基于轉(zhuǎn)座酶和高通量測(cè)序的染色質(zhì)分析技術(shù)（assay for transposase-accessible chromatin using sequencing,ATAC-seq）是近年來(lái)較為熱門的一項(xiàng)用于檢測(cè)染色質(zhì)開放性的表觀遺傳組學(xué)技術(shù)。為確定適用于人原代免疫細(xì)胞的ATAC-seq實(shí)驗(yàn)方法,本研究探尋細(xì)胞裂解條件,發(fā)現(xiàn)0.1%NP-40能溫和且較為徹底地裂解細(xì)胞。具體方法為使用Tn5轉(zhuǎn)座酶切割染色質(zhì)并連接測(cè)序接頭,利用PCR擴(kuò)增建庫(kù);運(yùn)用2100Bioanalyzer毛細(xì)管電泳和統(tǒng)計(jì)分析文庫(kù)中的DNA片段,得到片段呈周期性排布的ATAC-seq文庫(kù)分布模式。使用一系列生物信息學(xué)工具確定文庫(kù)質(zhì)量,發(fā)現(xiàn)樣本總比對(duì)率大于94%,線粒體基因組百分率低于38%,所得ATAC-seq信號(hào)在轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)附近有明顯富集,技術(shù)重復(fù)間可重復(fù)率約為80%。以上從多個(gè)維度表明實(shí)驗(yàn)及文庫(kù)制備的整個(gè)過(guò)程質(zhì)量良好,是較為理想的用于處理人原代免疫細(xì)胞的ATAC-seq實(shí)驗(yàn)方法。 

【文章來(lái)源】：現(xiàn)代免疫學(xué). 2020,40(02)北大核心CSCD

【文章頁(yè)數(shù)】：7 頁(yè)

【部分圖文】：

裂解前后細(xì)胞的錐蟲藍(lán)染色結(jié)果（×200)

ATAC-seq建庫(kù)相關(guān)質(zhì)控

使用測(cè)序后的數(shù)據(jù)分析去除接頭后經(jīng)過(guò)比對(duì)的片段，能夠更加準(zhǔn)確地統(tǒng)計(jì)經(jīng)過(guò)轉(zhuǎn)座后插入片段的長(zhǎng)度。本研究運(yùn)用生物信息學(xué)工具，得到了插入片段的分布，由于Illumina測(cè)序本身的特性，超過(guò)1 000bp的長(zhǎng)片段未被展示（圖3）。與2100Bioanalyzer的結(jié)果類似，插入的序列以大約200bp為間隔周期性排布，顯示了在細(xì)胞核內(nèi)DNA分子被整數(shù)個(gè)核小體所包裹的特性。同時(shí)還存在大量小于200bp的片段，代表染色質(zhì)上開放的區(qū)域。這些區(qū)域的DNA分子沒(méi)有核小體的結(jié)合和阻礙，從而使Tn5轉(zhuǎn)座酶可以更為自由地接近并切割DNA鏈，以產(chǎn)生長(zhǎng)度較小的片段。本研究所得到的文庫(kù)中符合ATAC-seq技術(shù)特點(diǎn)的無(wú)核小體區(qū)域峰和單核小體峰均有出現(xiàn)，滿足ENCODE標(biāo)準(zhǔn)（圖3）。2.5 轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)的信號(hào)富集

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]免疫系統(tǒng)和表觀遺傳學(xué)調(diào)控:一個(gè)新的前沿領(lǐng)域[J]. 周光炎.  現(xiàn)代免疫學(xué). 2004(01)



本文編號(hào)：3582435