【目的】對(duì)中華按蚊（Anopheles sinensis）雌、雄蚊的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行差異表達(dá)分析,獲得兩者間差異表達(dá)基因,對(duì)它們進(jìn)行功能富集分析,挖據(jù)這些基因的功能表現(xiàn)和參與的通路�！痉椒ā炕谝阎腥A按蚊雌、雄蚊轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行了RNA-Seq數(shù)據(jù)相關(guān)性檢查,利用R語(yǔ)言DESeq包比較雌蚊和雄蚊中基因的差異表達(dá)情況,并用GOseq和KOBAS對(duì)篩選出來(lái)的差異表達(dá)基因進(jìn)行GO和KEGG富集分析�！窘Y(jié)果】Pearson相關(guān)系數(shù)的平方（R2）大于0.92,說(shuō)明樣本在3個(gè)生物學(xué)重復(fù)間具有高度相關(guān)性,可用于進(jìn)一步分析;中華按蚊雌、雄蚊差異表達(dá)基因共3 298個(gè),其中1 589個(gè)基因在雌蚊中表達(dá)上調(diào),1 709個(gè)基因在雌蚊中表達(dá)下調(diào);差異表達(dá)基因明顯富集在酰胺生物合成、有機(jī)酸代謝、肽代謝過(guò)程等功能類(lèi)別上,參與核糖體在真核生物中的生物發(fā)生、RNA轉(zhuǎn)運(yùn)等KEGG通路�！窘Y(jié)論】上述結(jié)果對(duì)深入研究不同性別的中華按蚊基因表達(dá)及差異具有潛在價(jià)值。 

【文章來(lái)源】：重慶師范大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2020,37(03)北大核心

【文章頁(yè)數(shù)】：6 頁(yè)

【部分圖文】：

樣本生物重復(fù)相關(guān)性檢驗(yàn)

中華按蚊雄蚊與雌蚊間差異表達(dá)基因的比較

中華按蚊雌、雄蚊的3 298個(gè)差異表達(dá)基因中，存在GO注釋的有1 964個(gè)，共涉及3個(gè)類(lèi)別：生物過(guò)程類(lèi)、細(xì)胞組成類(lèi)和分子功能類(lèi)。差異表達(dá)基因顯著富集在11個(gè)亞類(lèi)，如：酰胺生物合成的過(guò)程、細(xì)胞酰胺代謝過(guò)程、肽生物合成的過(guò)程、羧酸代謝過(guò)程等（圖3）。從圖4可知：表達(dá)上調(diào)的1 589個(gè)基因中，存在GO注釋的有1 017個(gè)。在生物過(guò)程一類(lèi)中，差異表達(dá)基因顯著富集在62個(gè)亞類(lèi)，最顯著富集的亞類(lèi)有細(xì)胞氮化合物代謝過(guò)程、氮化合物代謝過(guò)程、肽生物合成的過(guò)程等；其中富集到代謝過(guò)程、細(xì)胞過(guò)程和有機(jī)物代謝過(guò)程的基因數(shù)目較其他類(lèi)別的基因數(shù)目更多，分別有554,525和474個(gè)。在細(xì)胞組成一類(lèi)中，差異表達(dá)基因顯著富集在18個(gè)亞類(lèi)，最顯著富集的亞類(lèi)有細(xì)胞、細(xì)胞內(nèi)部、核蛋白復(fù)合體等；其中富集到細(xì)胞和細(xì)胞部分的基因數(shù)目均為325個(gè)。在分子功能一類(lèi)中，差異表達(dá)基因顯著富集在45個(gè)亞類(lèi)，最顯著富集的亞類(lèi)如雜環(huán)化合物結(jié)合、核酸結(jié)合、ATP結(jié)合、RNA結(jié)合等；其中富集到雜環(huán)化合物結(jié)合的基因數(shù)目最多，有349個(gè)。而表達(dá)下調(diào)的1 709個(gè)基因中，存在GO注釋的有947個(gè)，且沒(méi)有顯著富集的亞類(lèi)。圖4 上調(diào)差異表達(dá)基因的GO功能分類(lèi)

【參考文獻(xiàn)】：
碩士論文
[1]中華按蚊化感組織的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及化感基因的表達(dá)譜分析[D]. 張晶晶.重慶師范大學(xué) 2019



本文編號(hào)：3621418