目的了解深圳市坪山區(qū)手足口病的病原譜和柯薩奇病毒A組6型(CVA6)基因特征。方法收集坪山區(qū)2019年疑似手足口病的病例糞便或肛拭子樣本,采用Real-time RT-PCR法進行腸道病毒核酸檢測分型,選取其中的優(yōu)勢型別CVA6陽性樣本進行VP1片段全長序列擴增、序列測定和系統(tǒng)進化分析。結果 2019年共檢測手足口病病例樣本184份,檢出腸道病毒通用型陽性165份,總陽性率為89.67%;其次為CVA6陽性120份(72.73%)、CVA16陽性40份(24.24%)、CVA10陽性8份(4.85%),其他腸道病毒陽性3份(1.82%),未檢出腸道病毒71型(EV71)。同源性及系統(tǒng)進化分析顯示,2019年深圳市坪山區(qū)24株CVA6 VP1基因核苷酸和氨基酸同源性分別為93.4%～99.9%和98.4%～100.0%,基因型為D3亞型,24株病毒VP1序列均分布于D3a.2分支上。結論 2019年坪山區(qū)手足口病病原體以CVA6為主,D3a.2為其優(yōu)勢流行株。

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 樣本來源
    1.2 病原學檢測
    1.3 VP1全基因組擴增
    1.4 進化分析和構建進化樹
    1.5 統(tǒng)計方法
2 結果
    2.1 病原學檢測結果
    2.2 流行特征
        2.2.1 人群分布
        2.2.2 時間分布
    2.3 VP1基因擴增和序列測定
    2.4 VP1基因序列同源性分析
    2.5 系統(tǒng)進化分析
3 討論



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