目的將質(zhì)粒電泳檢測(cè)不到pMT1質(zhì)粒而F1抗原陽(yáng)性的兩株鼠疫菌進(jìn)行基因組測(cè)序及生物信息學(xué)分析,明確其pMT1質(zhì)粒序列是否整合至染色體,整合位置和可能的整合機(jī)制,以及整合對(duì)F1抗原表達(dá)和生化特性是否有影響。方法通過(guò)提取鼠疫O-1和ST菌株的全基因組DNA,進(jìn)行測(cè)序組裝,獲得全基因組序列及其圈圖;通過(guò)與參考菌株基因組序列比較來(lái)描述基因組一般特征;通過(guò)序列比對(duì)（Blast/Mauve）確定整合位點(diǎn),再通過(guò)引物設(shè)計(jì)和PCR擴(kuò)增來(lái)驗(yàn)證整合位點(diǎn);最后進(jìn)行F1抗原檢測(cè)和生化測(cè)定。結(jié)果O-1菌株基因組包括一個(gè)環(huán)狀染色體（4.79Mb）,兩個(gè)環(huán)狀質(zhì)粒（70.3Kb,9.6Kb）;O-1菌株染色體基因數(shù)目較CO92菌株多,染色體的插入序列（尤其是IS100和IS1541）較CO92菌株多;O-1菌株質(zhì)粒（p CD1和p PCP1）與CO92菌株很相似,但O-1菌株無(wú)獨(dú)立存在的pMT1質(zhì)粒。pMT1質(zhì)粒序列位于O-1菌株染色體中,從1429315至1526240,序列長(zhǎng)度為96926bp;且整合位點(diǎn)被PCR擴(kuò)增證實(shí);O-1菌株pMT1質(zhì)粒序列含有5個(gè)IS序列:2個(gè)IS100,2個(gè)IS1541A,1個(gè)IS285... 

【文章來(lái)源】：大理大學(xué)云南省

【文章頁(yè)數(shù)】：71 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

鼠疫菌株質(zhì)粒DNA電泳圖

兩 個(gè) 質(zhì) 粒（pCD1,pPCP1），缺失 pMT1 質(zhì)粒。詳見(jiàn)圖 3.1。圖 3.1 鼠疫菌株質(zhì)粒 DNA 電泳圖3.2 基因組 DNA 提取從電泳結(jié)果看，O-1 的 5 個(gè)平行樣本中 1 和 2 的條帶較強(qiáng)，其余相對(duì)較弱；ST的 5 個(gè)平行樣本 8 和 9 的條帶較強(qiáng)，其余相對(duì)較弱，與 Marker 對(duì)照，條帶高度大于對(duì)照，即提取的 DNA 大小是大于 10Kb 的。詳見(jiàn)圖 3.2。圖 3.2 鼠疫菌 ST 和 O-1 基因組 DNA 電泳圖注：1-5 號(hào)為 O-1 菌株 DNA，6-10 號(hào)為 ST 菌株 DNA，EV 為 EV76 菌株,做對(duì)照，M 為 1Kb Marker

圖 3.3 O-1 菌株的染色體圈圖注：最外部刻度線的單位為 bp；由外圈至內(nèi)圈依次為：第 1 圈是刻度線，線上的紅色區(qū)域代表染色體中 pMT1 序列的位置；第 2 和 3 圈分別代表染色體基因的正鏈和反鏈（藍(lán)綠色和玫紅色）；第 4 圈代表 IS100(綠色）；第 5 圈代表 IS1541A（紅色）；第 6 圈代表 IS285（深藍(lán)色）；第 7 圈代表 IS1661（棕色）；第 8 圈代表 G+C%含量（黑色高于基因組平均值，灰色低于基因組平均值）；第 9 圈代表 GC skew 曲線（GC 偏移：G-C/G+C），黃綠色代表值大于 1，紫色代表值小于 1。

【參考文獻(xiàn)】：
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碩士論文
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