兩株鼠疫菌pMT1質(zhì)粒整合入染色體位置的研究
發(fā)布時間：2021-12-17 03:51
目的將質(zhì)粒電泳檢測不到pMT1質(zhì)粒而F1抗原陽性的兩株鼠疫菌進行基因組測序及生物信息學(xué)分析,明確其pMT1質(zhì)粒序列是否整合至染色體,整合位置和可能的整合機制,以及整合對F1抗原表達和生化特性是否有影響。方法通過提取鼠疫O-1和ST菌株的全基因組DNA,進行測序組裝,獲得全基因組序列及其圈圖;通過與參考菌株基因組序列比較來描述基因組一般特征;通過序列比對（Blast/Mauve）確定整合位點,再通過引物設(shè)計和PCR擴增來驗證整合位點;最后進行F1抗原檢測和生化測定。結(jié)果O-1菌株基因組包括一個環(huán)狀染色體（4.79Mb）,兩個環(huán)狀質(zhì)粒（70.3Kb,9.6Kb）;O-1菌株染色體基因數(shù)目較CO92菌株多,染色體的插入序列（尤其是IS100和IS1541）較CO92菌株多;O-1菌株質(zhì)粒（p CD1和p PCP1）與CO92菌株很相似,但O-1菌株無獨立存在的pMT1質(zhì)粒。pMT1質(zhì)粒序列位于O-1菌株染色體中,從1429315至1526240,序列長度為96926bp;且整合位點被PCR擴增證實;O-1菌株pMT1質(zhì)粒序列含有5個IS序列:2個IS100,2個IS1541A,1個IS285...
【文章來源】：大理大學(xué)云南省
【文章頁數(shù)】：71 頁
【學(xué)位級別】：碩士
【部分圖文】：
鼠疫菌株質(zhì)粒DNA電泳圖
兩 個 質(zhì) 粒（pCD1,pPCP1），缺失 pMT1 質(zhì)粒。詳見圖 3.1。圖 3.1 鼠疫菌株質(zhì)粒 DNA 電泳圖3.2 基因組 DNA 提取從電泳結(jié)果看，O-1 的 5 個平行樣本中 1 和 2 的條帶較強，其余相對較弱；ST的 5 個平行樣本 8 和 9 的條帶較強，其余相對較弱，與 Marker 對照，條帶高度大于對照，即提取的 DNA 大小是大于 10Kb 的。詳見圖 3.2。圖 3.2 鼠疫菌 ST 和 O-1 基因組 DNA 電泳圖注：1-5 號為 O-1 菌株 DNA，6-10 號為 ST 菌株 DNA，EV 為 EV76 菌株,做對照，M 為 1Kb Marker
圖 3.3 O-1 菌株的染色體圈圖注：最外部刻度線的單位為 bp；由外圈至內(nèi)圈依次為：第 1 圈是刻度線，線上的紅色區(qū)域代表染色體中 pMT1 序列的位置；第 2 和 3 圈分別代表染色體基因的正鏈和反鏈（藍綠色和玫紅色）；第 4 圈代表 IS100(綠色）；第 5 圈代表 IS1541A（紅色）；第 6 圈代表 IS285（深藍色）；第 7 圈代表 IS1661（棕色）；第 8 圈代表 G+C%含量（黑色高于基因組平均值，灰色低于基因組平均值）；第 9 圈代表 GC skew 曲線（GC 偏移：G-C/G+C），黃綠色代表值大于 1，紫色代表值小于 1。
【參考文獻】：
期刊論文
[1]2005-2017年云南省玉龍鼠疫自然疫源地鼠疫流行病學(xué)分析[J]. 劉正祥,蔡文鳳,邵宗體,段興德,高子厚. 疾病監(jiān)測. 2019(03)
[2]河北省1950—2013年動物鼠疫流行特征調(diào)查分析[J]. 馬勇,杜國義,周松,劉冠純,楊順林,王海峰,張懿暉,楊建明,姚劍坤,崔樹學(xué),謝樹軍. 中國媒介生物學(xué)及控制雜志. 2018(03)
[3]1980-2015年青海省海北州鼠疫流行病學(xué)分析[J]. 趙小龍,何建,李積成,辛有全,趙海紅,楊曉艷,金泳,熊浩明,代瑞霞,魏柏青,祁芝珍. 醫(yī)學(xué)動物防制. 2018(05)
[4]1996-2005年云南省紅河州鼠疫監(jiān)測結(jié)果分析[J]. 陳黎,張曄,倪俐,李衛(wèi). 現(xiàn)代預(yù)防醫(yī)學(xué). 2017(16)
[5]2010-2015年全球鼠疫流行概況[J]. 龔震宇,龔訓(xùn)良. 疾病監(jiān)測. 2016(08)
[6]中國鼠疫自然疫源地研究進展[J]. 魏兆飛,尹家祥. 中國人獸共患病學(xué)報. 2015(12)
[7]鼠疫菌3種常見質(zhì)粒的結(jié)構(gòu)特征分析[J]. 梁瑩,海榮,蔡虹. 中國媒介生物學(xué)及控制雜志. 2015(01)
[8]中國鼠疫耶爾森菌染色體結(jié)構(gòu)特征的研究[J]. 梁瑩,張志凱,趙宏群,蔡虹,夏連續(xù). 中華地方病學(xué)雜志. 2014 (05)
[9]中國鼠疫防治概述[J]. 邵奎東,叢顯斌,呂景生,徐成,鞠成. 中國地方病防治雜志. 2013(06)
[10]中國鼠疫自然疫源地研究進展[J]. 海榮. 中國媒介生物學(xué)及控制雜志. 2011(04)
博士論文
[1]鼠疫耶爾森菌質(zhì)粒缺失株的構(gòu)建及其致病相關(guān)的研究[D]. 倪斌.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2008
碩士論文
[1]鼠疫耶爾森氏菌降解其分泌的鼠毒素研究[D]. 范艷曉.安徽醫(yī)科大學(xué) 2016
本文編號：3539357
【文章來源】：大理大學(xué)云南省
【文章頁數(shù)】：71 頁
【學(xué)位級別】：碩士
【部分圖文】：
鼠疫菌株質(zhì)粒DNA電泳圖
兩 個 質(zhì) 粒（pCD1,pPCP1），缺失 pMT1 質(zhì)粒。詳見圖 3.1。圖 3.1 鼠疫菌株質(zhì)粒 DNA 電泳圖3.2 基因組 DNA 提取從電泳結(jié)果看，O-1 的 5 個平行樣本中 1 和 2 的條帶較強，其余相對較弱；ST的 5 個平行樣本 8 和 9 的條帶較強，其余相對較弱，與 Marker 對照，條帶高度大于對照，即提取的 DNA 大小是大于 10Kb 的。詳見圖 3.2。圖 3.2 鼠疫菌 ST 和 O-1 基因組 DNA 電泳圖注：1-5 號為 O-1 菌株 DNA，6-10 號為 ST 菌株 DNA，EV 為 EV76 菌株,做對照，M 為 1Kb Marker
圖 3.3 O-1 菌株的染色體圈圖注：最外部刻度線的單位為 bp；由外圈至內(nèi)圈依次為：第 1 圈是刻度線，線上的紅色區(qū)域代表染色體中 pMT1 序列的位置；第 2 和 3 圈分別代表染色體基因的正鏈和反鏈（藍綠色和玫紅色）；第 4 圈代表 IS100(綠色）；第 5 圈代表 IS1541A（紅色）；第 6 圈代表 IS285（深藍色）；第 7 圈代表 IS1661（棕色）；第 8 圈代表 G+C%含量（黑色高于基因組平均值，灰色低于基因組平均值）；第 9 圈代表 GC skew 曲線（GC 偏移：G-C/G+C），黃綠色代表值大于 1，紫色代表值小于 1。
【參考文獻】：
期刊論文
[1]2005-2017年云南省玉龍鼠疫自然疫源地鼠疫流行病學(xué)分析[J]. 劉正祥,蔡文鳳,邵宗體,段興德,高子厚. 疾病監(jiān)測. 2019(03)
[2]河北省1950—2013年動物鼠疫流行特征調(diào)查分析[J]. 馬勇,杜國義,周松,劉冠純,楊順林,王海峰,張懿暉,楊建明,姚劍坤,崔樹學(xué),謝樹軍. 中國媒介生物學(xué)及控制雜志. 2018(03)
[3]1980-2015年青海省海北州鼠疫流行病學(xué)分析[J]. 趙小龍,何建,李積成,辛有全,趙海紅,楊曉艷,金泳,熊浩明,代瑞霞,魏柏青,祁芝珍. 醫(yī)學(xué)動物防制. 2018(05)
[4]1996-2005年云南省紅河州鼠疫監(jiān)測結(jié)果分析[J]. 陳黎,張曄,倪俐,李衛(wèi). 現(xiàn)代預(yù)防醫(yī)學(xué). 2017(16)
[5]2010-2015年全球鼠疫流行概況[J]. 龔震宇,龔訓(xùn)良. 疾病監(jiān)測. 2016(08)
[6]中國鼠疫自然疫源地研究進展[J]. 魏兆飛,尹家祥. 中國人獸共患病學(xué)報. 2015(12)
[7]鼠疫菌3種常見質(zhì)粒的結(jié)構(gòu)特征分析[J]. 梁瑩,海榮,蔡虹. 中國媒介生物學(xué)及控制雜志. 2015(01)
[8]中國鼠疫耶爾森菌染色體結(jié)構(gòu)特征的研究[J]. 梁瑩,張志凱,趙宏群,蔡虹,夏連續(xù). 中華地方病學(xué)雜志. 2014 (05)
[9]中國鼠疫防治概述[J]. 邵奎東,叢顯斌,呂景生,徐成,鞠成. 中國地方病防治雜志. 2013(06)
[10]中國鼠疫自然疫源地研究進展[J]. 海榮. 中國媒介生物學(xué)及控制雜志. 2011(04)
博士論文
[1]鼠疫耶爾森菌質(zhì)粒缺失株的構(gòu)建及其致病相關(guān)的研究[D]. 倪斌.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2008
碩士論文
[1]鼠疫耶爾森氏菌降解其分泌的鼠毒素研究[D]. 范艷曉.安徽醫(yī)科大學(xué) 2016
本文編號：3539357
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