本文關(guān)鍵詞：基于高通量測(cè)序技術(shù)的惡性瘧原蟲Plasmodium falciparum3D7蟲株紅內(nèi)期新的長(zhǎng)鏈非編碼RNA的分析與初步驗(yàn)證，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：瘧疾是由瘧原蟲引起的一種嚴(yán)重的寄生蟲病。其中,惡性瘧原蟲是導(dǎo)致人類瘧疾感染致死率最高的病原體。惡性瘧原蟲的生活史包括在人體內(nèi)的無性繁殖階段(紅外期和紅內(nèi)期)以及在蚊體內(nèi)的有性繁殖期(蚊期)。惡性瘧原蟲在紅細(xì)胞內(nèi)期的裂體增殖是瘧疾發(fā)作的基礎(chǔ),包括從裂殖子侵入紅細(xì)胞開始的裂殖子期、環(huán)狀體期、早期和晚期滋養(yǎng)體期直至裂殖體期。研究惡性瘧原蟲在紅細(xì)胞內(nèi)的生長(zhǎng)發(fā)育過程具有非常重要的意義。長(zhǎng)鏈非編碼RNA是一類長(zhǎng)度大于200核苷酸并且不具有蛋白編碼能力的轉(zhuǎn)錄本,占全部非編碼RNA的近80%。研究表明,lncRNA可通過繁復(fù)的機(jī)制參與有機(jī)體的各種活動(dòng),如表觀遺傳學(xué)修飾、轉(zhuǎn)錄和翻譯調(diào)控以及剪切拼接控制細(xì)胞周期、細(xì)胞分化和細(xì)胞凋亡等。惡性瘧原蟲基因組轉(zhuǎn)錄大量的lncRNA,但這些lncRNA在惡性瘧原蟲的增殖發(fā)育過程中的作用卻知之甚少。為了探索惡性瘧原蟲紅內(nèi)期不同發(fā)育階段的lncRNA表達(dá)譜及其特異性。本研究采用山梨醇連續(xù)多次處理體外培養(yǎng)并處于環(huán)狀體的惡性瘧原蟲蟲株,獲得高度同步化、窗口小、蟲血率高并處于不同生長(zhǎng)階段的惡性瘧原蟲蟲株,選取環(huán)期以及裂殖體期構(gòu)建了2個(gè)時(shí)期的鏈特異性文庫,并進(jìn)行Illumina/Solexa雙末端測(cè)序。通過進(jìn)一步對(duì)環(huán)期與裂殖體期的測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行生物信息學(xué)分析,序列比對(duì)、序列拼接、編碼潛能分析預(yù)測(cè)了55條在紅內(nèi)期特異性表達(dá)的lncRNA。其中13條lncRNA通過RT-PCR得到驗(yàn)證,為后期進(jìn)一步研究惡性瘧原蟲紅內(nèi)期期特異性表達(dá)的lncRNAs的功能提供了基本的數(shù)據(jù)信息。
【關(guān)鍵詞】：惡性瘧原蟲 紅內(nèi)期 同步化 長(zhǎng)鏈非編碼RNA RNA-seq
【學(xué)位授予單位】：北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：R382
【目錄】：

• 中文摘要4-5
• Abstract5-7
• 1 前言7-15
• 1.1 瘧疾和瘧原蟲簡(jiǎn)介7-8
• 1.2 惡性瘧原蟲體外同步化培養(yǎng)8-9
• 1.3 長(zhǎng)鏈非編碼RNA概述9-12
• 1.4 惡性瘧原蟲lncRNA研究進(jìn)展12-15
• 2 研究策略和技術(shù)路線15-16
• 3 實(shí)驗(yàn)方法16-28
• 3.1 P. falciparum 3D7體外培養(yǎng)17-19
• 3.2 5%D-山梨醇體外同步化培養(yǎng)P. falciparum 3D7蟲株19-20
• 3.3 P. falciparum 3D7蟲體收集和RNA提取20-22
• 3.4 DNase消化去除RNA樣品殘留的DNA22
• 3.5 RNA樣品凝膠電泳檢測(cè)22-23
• 3.6 生物信息學(xué)分析由諾和致源公司完成23-24
• 3.7 逆轉(zhuǎn)錄PCR驗(yàn)證lncRNA24-28
• 4 實(shí)驗(yàn)結(jié)果28-41
• 4.1 紅內(nèi)期P. falciparum 3D7蟲株體外同步化培養(yǎng)結(jié)果28-30
• 4.2 P. falciparum3D7 RNA的提取與質(zhì)量檢測(cè)30-31
• 4.3 illumina/Solexa雙末端測(cè)序結(jié)果分析31-35
• 4.4 lncRNAs RT-PCR驗(yàn)證35-41
• 5 討論41-44
• 5.1 惡性瘧原蟲同步化方法41
• 5.2 高通量測(cè)序與生物信息學(xué)結(jié)合預(yù)測(cè)新的lncRNAs41-42
• 5.3 P. falciparum 3D7的lncRNAs特點(diǎn)與期特異性表達(dá)42-43
• 5.4 P. falciparum 3D7的lncRNAs驗(yàn)證43
• 5.5 本研究存在不足與展望43-44
• 結(jié)論44-45
• 參考文獻(xiàn)45-48
• 附錄I:本論文主壚文縮略語48-50
• 附錄Ⅱ：碩士期間發(fā)表的文章和參加的會(huì)議50-51
• 致謝51-52

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4 伍忠鑾,吳忠道,余新炳;惡性瘧原蟲基因組的研究進(jìn)展[J];熱帶醫(yī)學(xué)雜志;2004年01期

5 劉德全;;惡性瘧原蟲培養(yǎng):建立新株[J];國(guó)外醫(yī)學(xué)(寄生蟲病分冊(cè));1979年05期

6 何登賢;;惡性瘧原蟲體外連續(xù)培養(yǎng)[J];廣西醫(yī)學(xué)院學(xué)報(bào);1979年04期

7 Jensen T.B.TragerW.;王恒禮;;惡性瘧原蟲培養(yǎng):另外株的建立[J];河南預(yù)防醫(yī)學(xué)雜志;1979年02期

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本文編號(hào)：362259