】： 蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù) 蛋白質(zhì)組學(xué) 數(shù)據(jù)庫(kù)檢索
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金青年基金項(xiàng)目(31200614)
【分類號(hào)】：R341
【正文快照】： 引言在蛋白質(zhì)組學(xué)研究中,數(shù)據(jù)庫(kù)檢索算法是鑒定蛋白質(zhì)的常用方法。由于該算法只能鑒定到收錄在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)中的蛋白序列,所以數(shù)據(jù)庫(kù)的選擇對(duì)實(shí)驗(yàn)結(jié)果有著重要影響[1]。在目前的人類蛋白質(zhì)組研究中,常用的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)包括IPI數(shù)據(jù)庫(kù)[2]、UniProt數(shù)據(jù)庫(kù)和Swiss-Prot數(shù)據(jù)庫(kù)[3]等

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