背景:HLA基因是目前已知的最復雜的人類基因系統(tǒng),具有高度的多態(tài)性,其基因區(qū)域僅占人全基因組大小0.13%,卻與100多種疾病相關,主要在調節(jié)免疫應答、免疫功能紊亂、疾病易感性、癌癥以及藥物反應等方面。對HLA基因的分型,能促進理解疾病的因果關系,以及促進移植醫(yī)學的發(fā)展。而高分辨率的HLA分型結果對自身免疫性疾病和感染性疾病的治療具有重要意義。在移植醫(yī)學領域中,HLA基因的高分辨率分型也極為重要,如果供體與受體之間的HLA配型不合,那么將引發(fā)器官或骨髓移植后產生的免疫排斥反應。建立大規(guī)模HLA高分辨率分型數(shù)據(jù)庫,也是移植醫(yī)學領域和精準醫(yī)療領域所必須的。盡管目前已經開發(fā)了很多基于第二代測序技術的HLA分型方法,但由于低效率、步驟復雜和高成本的原因,限制了這些方法成為群體水平的高通量HLA分型手段。第三代測序技術單分子測序方法能對接近20 kb的序列進行測序,能實現(xiàn)超高分辨率的HLA分型。而傳統(tǒng)的PCR方法在獲得用于第三代測序文庫時具有潛在的如嵌合或斷缺的風險,因此,高質量文庫的獲得對實現(xiàn)超高分辨率的HLA分型至關重要。結果:基于上述原因,我們開發(fā)了一種成本低廉的瓦狀壘疊靶向捕獲測序技術來... 

【文章來源】：浙江大學浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

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【學位級別】：博士

【部分圖文】：

圖１．１．１?ＨＬＡ基因位置示意圖（圖片引自［７］）

ＢＫＤ２?ｖ－，如ｄ＇．??圖１．?１．３?ＨＬＡ基因的功能（圖片引自［１］）。??ＨＬＡ最主要的功能之一是對蛋白質抗原的處理與遞呈。病毒抗原或腫瘤抗原等內源性??抗原，在降解成肽段后與ＨＬＡ－?Ｉ類抗原分子結合后呈遞到細胞表面，供ＣＤ８＂＂Ｔ細胞識別。??而由非自身細胞產生的外源性抗原降解而成的肽段

圖１．３．?１直接測序法和基于ＮＧＳ進行ＨＬＡ分型的實驗流程（圖片引自ｔ４°］）。Ａ．基于一代??測序的ＨＬＡ分型方法流程。如果分型結果出現(xiàn)摸棱兩可的情況，涉及到２－３輪驗證。Ｂ．??基于二代測序的ＨＬＡ分型方法。一次性獲得多個基因的高分辨率分型結果。??１．３．?１下一代測序技術的原理及應用??自２００３年人類基因組計劃完成之后，測序技術發(fā)展迅猛，多種測序產品在市場上出??現(xiàn)，接受市場的檢驗。而下一代測序技術脫穎而出。下一代測序技術又被稱為二代測序技??術或高通量測序技術，這是相對于一代測序技術（Ｓａｎｇｅｒ?Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）而言的。與一代??測序每個反應只能測一條且最多為１０００?ｂｐ的堿基相比，二代測序技術能一次性并行對幾??百萬到幾千萬的短序列ＤＮＡ分子（ｒｅａｄｓ）進行測序（３００－６００?ｂｐ），這使得二代測序技術??在處理大規(guī)模樣品時具有顯著的優(yōu)勢，在測序速度及測序通量上具有無可取代的地位，是??組學研究如全基因組學和轉錄組學中的核心技術［４１］。??一一

【參考文獻】：
期刊論文
[1]枯草芽胞桿菌Bs-916的全基因組分析[J]. 王曉宇,羅楚平,陳志誼,劉永鋒,劉郵洲,聶亞鋒,于俊杰,尹小樂.  中國農業(yè)科學. 2011(23)



本文編號：3571232