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非編碼RNA的數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建及其癌癥基因組研究

發(fā)布時(shí)間:2024-02-24 19:27
  非編碼RNA(non-coding RNA,ncRNA)是一類不具有蛋白質(zhì)編碼潛能的RNA轉(zhuǎn)錄本,其包括長(zhǎng)非編碼RNA(long non-coding RNA,lncRNA),微小RNA(microRNA,miRNA)和核仁小RNA(small nucleolar RNA,snoRNA)等。lncRNA是長(zhǎng)度大于200個(gè)核苷酸的非編碼RNA,主要參與轉(zhuǎn)錄后調(diào)控、蛋白質(zhì)復(fù)合物的形成、細(xì)胞信號(hào)傳導(dǎo)和蛋白質(zhì)的變構(gòu)調(diào)節(jié)等。RNA編輯是一類廣泛存在的轉(zhuǎn)錄后修飾機(jī)制,對(duì)RNA中特定的堿基進(jìn)行編輯修飾。mRNA中RNA編輯的出現(xiàn)可能會(huì)導(dǎo)致錯(cuò)義密碼子的改變和可變剪接變化,而lncRNA中RNA編輯的出現(xiàn)則會(huì)導(dǎo)致其二級(jí)結(jié)構(gòu)改變和調(diào)控功能的缺失或獲得。snoRNA是一類長(zhǎng)度在60300個(gè)核苷酸的保守的非編碼RNA,定位于核仁或者Cajal body中,主要參與rRNA轉(zhuǎn)錄修飾過(guò)程。研究表明snoRNA與癌癥的發(fā)生發(fā)展非常相關(guān),但是snoRNA在癌癥中的表達(dá)情況和臨床相關(guān)性尚未得到系統(tǒng)研究。本研究中,首先系統(tǒng)的分析了人類、小鼠、果蠅和恒河猴中l(wèi)ncRNA的A->I的編輯位點(diǎn)及其可...

【文章頁(yè)數(shù)】:139 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】:博士

【部分圖文】:

圖1.1lncRNA功能(圖片來(lái)源Hu,EMBOreports,2012)

圖1.1lncRNA功能(圖片來(lái)源Hu,EMBOreports,2012)

圖1.1lncRNA功能(圖片來(lái)源Hu,EMBOreports,2012)Figure1.1lncRNAfunction(FromHu,EMBOreports,2012)(1)lncRNA能夠參與基因的表達(dá)調(diào)控。在真核生物中,RNA的轉(zhuǎn)錄有嚴(yán)格的調(diào)....


圖1.2編輯酶識(shí)別編輯的核苷酸(圖片來(lái)源Keegan,2001,NatureReviewsGenetics)

圖1.2編輯酶識(shí)別編輯的核苷酸(圖片來(lái)源Keegan,2001,NatureReviewsGenetics)

華中科技大學(xué)博士學(xué)位論文較短的ApoB48蛋白,從而導(dǎo)致一個(gè)轉(zhuǎn)錄本的不同編輯產(chǎn)生兩種蛋面,RNA編輯主要是以A->I的方式出現(xiàn)。而且主要出現(xiàn)在雙鏈R酶ADAR是主要參與A->I編輯的酶[29],如圖1.2,參與到A->I的這種編輯....


圖1.3三種snoRNA類型

圖1.3三種snoRNA類型

華中科技大學(xué)博士學(xué)位論文一些。除此之外,這種莖環(huán)結(jié)構(gòu)有助于C/Dbox家族的snoRNA的細(xì)胞核定位和snoRNA的正確合成[37]。C/Dbox家族的snoRNA通常與四個(gè)在進(jìn)化保守的蛋白質(zhì)結(jié)合形成,RNA蛋白質(zhì)復(fù)合體snoRNP....


圖2.1簡(jiǎn)化的lncRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)能量改變流程圖

圖2.1簡(jiǎn)化的lncRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)能量改變流程圖

華中科技大學(xué)博士學(xué)位論文lncRNA的156,502個(gè)編輯位點(diǎn)位點(diǎn)的最小自由能。其中,鑒定了123,950(79.2%)編輯位點(diǎn)的影響lncRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的最小自由能。51,489(32.9%)編輯位點(diǎn)的最小自由能的變化超過(guò)2kcal/mol,....



本文編號(hào):3909508

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