背景和目的:手足口病近年來在我國和東南亞地區(qū)國家造成了數百萬的感染,導致嚴重的公共衛(wèi)生問題。在我國呈高發(fā)趨勢的手足口病病原體是腸道病毒EV-71型和柯薩奇病毒CV-A16型。深入研究腸道病毒的基因組特點和進化規(guī)律,將對手足口病的流行和防治起到至關重要的作用。雖然目前臨床診斷腸道病毒以檢測到病毒核酸為確診指標之一,但只是確認病毒的局部特征片段,并不能獲取全基因組序列,不能支持腸道病毒的深入研究,而對腸道病毒進行基因組比較分析必須首先找到能夠擴增我國腸道病毒流行株的引物。本研究通過調查近年來我國腸道病毒流行株的全基因組序列,建立一種能夠獲得我國腸道病毒序列的通用擴增方法,為今后的手足口病流行病學分析、致病機理等打下基礎。方法:收集我國近五年各地報道的腸道病毒流行株全基因組序列作為參考序列,對參考序列進行比對分析,在保守區(qū)設計通用引物,以本實驗室保存的腸道病毒毒株對引物進行篩選和驗證。利用經過優(yōu)化的3’RACE、長距離PCR擴增腸道病毒編碼區(qū)和3’UTR區(qū),利用簡并引物擴增腸道病毒5’UTR區(qū),獲得腸道病毒的全基因組序列。使用Ion Torrent PGM二代測序儀對擴增產物進行深度測序以對... 

【文章來源】：軍事科學院北京市

【文章頁數】：81 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

腸道病毒5‘UTR區(qū)532bp至568bp比對結果

腸道病毒5‘UTR區(qū)7bp至27bp比對結果

圖 1.3 P3U-T 引物逆轉錄腸道病毒 RNA 獲得腸道病毒全長的 cDNA 產物 P3U-T 引物逆轉錄得到的 cDNA 為模板進行長距離 PCR 擴增，驗 P3U-T2 引物的有效性。我們對上述引物的擴增產物進行瓊脂糖電圖 1.4 顯示，DNA 電泳泳道從左至右依次是 Marker、HEV-96、H19、HEV-1376，可見 4 株腸道病毒均成功擴增出長度約 7000bp 左右特異性擴增。該 DNA 電泳圖結果顯示 P3U-5 引物和 P3U-T2 引物病毒多聚蛋白編碼區(qū)和 3’ UTR 區(qū)序列，且擴增的特異性較好。

【參考文獻】：
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博士論文
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本文編號：3555933