本文關(guān)鍵詞：2014年深圳市1型登革病毒流行株的分子溯源及全基因組序列分析

  更多相關(guān)文章： 登革熱 登革1型病毒 血清型 基因亞型 進(jìn)化樹 序列分析

【摘要】：一、背景登革熱(dengue fever, DF)是由4種血清型的登革病毒(dengue virus, DENV1-4)引起的、經(jīng)蟲媒傳播的一種急性傳染病,其主要的傳播媒介為白紋伊蚊及埃及伊蚊。登革熱病毒感染蚊蟲后,可在蚊子唾液腺中大量繁殖,通過叮咬人時將病毒傳染給人。人感染任一血清型的登革病毒后,可表現(xiàn)為高熱、頭痛、肌肉和關(guān)節(jié)痛、皮疹、淋巴結(jié)腫大及白細(xì)胞減少等典型登革熱的臨床癥狀,甚至發(fā)展成為致死率很高的登革出血熱(dengue hemorrhagic fever, DHF)和登革休克綜合征(dengue shock syndrome, DSS) 。登革熱廣泛流行于全球熱帶及亞熱帶地區(qū)的100多個國家和地區(qū),以東南亞和西太平洋地區(qū)的國家較為嚴(yán)重,如印度尼西亞、新加坡、泰國、越南、緬甸、印度、不丹、斯里蘭卡、馬爾代夫、孟加拉國等,其中以與我國接壤的東南亞國家的流行疫情最為嚴(yán)重,估計70%的人口面臨感染登革病毒的風(fēng)險,幾乎每年都有登革熱病例發(fā)生。近幾十年來,登革熱在全球的發(fā)病率明顯上升,據(jù)世界衛(wèi)生組織(WHO)統(tǒng)計,全世界40%以上的人口(約25億)面臨感染登革熱及重癥登革熱(即登革出血熱、登革休克綜合征)的危險,每年全世界約有5000萬～1億新發(fā)登革熱感染病例。2013年全球登革熱發(fā)病估計值達(dá)到9600萬例,較2012年增長了3倍。因此,監(jiān)測與防控登革熱已經(jīng)成為一個國際公共衛(wèi)生關(guān)切和亟待解決的問題。我國也是登革熱的高發(fā)區(qū),自1978年5月在廣東省佛山市突然暴發(fā)登革熱流行以來,幾乎每年均有登革熱病例報告(除外1983年、1984年和1996年)。登革熱主要流行于廣東、海南、廣西、福建、臺灣等南方及東南沿海省份,以廣東省的登革熱疫情最為嚴(yán)峻,登革病毒的4種血清型均有流行,進(jìn)入21世紀(jì)以來,以登革1型病毒為主要的優(yōu)勢血清型。廣東省的登革熱表現(xiàn)為間斷流行,有每隔4-7年發(fā)生1次流行的趨勢,而且波及范圍也越來越大。2002年、2006年兩次較大范圍流行以后,登革熱的疫情獲得了較好的控制,但2013年登革熱在我國又出現(xiàn)了較大規(guī)模的流行,尤其是2014年全國再次暴發(fā)登革熱大流行,發(fā)病人數(shù)及波及范圍更是創(chuàng)近三十年以來的新高,疫情的嚴(yán)重程度已經(jīng)引起高度關(guān)注。深圳市自成立經(jīng)濟(jì)特區(qū)以來,隨著國內(nèi)外交往和人口流動頻繁,登革熱發(fā)生和傳播的機(jī)率大為增加。2001年報告了首例輸入性登革熱病例,之后不斷有散在輸入性病例報告,其中東南亞疫情的加重對深圳市登革熱防制構(gòu)成較大的威脅,深圳市連續(xù)幾年的境外輸入登革熱病例來源均來源于東南亞或者其他熱帶國家。2010年深圳市福田區(qū)某建筑工地發(fā)生了十多例登革熱疑似病例,經(jīng)確診為DENV-1病毒感染所致,陽帆[9]等人在分析此次登革熱疫情暴發(fā)病因時,推測該起登革熱疫情可能由本地登革1型病毒感染所引起,深圳可能存在登革1型病毒的疫源地,,但有待進(jìn)一步探究。2011年深圳市健康人群登革熱抗體水平調(diào)查也顯示,健康人群登革熱隱性感染較常見。2014年9月至12月,深圳市暴發(fā)了至今流行規(guī)模最大的登革熱疫情,全市共報道確診病例數(shù)454例,其中寶安區(qū)、福田區(qū)是本次疫情的重災(zāi)區(qū)。本次流行的一大特點是本地區(qū)感染病例較往年明顯增加,且本地感染病例報告的時間要比2013年早,2013年的首例本地感染登革熱病例時間為10月下旬,而2014年較2013年提前了1個多月。深圳位于廣東南海之濱,且以外來人口為主；深圳屬亞熱帶海洋性氣候,平均氣候22℃,雨量充沛,適于蚊蟲滋生。因此深圳市2014年登革熱疫情的暴發(fā)流行是否由本地感染引起的,即之前的登革病毒可能通過“伊蚊-人-伊蚊”的鄉(xiāng)村型循環(huán)與隱性感染者的流動形成的城市型循環(huán)模式得以保存,并在適當(dāng)條件引起2014年登革熱疫情的暴發(fā),這一結(jié)論有待進(jìn)一步研究。二、研究對象深圳市寶安區(qū)人民醫(yī)院2014年9-12月期間收治的登革熱病例。三、研究目的對2014年9-12月深圳市登革熱流行病毒株進(jìn)行血清型別鑒定,了解此次登革熱病原學(xué)的血清型情況；對細(xì)胞培養(yǎng)分離獲得的登革病毒株E基因及全基因組序列,進(jìn)行同源性比較和進(jìn)化樹分析,從分子水平上探討2014年深圳登革病毒流行株的生物學(xué)特征,探討其可能的來源。四、研究方法1.收集確診登革熱患者的病例資料,包括流行病學(xué)資料、臨床表現(xiàn)、實驗室檢查,其中登革熱病毒的血清學(xué)和核酸檢測由深圳市疾控中心(CDC)完成。2.提取患者急性期血清標(biāo)本中登革病毒RNA,逆轉(zhuǎn)錄為cDNAc經(jīng)通用引物及型特異性引物二輪PCR擴(kuò)增后,根據(jù)產(chǎn)物分子量大小確定登革病毒血清型。3.用BHK-21細(xì)胞培養(yǎng)分離6例1型登革病毒感染患者的急性期血清中的登革病毒。4.用Primer 3.0及DNAMAN軟件設(shè)計2對1型登革病毒的E基因擴(kuò)增測序引物,RT-PCR擴(kuò)增6株深圳1型登革病毒全長E基因,產(chǎn)物經(jīng)測序、拼接后,進(jìn)行同源性與進(jìn)化樹分析。5.使用PCR DESIGN及DNAMAN軟件,設(shè)計11對PCR引物,RT-PCR擴(kuò)增2株1型登革病毒株全基因組序列,并對測序結(jié)果進(jìn)行信息學(xué)分析。五、研究結(jié)果1.共35例患者確診為登革熱病例,本地流行病例占80.0%,而輸入性病例僅占20.0%。2.21例患者經(jīng)RT-nPCR檢測陽性,產(chǎn)物經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳分析后,20例出現(xiàn)大小為482bp的登革病毒型特異性片段,判定系登革1型病毒感染者,僅1例出現(xiàn)大小為119bp的登革2型病毒型特異性片段。前者本地感染及輸入性感染病例數(shù)分別為16例(80.0%)和4(20.0%),后者為輸入性病例。3.用BHK-21細(xì)胞培養(yǎng)分離PCR陽性的6名登革1型病毒患者急性期血清標(biāo)本中的登革病毒株,6份標(biāo)本均出現(xiàn)細(xì)胞腫脹變圓、空泡結(jié)構(gòu)等細(xì)胞病變效應(yīng)。4.6株深圳1型登革病毒株感染患者經(jīng)E基因擴(kuò)增、測序,全長均為1485bp,編碼495個氨基酸。6株深圳登革1型病毒分離株同源性為100.0%,其同源性與深圳2010流行株接近,核苷酸和氨基酸同源性分別為99.5%、99.8%,與新加坡2009和日本2004流行株的核苷酸和氨基酸同源性最高達(dá)99.7%、100.0%。進(jìn)化分析發(fā)現(xiàn),深圳6株登革1型病毒均屬于基因型Ⅰ型,與Shenzhen2010、Singpore2029、Japan2004的親緣關(guān)系較近,均在同一進(jìn)化支上。5.對從2例患者分離的DENV-1株進(jìn)行全基因組測序,結(jié)果顯示2株深圳DENV-1同源性為100.0%。深圳登革1型病毒株全長均為10735bp,編碼3329個氨基酸；全基因組序列進(jìn)化分析表明此病毒株為基因亞型Ⅰ毒株,與東南亞的病毒株同源性最高。與我國登革1型病毒基因亞型Ⅰ毒株GZ/80相比,深圳2014年登革1型病毒株發(fā)生了堿基變異430個,氨基酸變異42個,5'非編碼區(qū)(UTR)存在1處堿基差異,形成的二級結(jié)構(gòu)相同,均形成7個莖-環(huán)結(jié)構(gòu),3’UTR序列共有8處位點發(fā)生變異,前者形成了21個莖-環(huán)結(jié)構(gòu),而后者形成了24個莖-環(huán)結(jié)構(gòu)。六、結(jié)論1.2014年深圳以登革1型病毒流行為主,基因亞型屬Ⅰ型,且主要是本地流行；2.2014年流行于深圳市的登革1型病毒分離株,無論從E基因進(jìn)化樹還是全基因組序列進(jìn)化樹分析,均與新加坡、馬來西亞等東南亞分離株同源度最高,提示此次深圳流行的登革1型病毒可能來源于東南亞一帶；3.2014年6株深圳登革1型病毒分離株與2010年深圳登革1型病毒本地分離株比較發(fā)現(xiàn),二者高度同源且進(jìn)化距離相當(dāng)接近,傳播鏈僅時隔4年,提示此次流行的登革1型病毒與2010年流行株關(guān)系密切,并且深圳也存在登革熱流行的自然與社會因素,因此我們推測2010年流行株本地化并引起2014年登革熱流行的可能性,深圳有可能存在1型登革病毒疫源地；4.2014年深圳登革1型病毒分離株與GZ/80毒株存在一定的變異,二者屬于同一個基因亞型。
【關(guān)鍵詞】：登革熱 登革1型病毒 血清型 基因亞型 進(jìn)化樹 序列分析
【學(xué)位授予單位】：南方醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：R373
【目錄】：

• 摘要3-8
• ABSTRACT8-16
• 前言16-18
• 第一章 2014年深圳登革病毒流行株血清型別鑒定18-33
• 第一節(jié) 材料18
• 第二節(jié) 方法18-23
• 第三節(jié) 結(jié)果23-27
• 第四節(jié) 討論27-32
• 第五節(jié) 結(jié)論32-33
• 第二章 2014年深圳市DENV-1流行株E基因型特征及分子溯源研究33-47
• 第一節(jié) 材料33-34
• 第二節(jié) 方法34-38
• 第三節(jié) 結(jié)果38-43
• 第四節(jié) 討論43-46
• 第五節(jié) 結(jié)論46-47
• 第三章 2014年深圳市DENV-1流行株全基因組序列分析47-62
• 第一節(jié) 材料47
• 第二節(jié) 方法47-50
• 第三節(jié) 結(jié)果50-58
• 第四節(jié) 討論58-61
• 第五節(jié) 結(jié)論61-62
• 參考文獻(xiàn)62-67
• 附錄67-89
• 中英文對照縮略詞表89-91
• 攻讀學(xué)位期間成果91-92
• 致謝92-94

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中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 趙衛(wèi);曹虹;張文炳;;登革病毒分子進(jìn)化研究進(jìn)展[J];中國公共衛(wèi)生;2006年06期

2 吳蓉;;快速一步逆轉(zhuǎn)錄-多聚酶鏈反應(yīng)法分型登革病毒[J];國外醫(yī)學(xué)(微生物學(xué)分冊);1996年03期

3 方美玉,林立輝;登革病毒的研究進(jìn)展[J];中華傳染病雜志;2000年02期

4 趙衛(wèi),楊佩英;登革病毒的系統(tǒng)發(fā)生樹[J];微生物學(xué)免疫學(xué)進(jìn)展;2000年01期

5 胡志君,楊佩英;登革病毒的感染及復(fù)制研究進(jìn)展[J];軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院院刊;2001年01期

6 戎霞;蚊媒體內(nèi)登革病毒的檢測技術(shù)研究進(jìn)展[J];熱帶醫(yī)學(xué)雜志;2001年02期

7 李雪蓮,武峰,王瑩;登革病毒組織培養(yǎng)技術(shù)[J];河南醫(yī)學(xué)研究;2002年03期

8 周德山,安靜,王嘉麗;登革病毒在中樞神經(jīng)系統(tǒng)傳播機(jī)制的研究[J];第三軍醫(yī)大學(xué)學(xué)報;2002年04期

9 安靜,周德山,張俊磊;經(jīng)腦感染后登革病毒在小鼠脊髓分布特點的研究[J];第三軍醫(yī)大學(xué)學(xué)報;2002年04期

10 郝牧;登革病毒重要蛋白及其結(jié)構(gòu)差異與致病性關(guān)系[J];國外醫(yī)學(xué).流行病學(xué)傳染病學(xué)分冊;2003年05期

中國重要會議論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 吳新偉;蔣力云;羅雷;何麗娟;李向忠;伍業(yè)健;;廣州市2002-2004年登革病毒E基因序列分析[A];2006中國微生物學(xué)會第九次全國會員代表大會暨學(xué)術(shù)年會論文摘要集[C];2006年

2 劉偉;周永兵;左麗;;貴州獨山、興義兩地人群登革病毒感染情況的調(diào)查[A];中國免疫學(xué)會第五屆全國代表大會暨學(xué)術(shù)會議論文摘要[C];2006年

3 曹虹;溫?fù)P明;鄒辰;;人單克隆抗體技術(shù)用于構(gòu)建登革病毒全長抗體庫[A];新發(fā)傳染病研究熱點研討會論文集[C];2012年

4 趙衛(wèi);李玉靜;曹虹;;登革病毒感染模型研究進(jìn)展及在中醫(yī)上的應(yīng)用[A];新發(fā)和再發(fā)傳染病防治熱點研討會論文集[C];2009年

5 邵焰;江麗芳;;登革病毒的分子進(jìn)化和流行趨勢[A];全國生物防治暨第八屆殺蟲微生物學(xué)術(shù)研討會論文摘要集[C];2000年

6 李潔瓊;高娜;范東瀛;陳輝;吳娜;王娟;安靜;;日本腦炎病毒疫苗交叉保護(hù)登革病毒感染的機(jī)理研究[A];中華醫(yī)學(xué)會第七次全國中青年檢驗醫(yī)學(xué)學(xué)術(shù)會議論文匯編[C];2012年

7 李玉華;;登革病毒及登革熱疫苗研究進(jìn)展[A];2012年中國藥學(xué)大會暨第十二屆中國藥師周論文集[C];2012年

8 陳文捷;潘宇;左麗;;登革病毒感染免疫機(jī)制的初步研究[A];中國免疫學(xué)會第四屆學(xué)術(shù)大會會議議程及論文摘要集[C];2002年

9 董言德;趙彤言;謝超;魯亮;宋鋒林;楊發(fā)清;路寶麟;;致倦庫蚊傳播登革病毒可能性的實驗研究[A];中國動物學(xué)會第六屆全國青年寄生蟲學(xué)工作者學(xué)術(shù)討論會論文摘要集[C];2000年

10 李潔瓊;高娜;范東瀛;陳輝;吳娜;王娟;安靜;;日本腦炎病毒疫苗交叉保護(hù)登革病毒感染的機(jī)理研究[A];新發(fā)和再發(fā)傳染病防治熱點研討會論文集[C];2011年

中國重要報紙全文數(shù)據(jù)庫 前2條

1 小漁;登革病毒[N];中國醫(yī)藥報;2004年

2 主任醫(yī)師 王有國;未雨綢繆 防范蚊傳染病[N];大眾衛(wèi)生報;2002年

中國博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 陳靜;登革病毒包膜蛋白EDⅢ抗體中和活性與增強(qiáng)活性研究[D];南方醫(yī)科大學(xué);2015年

2 高博;天然產(chǎn)物對登革病毒抑制作用研究[D];福建農(nóng)林大學(xué);2015年

3 杭小同;登革病毒感染診斷方法的研究[D];中國疾病預(yù)防控制中心;2010年

4 肖維威;登革病毒檢測基因芯片的研制研究[D];第一軍醫(yī)大學(xué);2004年

5 張志珊;1-4型登革病毒外膜蛋白基因DⅢ區(qū)的表達(dá)及其在血清學(xué)診斷和免疫保護(hù)方面的應(yīng)用研究[D];福建醫(yī)科大學(xué);2007年

6 田衍平;還原型谷胱甘肽在登革病毒增殖中的作用研究[D];第三軍醫(yī)大學(xué);2010年

7 姬廣輝;無感染增強(qiáng)的廣譜抗登革病毒中和抗體的構(gòu)建及機(jī)制研究[D];第二軍醫(yī)大學(xué);2011年

8 朱武洋;衣殼蛋白基因突變對登革病毒生物學(xué)性質(zhì)的影響[D];中國人民解放軍軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院;2006年

9 曹政;登革病毒空殼疫苗研制及病毒空殼制備關(guān)鍵技術(shù)[D];重慶大學(xué);2014年

10 涂增;蟲媒登革病毒（Mosquito-borne dengue viruses）基因組進(jìn)化與分子診斷的研究[D];西南大學(xué);2009年

中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 李多;Ⅰ-Ⅳ型登革病毒非結(jié)構(gòu)蛋白NS1通用型單克隆抗體的制備及NS1抗原檢測ELISA方法的建立[D];北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院;2015年

2 王娟娟;哺乳動物上皮細(xì)胞中鞘糖脂在登革病毒感染中的作用[D];蘇州大學(xué);2015年

3 余芳芳;基底剛度對登革病毒2型感染人原代臍靜脈內(nèi)皮細(xì)胞影響的初步研究[D];貴陽醫(yī)學(xué)院;2015年

4 王裴;FcγRⅡb抑制登革病毒prM抗體引起的抗體依賴增強(qiáng)作用的研究[D];南方醫(yī)科大學(xué);2015年

5 易海粟;登革病毒包膜EDⅢ蛋白中和抗體結(jié)合表位篩選與鑒定[D];南方醫(yī)科大學(xué);2015年

6 李廣豪;Dead-box RNA解旋酶DDX25和DDX3X在登革病毒感染中的作用[D];蘇州大學(xué);2015年

7 馬珍元;2014年深圳市1型登革病毒流行株的分子溯源及全基因組序列分析[D];南方醫(yī)科大學(xué);2016年

8 潘京;蚊蟲細(xì)胞與蚊蟲組織中登革病毒受體分子篩選與鑒定[D];南方醫(yī)科大學(xué);2013年

9 黃艷芬;登革病毒包膜蛋白Ⅲ區(qū)單抗中和作用與作用機(jī)制研究以及登革病毒初次感染患者血清中和抗體反應(yīng)分析[D];南方醫(yī)科大學(xué);2013年

10 陳煒;微管骨架在登革病毒感染中作用的初步研究[D];第三軍醫(yī)大學(xué);2005年

，

本文編號：584014