發(fā)布時間：2022-08-09 21:33

　　復(fù)雜疾病是一種遺傳、環(huán)境及生活方式等多種原因共同導(dǎo)致的疾病。由于其致病機(jī)制復(fù)雜,復(fù)雜疾病難以通過遺傳概率來估計(jì)個體患病的風(fēng)險、也難以診斷、治療及預(yù)后。疾病是面對生理及病理壓力時的異常反應(yīng),那些會影響分子行為的生物成分與疾病間存在著某種天然的聯(lián)系。miRNA（micro RNA）是一種在正�；蚣膊∏闆r下都會調(diào)控大多數(shù)分子行為的重要調(diào)控子,它通過與基因3’端非翻譯區(qū)的堿基互補(bǔ)抑制靶基因的轉(zhuǎn)錄后表達(dá),因此miRNA的調(diào)控異常是引發(fā)疾病或?qū)е录膊夯目床灰姷氖�。本文主要研究從大量的生物短序列中識別出miRNA并探尋復(fù)雜疾病中異常調(diào)控的miRNA。具體研究內(nèi)容如下:1.提出成熟miRNA序列模式抽取方法并給出成熟miRNA序列模式抽取標(biāo)準(zhǔn)的建議。針對成熟miRNA序列長度短、變體形式多樣而造成的序列生物特征難以識別的問題,提出基于序列比對的成熟miRNA序列模式抽取方法。該方法通過抽取成熟miRNA序列中共同的堿基作為序列模式。通過比較不同長度、不同概率、不同數(shù)量的序列模式對真假成熟miRNA的分類性能,給出成熟miRNA序列模式的標(biāo)準(zhǔn)。通過分析所抽取的序列模式在果蠅、小鼠和人類三個物種的真實(shí)... 

【文章頁數(shù)】：134 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
縮略語對照表
第一章 緒論
    1.1 研究背景與意義
        1.1.1 研究背景
        1.1.2 研究意義
    1.2 miRNA簡介
        1.2.1 miRNA相關(guān)概念
        1.2.2 miRNA與復(fù)雜疾病
        1.2.3 miRNA相關(guān)數(shù)據(jù)庫及軟件
    1.3 研究現(xiàn)狀與挑戰(zhàn)
        1.3.1 國內(nèi)外研究現(xiàn)狀
        1.3.2 miRNA識別及其異常調(diào)控識別的挑戰(zhàn)
    1.4 本文主要內(nèi)容及章節(jié)安排
        1.4.1 本文主要內(nèi)容
        1.4.2 章節(jié)安排
第二章 成熟miRNA序列模式抽取方法
    2.1 引言
    2.2 成熟miRNA序列模式抽取方法
        2.2.1 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備
        2.2.2 成熟miRNA片段序列模式生成方法
        2.2.3 成熟miRNA片段序列模式篩選
    2.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        2.3.1 基于x-聯(lián)體估計(jì)片段序列模式概率
        2.3.2 片段序列模式的數(shù)量選擇
        2.3.3 片段序列模式的長度選擇
    2.4 實(shí)驗(yàn)分析
        2.4.1 成熟miRNA序列模式顯著性分析
        2.4.2 成熟miRNA序列模式分類性能分析
    2.5 小結(jié)
第三章 成熟miRNA識別方法——mirPD
    3.1 引言
    3.2 成熟miRNA計(jì)算識別方法——mirPD
        3.2.1 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備
        3.2.2 長度及頻率篩選
        3.2.3 成熟miRNA序列模式篩選
        3.2.4 候選讀段匹配至基因組
        3.2.5 miRNA生物特征篩選
    3.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
    3.4 實(shí)驗(yàn)分析
        3.4.1 miRNA序列模式篩選：提高效率且降低假陽性率
        3.4.2 候選miRNA前體分組：提高識別精度
        3.4.3 方法應(yīng)用范圍靈活：可選保守性
        3.4.4 結(jié)果中假陰性miRNA原因分析
    3.5 小結(jié)
第四章 miRNA序列致病SNP的識別
    4.1 引言
    4.2 miRNA序列致病SNP識別方法
        4.2.1 數(shù)據(jù)收集
        4.2.2 精神分裂癥相關(guān)miRNA序列分段
        4.2.3 SNP導(dǎo)致的自由能變化檢測
    4.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        4.3.1 精神分裂癥相關(guān)miRNA序列上的致病SNP（SZ-SNP）
        4.3.2 精神分裂癥相關(guān)miRNA序列上的高頻致病SNP
    4.4 實(shí)驗(yàn)分析
        4.4.1 精神分裂癥相關(guān)miRNA序列上無致病SNP原因分析
        4.4.2 精神分裂癥相關(guān)miRNA上已知SNP的高頻特性
        4.4.3 已知SNP在精神分裂癥相關(guān)miRNA分段中的非均勻分布特性
        4.4.4 精神分裂癥miRNA終端環(huán)序列上無已知致病SNP原因分析
    4.5 小結(jié)
第五章 功能異常miRNA調(diào)控模塊識別方法
    5.1 引言
    5.2 功能異常miRNA調(diào)控模塊識別方法
        5.2.1 miRNA-mRNA調(diào)控關(guān)系預(yù)測
        5.2.2 miRNA-mRNA調(diào)控系數(shù)估計(jì)
        5.2.3 功能異常的miRNA調(diào)控模塊識別
    5.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
    5.4 實(shí)驗(yàn)分析
        5.4.1 異常調(diào)控模塊中的miRNA及mRNA與疾病的關(guān)系分析
        5.4.2 miRNA異常調(diào)控的mRNA與疾病的關(guān)系分析
    5.5 小結(jié)
第六章 總結(jié)與展望
    6.1 總結(jié)
    6.2 后續(xù)工作與展望
參考文獻(xiàn)
致謝
作者簡介


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]miRNA-dysregulation associated with tenderness variation induced by acute stress in Angus cattle[J]. George Liu,M Scott Updike.  Journal of Animal Science and Biotechnology. 2012(02)



本文編號：3673320