目的探討Ⅰ型單純皰疹病毒(Herpes simplex virus type 1,HSV-1)感染人胚肺二倍體成纖維細(xì)胞(KMB-17)對(duì)長(zhǎng)鏈非編碼RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的調(diào)控作用。方法用HSV-1感染KMB-17細(xì)胞,于感染后48h提取RNA進(jìn)行高通量測(cè)序。測(cè)序獲得的轉(zhuǎn)錄本用Cufflinks、CPC和CNCI軟件進(jìn)行l(wèi)ncRNA的鑒定和注釋,并利用cuffdiff軟件進(jìn)行差異表達(dá)lncRNA的篩選。對(duì)篩選的差異表達(dá)lncRNA進(jìn)行靶基因的預(yù)測(cè)及其GO和KEGG功能富集分析。結(jié)果共篩選到891個(gè)差異表達(dá)的lncRNA,其中上調(diào)515個(gè),下調(diào)376個(gè)。GO和KEGG功能富集分析表明,HSV-1感染誘導(dǎo)表達(dá)差異的lncRNA靶基因主要富集在Toll樣受體信號(hào)通路,RIG?I樣受體信號(hào)通路,Jak-STAT信號(hào)通路、Hedgehog信號(hào)通路、趨化因子信號(hào)通路和細(xì)胞代謝相關(guān)信號(hào)通路上。結(jié)論 HSV-1感染KMB-17細(xì)胞后誘導(dǎo)細(xì)胞lncRNA差異表達(dá)并通過(guò)靶基因來(lái)影響細(xì)胞抗病毒免疫和細(xì)胞代謝等相關(guān)信號(hào)通路,調(diào)控細(xì)胞抗病毒的響應(yīng)機(jī)制。

【文章頁(yè)數(shù)】：6 頁(yè)

【文章目錄】：
材料與方法
    1材料
    2方法
        2.1 HSV-1感染KMB-17細(xì)胞
        2.2 lncRNA的注釋
        2.3 lncRNA差異表達(dá)分析
        2.4 lncRNA靶基因預(yù)測(cè)
        2.5 lncRNA靶基因的GO和KEGG富集分析
結(jié)果
    1差異表達(dá)lncRNA的篩選
    2差異表達(dá)lncRNA的功能分析
討論



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