發(fā)布時(shí)間：2022-01-15 00:56

　　固有無序蛋白是在生理狀態(tài)下缺乏穩(wěn)定三維結(jié)構(gòu)的一類特殊蛋白,在生命活動(dòng)中行使多種功能,并且與人類疾病有著密切的關(guān)聯(lián)。研究表明許多與疾病相關(guān)的蛋白大部分都是固有無序蛋白,但由于實(shí)驗(yàn)和計(jì)算難度大等原因,多數(shù)研究還只是集中在少數(shù)蛋白,缺少針對疾病相關(guān)基因及其編碼蛋白固有無序特征的大規(guī)模研究。因此,為了揭示疾病相關(guān)基因與固有無序蛋白之間的關(guān)系,本文以實(shí)驗(yàn)證實(shí)的腎細(xì)胞癌和宮頸癌相關(guān)基因?yàn)榛A(chǔ),充分利用多種生物信息工具,系統(tǒng)研究了疾病相關(guān)基因編碼蛋白固有無序特征,注釋了疾病相關(guān)基因?qū)?yīng)核酸序列及其編碼蛋白序列的固有無序區(qū)及其重要結(jié)合位點(diǎn)信息,從結(jié)合位點(diǎn)角度分析了蛋白質(zhì)無序區(qū)/有序區(qū)與疾病之間的潛在關(guān)聯(lián),在此基礎(chǔ)上構(gòu)建了目前首個(gè)疾病相關(guān)基因及固有無序蛋白數(shù)據(jù)庫,為今后固有無序蛋白相關(guān)研究奠定了堅(jiān)實(shí)的理論基礎(chǔ)和數(shù)據(jù)庫資源,論文工作主要如下:1.疾病相關(guān)基因固有無序蛋白的分布特征本文以實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的腎癌基因數(shù)據(jù)庫和宮頸癌基因數(shù)據(jù)庫為基礎(chǔ),分別獲取了蛋白質(zhì)序列和與其對應(yīng)的CDS,經(jīng)過序列翻譯后核對和去除重復(fù)序列等環(huán)節(jié),最終分別構(gòu)建了腎癌（211條）與宮頸癌（781條）相關(guān)基因CDS及其編碼蛋白數(shù)據(jù)集�；谠摂�(shù)據(jù)... 

【文章來源】：山東師范大學(xué)山東省

【文章頁數(shù)】：54 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

預(yù)測結(jié)果的相似度情況

山東師范大學(xué)碩士學(xué)位論文表 3-4 蛋白質(zhì)—肽結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測結(jié)果統(tǒng)計(jì)表Tab. 3-4 Statistical Table of Protein-Peptide Binding Site Prediction Results數(shù)據(jù)集 固有無序蛋白數(shù)目A1B1C1D1E1F1RCDBpro 119 119 86 119 0 33 86CCDBpro 558 555 472 534 21 83 451注：A1表示含有蛋白質(zhì)-肽結(jié)合位點(diǎn)的序列數(shù)目，B1代表無序區(qū)含肽結(jié)合位點(diǎn)的固有無序蛋白數(shù)目，C1代表有序區(qū)含肽結(jié)合位點(diǎn)的固有無序蛋白數(shù)目，D1代表全部肽結(jié)合位點(diǎn)位于無序區(qū)的固有無序蛋白數(shù)目， E1代表全部肽結(jié)合位點(diǎn)位于有序區(qū)的固有無序蛋白數(shù)目，F(xiàn)1代表有序區(qū)/無序區(qū)都含有結(jié)合位點(diǎn)的固有無序蛋白數(shù)目

（b）圖 3-2 蛋白質(zhì)-碳水化合物結(jié)合位點(diǎn)分布（a）RCDB 蛋白質(zhì)-碳水化合物結(jié)合位點(diǎn)分布（b）CCDB 蛋白質(zhì)-碳水化合物結(jié)合位點(diǎn)分布Fig.3-2 Distribution of Protein-carbohydrate binding site(a) Distribution of RCDB protein-carbohydrate binding sites (b) Distribution of CCDBprotein-carbohydrate binding sites圖 3-2 中橫坐標(biāo)代表按照無序化程度由小到大排序的蛋白質(zhì)序列，縱坐標(biāo)代表無序區(qū)碳水化合物結(jié)合位點(diǎn)豐度 P 值,若 P 值小于 1 表示蛋白質(zhì)-碳水化合物結(jié)合位點(diǎn)偏好有序區(qū)，反之，表示蛋白質(zhì)-碳水化合物結(jié)合位點(diǎn)偏好無序區(qū)。由圖 3-2（b）可以看出蛋白質(zhì)-碳水化合物結(jié)合位點(diǎn)偏好有序區(qū)和偏好無序區(qū)的固有無序蛋白序列數(shù)目幾近相等，隨著蛋白無序化程度遞增，P 值更趨向于 1,說明碳水化合物結(jié)合位點(diǎn)分布與蛋白固有無序化程度有一定的相關(guān)性。

【參考文獻(xiàn)】：
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碩士論文
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本文編號：3589568