本文關(guān)鍵詞：基于高通量測序技術(shù)的惡性瘧原蟲Plasmodium falciparum3D7蟲株紅內(nèi)期新的長鏈非編碼RNA的分析與初步驗證，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：瘧疾是由瘧原蟲引起的一種嚴重的寄生蟲病。其中,惡性瘧原蟲是導致人類瘧疾感染致死率最高的病原體。惡性瘧原蟲的生活史包括在人體內(nèi)的無性繁殖階段(紅外期和紅內(nèi)期)以及在蚊體內(nèi)的有性繁殖期(蚊期)。惡性瘧原蟲在紅細胞內(nèi)期的裂體增殖是瘧疾發(fā)作的基礎(chǔ),包括從裂殖子侵入紅細胞開始的裂殖子期、環(huán)狀體期、早期和晚期滋養(yǎng)體期直至裂殖體期。研究惡性瘧原蟲在紅細胞內(nèi)的生長發(fā)育過程具有非常重要的意義。長鏈非編碼RNA是一類長度大于200核苷酸并且不具有蛋白編碼能力的轉(zhuǎn)錄本,占全部非編碼RNA的近80%。研究表明,lncRNA可通過繁復的機制參與有機體的各種活動,如表觀遺傳學修飾、轉(zhuǎn)錄和翻譯調(diào)控以及剪切拼接控制細胞周期、細胞分化和細胞凋亡等。惡性瘧原蟲基因組轉(zhuǎn)錄大量的lncRNA,但這些lncRNA在惡性瘧原蟲的增殖發(fā)育過程中的作用卻知之甚少。為了探索惡性瘧原蟲紅內(nèi)期不同發(fā)育階段的lncRNA表達譜及其特異性。本研究采用山梨醇連續(xù)多次處理體外培養(yǎng)并處于環(huán)狀體的惡性瘧原蟲蟲株,獲得高度同步化、窗口小、蟲血率高并處于不同生長階段的惡性瘧原蟲蟲株,選取環(huán)期以及裂殖體期構(gòu)建了2個時期的鏈特異性文庫,并進行Illumina/Solexa雙末端測序。通過進一步對環(huán)期與裂殖體期的測序數(shù)據(jù)進行生物信息學分析,序列比對、序列拼接、編碼潛能分析預測了55條在紅內(nèi)期特異性表達的lncRNA。其中13條lncRNA通過RT-PCR得到驗證,為后期進一步研究惡性瘧原蟲紅內(nèi)期期特異性表達的lncRNAs的功能提供了基本的數(shù)據(jù)信息。
【關(guān)鍵詞】：惡性瘧原蟲 紅內(nèi)期 同步化 長鏈非編碼RNA RNA-seq
【學位授予單位】：北京協(xié)和醫(yī)學院
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2015
【分類號】：R382
【目錄】：

• 中文摘要4-5
• Abstract5-7
• 1 前言7-15
• 1.1 瘧疾和瘧原蟲簡介7-8
• 1.2 惡性瘧原蟲體外同步化培養(yǎng)8-9
• 1.3 長鏈非編碼RNA概述9-12
• 1.4 惡性瘧原蟲lncRNA研究進展12-15
• 2 研究策略和技術(shù)路線15-16
• 3 實驗方法16-28
• 3.1 P. falciparum 3D7體外培養(yǎng)17-19
• 3.2 5%D-山梨醇體外同步化培養(yǎng)P. falciparum 3D7蟲株19-20
• 3.3 P. falciparum 3D7蟲體收集和RNA提取20-22
• 3.4 DNase消化去除RNA樣品殘留的DNA22
• 3.5 RNA樣品凝膠電泳檢測22-23
• 3.6 生物信息學分析由諾和致源公司完成23-24
• 3.7 逆轉(zhuǎn)錄PCR驗證lncRNA24-28
• 4 實驗結(jié)果28-41
• 4.1 紅內(nèi)期P. falciparum 3D7蟲株體外同步化培養(yǎng)結(jié)果28-30
• 4.2 P. falciparum3D7 RNA的提取與質(zhì)量檢測30-31
• 4.3 illumina/Solexa雙末端測序結(jié)果分析31-35
• 4.4 lncRNAs RT-PCR驗證35-41
• 5 討論41-44
• 5.1 惡性瘧原蟲同步化方法41
• 5.2 高通量測序與生物信息學結(jié)合預測新的lncRNAs41-42
• 5.3 P. falciparum 3D7的lncRNAs特點與期特異性表達42-43
• 5.4 P. falciparum 3D7的lncRNAs驗證43
• 5.5 本研究存在不足與展望43-44
• 結(jié)論44-45
• 參考文獻45-48
• 附錄I:本論文主壚文縮略語48-50
• 附錄Ⅱ：碩士期間發(fā)表的文章和參加的會議50-51
• 致謝51-52

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3 雷俊川;繆軍;李s

本文編號：362259