目的應用微生物數(shù)據(jù)分析云平臺篩選巴爾通體特異基因,并設計巴爾通體屬（Bartonella spp.）細菌檢測通用引物和探針。方法登錄微生物數(shù)據(jù)分析云平臺,選擇"Special_Marker_Gene"工作流,上傳目標菌基因組序列,設置參數(shù)Align（覆蓋度）和E（相似度）。運行完成后,將得到1份特異基因序列表。為進一步確認篩選基因的特異性,可將篩選序列片段用美國國立生物技術信息中心-序列局部比對工具（NCBI-BLAST）進行驗證,根據(jù)篩選片段設計實時熒光定量PCR引物或探針,并分析實驗結果。結果應用上述方法篩選到巴爾通體特異基因49個,選擇NCBI-BLAST驗證后覆蓋度和特異性水平高的基因序列設計引物和探針,經(jīng)預實驗分析,以格拉漢姆巴爾通體（Bartonella grahamii,Bg）基因組中的yfeC基因（ACS50472.1₇9）為靶序列設計的Bar5引物和TaqMan探針檢測效果良好:可以擴增12種巴爾通體,通用性較好,其他種屬的生物核酸樣品均未出現(xiàn)熒光信號;最低檢出限為3.47×10拷貝/反應;經(jīng)重復性分析,組... 

【文章來源】：中國媒介生物學及控制雜志. 2020,31(05)

【文章頁數(shù)】：5 頁

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 菌株、生物樣品的核酸和基因組序列
    1.2 主要儀器設備與試劑
    1.3 靶基因的篩選
    1.4 引物、探針的合成與檢測
        1.4.1 引物、探針設計和標準質(zhì)粒合成
        1.4.2 通用性檢測
        1.4.3 特異性檢測
        1.4.4 敏感性檢測
        1.4.5 重復性檢測
        1.4.6 擴增效率檢驗
        1.4.7 反應體系及參數(shù)
2 結果
    2.1 靶基因篩選與引物設計
    2.2 特異性檢測
    2.3敏感性檢測
    2.4 重復性分析
3 討論


【參考文獻】：
期刊論文
[1]蚊寨卡病毒核酸檢測體系的建立與初步應用[J]. 謝甜,羅陸婷,尹慶慶,丁琳,潘怡承,滕萍英,謝郁,劉轉(zhuǎn)轉(zhuǎn),陳曉光,周曉紅.  中國病原生物學雜志. 2017(09)
[2]基于16S rDNA數(shù)據(jù)庫的細菌在線分類鑒定平臺的構建[J]. 陳晨,彭珂,王海印,杜鵬程,張雯,張媛媛,于偉文.  疾病監(jiān)測. 2013(03)
[3]微生物在線生物信息分析系統(tǒng)的開發(fā)及應用[J]. 于偉文,杜鵬程,陳超,陳晨,吳一雷,張雯.  疾病監(jiān)測. 2012(04)
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本文編號：3644372