目的基因分型技術是研究肺炎支原體(MP)抗原變異和流行暴發(fā)的重要手段,本研究擬建立一種適用于我國MP菌株的新型多位點SNP基因分型技術(以下稱新SNP分型法)。方法對69株MP全基因組序列使用SNP stats軟件獲取全部SNP位點。使用連續(xù)體外傳代10代的18株MP菌株對初篩的34個SNP位點進行穩(wěn)定性驗證,使用40株MP臨床株進行SNP位點區(qū)分能力驗證,建立多位點SNP分型方法。選取160株MP國內(nèi)菌株進行SNP分型、傳統(tǒng)兩種基因分型、MLVA分型以及現(xiàn)有4種SNP分型方法的比較。結果最終選取的6個SNP位點組合可將MP分成SNP-00～SNP-64共65種基因型,其中SNP奇數(shù)型對應傳統(tǒng)type1基因型MP,SNP偶數(shù)型對應傳統(tǒng)type2基因型MP。160株國內(nèi)MP菌株經(jīng)本研究建立的SNP分型方法分為14個基因型,其分型結果與type1和type 2兩種基因型一致性為100%(160/160)。MLVA方法分為4種基因型,傳統(tǒng)SNP分型方法(以下稱SNP分型法)分為3種基因型。其中35例聚集性病例分離株經(jīng)新SNP分型法分為SNP-03和SNP-15兩種基因型,其余3種方法無法區(qū)分...

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【文章目錄】：
材料與方法
    1 主要試劑和儀器
    2 方法
        2.1 MP基因組序列比對及擴增引物設計與合成
        2.2 SNP位點穩(wěn)定性驗證
        2.3 SNP位點區(qū)分能力篩選
        2.4 SNP位點檢測及結果判讀
        2.5 160株臨床MP菌株多種分型結果比較
結果
    1 SNP位點穩(wěn)定性驗證
    2 SNP位點區(qū)分能力篩選
    3 SNP位點結果判讀
    4 160株MP菌株新SNP分型、p1基因分型、MLVA分型和SNP分型結果比較
討論



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