目的:通過對(duì)福壽螺感染廣州管圓線蟲前后差異表達(dá)基因的篩選,探究這些差異表達(dá)基因的時(shí)空變化,初步了解廣州管圓線蟲與其中間宿主福壽螺之間的相互作用關(guān)系。方法:1.基于前期小管福壽螺感染廣州管圓線蟲轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果與分析,篩選與感染有關(guān)的差異表達(dá)基因。取感染廣州管圓線蟲1、10、20d的福壽螺肝胰腺和血淋巴樣本,提取總RNA后反轉(zhuǎn)錄,用于熒光定量PCR,對(duì)3個(gè)時(shí)期的基因表達(dá)變化進(jìn)行定量分析和進(jìn)一步探究。2.以實(shí)驗(yàn)室飼養(yǎng)的小管福壽螺為實(shí)驗(yàn)材料,經(jīng)廣州管圓線蟲感染,分別于感染后1、10、20、30 d取其肝胰腺、頭足部、腎臟、腸道和鰓組織,提取RNA反轉(zhuǎn)錄成cDNA,并設(shè)置空白對(duì)照。挑取免疫和細(xì)胞生長(zhǎng)相關(guān)基因進(jìn)行生物信息學(xué)分析,并用熒光定量PCR方法探究其在福壽螺各組織中的表達(dá)、分布以及感染廣州管圓線蟲后的時(shí)空表達(dá)差異。3.以實(shí)驗(yàn)室飼養(yǎng)的成年和幼年小管福壽螺為實(shí)驗(yàn)材料,用不同廣州管圓線蟲蟲量（設(shè)置3個(gè)蟲量:1500條、2500條、3500條）感染螺,分別于感染后1、10、20、30 d取幼年和成年小管福壽螺的血淋巴樣本,提取RNA反轉(zhuǎn)錄成cDNA,并設(shè)置空白對(duì)照。挑取免疫和細(xì)胞生長(zhǎng)相關(guān)基因進(jìn)行生物... 

【文章來源】：中國(guó)疾病預(yù)防控制中心北京市

【文章頁數(shù)】：84 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

基因功能富集圖

感染后１、１０、２０ｄ相對(duì)空白組的差異表達(dá)基因，具體差異數(shù)目如圖２所示，在??感染后的３個(gè)時(shí)期，下調(diào)基因數(shù)目均多于上調(diào)基因數(shù)，感染１０?ｄ時(shí)的差異表達(dá)??基因總數(shù)最少。各時(shí)期差異基因韋恩圖如圖３所示，其中在３個(gè)感染期相對(duì)空白??組均有差異表達(dá)的基因僅有１３個(gè)。??的??８｝??７Ｄ??，６３??ｌ｜?５３??Ｓｉ?４３??｜??Ｉ?ｌｌｌｌ?Ｉ?ｌｌ?Ｉ?Ｉ?ＩＩＩ?ｌｌｌｌｌｌｌ??Ａ＂?／?／?＞?／?儀Ｖ??Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ?ｐｒｔＫｆｓｓ?Ｃｅｌｌｕｌａｒ?Ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ?Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ?Ｉ?ｕｎｃｌｉｏｎ??圖１基因功能富集圖??Ｆｉｇｕｒｅ．?１?Ｇｅｎｅ?ｆｕｎｃｔｉｏｎ?ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ??７??

ｔ基因的拷貝數(shù)，本實(shí)驗(yàn)中以對(duì)照組為空白對(duì)照，以廣州管圓線蟲處理組為實(shí)驗(yàn)組，??小管福壽螺】８ｓ基因作為內(nèi)參基因。采用ｅＡ－ＡＡＣｔ?（ｅ為擴(kuò)增效率）計(jì)算目的基??因的差異表達(dá)倍數(shù)，其中ＡＣｔ?（實(shí)驗(yàn)組）＝Ｃｔ?（目的基因）－Ｃｔ?（內(nèi)參基因），??ＡＣｔ?（對(duì)照組）＝Ｃｔ?（目的基因）－Ｃｔ?（內(nèi)參基因），ＡＡＣｔ＝ＡＣｔ?（實(shí)驗(yàn)組）－ＡＣｔ??（對(duì)照組），目的基因在感染處理后相對(duì)未處理組的表達(dá)變化倍數(shù)為Ｋ－ＡＡＣｔ??（根據(jù)前期預(yù)實(shí)驗(yàn)，ｅ默認(rèn)為２）。??３．３結(jié)果??在本實(shí)驗(yàn)中提取的ＲＮＡ，分光光度計(jì)檢測(cè)顯示，ＯＤ２６０／ＯＤ２８０值均在１．７－２．１??之間，ＯＤ２６０／ＯＤ２３０的比值均在２．０－２．４，?ＲＮＡ濃度值均大于１００ｎｇ／ｕｌ說明提取??的ＲＮＡ完整性較高，品質(zhì)較好，可以用于后續(xù)的逆轉(zhuǎn)錄實(shí)驗(yàn)。??在熒光定量實(shí)驗(yàn)中，目的基因和內(nèi)參基因的擴(kuò)增曲線和融解曲線清晰，均達(dá)??到了分析標(biāo)準(zhǔn)，部分結(jié)果如下圖５。??


本文編號(hào)：3570986