目的了解2016年江陰市一起甲型副傷寒暴發(fā)菌株的基因組遺傳和耐藥特征。方法采用二代測(cè)序技術(shù)（NGS）,對(duì)分離到的9株菌株進(jìn)行全基因組測(cè)序。經(jīng)數(shù)據(jù)過(guò)濾和de novo組裝后,獲得基因組序列。將其與公共數(shù)據(jù)庫(kù)下載國(guó)內(nèi)流行株和國(guó)際參比菌株比較,獲取單拷貝核心基因序列SNP,構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)。同時(shí)通過(guò)比對(duì)MLST數(shù)據(jù)庫(kù),獲取MLST分型情況;通過(guò)比對(duì)ResFinder數(shù)據(jù)庫(kù)和ARDB數(shù)據(jù)庫(kù)獲取耐藥基因攜帶情況。采用Kirby-Bauer紙片擴(kuò)散法進(jìn)行15種臨床常用抗生素敏感性測(cè)試。結(jié)果組裝后9株甲型副傷寒菌株均為4.5M左右,且均為ST85型;系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)分析顯示這9株菌株聚在一起,且同云南元江甲型副傷寒暴發(fā)菌株的親緣關(guān)系最近。9株菌株均對(duì)四環(huán)素、氯霉素、復(fù)方新諾明、萘啶酸、紅霉素和阿奇霉素耐藥,均攜帶了介導(dǎo)氨基糖苷類耐藥的aac（6′）-Iaa基因,以及介導(dǎo)喹諾酮類耐藥的gyrA p、S83F和parC p.T57S突變,同時(shí)還攜帶ABC、RND和MF家族外排泵相關(guān)的耐藥基因。結(jié)論本暴發(fā)疫情是由共同來(lái)源的、具有多重耐藥性ST85型甲型副傷寒沙門菌引起。應(yīng)用基因組數(shù)據(jù)可更精細(xì)分析菌株遺傳進(jìn)化特征、... 

【文章來(lái)源】：江蘇預(yù)防醫(yī)學(xué). 2020,31(04)

【文章頁(yè)數(shù)】：4 頁(yè)

【部分圖文】：

甲型副傷寒菌株k-mer tree

甲型副傷寒菌株SNP tree

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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