基于GenBank數(shù)據(jù)庫的不同基因型細(xì)粒棘球絳蟲系統(tǒng)進(jìn)化分析
發(fā)布時間：2021-08-20 18:25
目的分析GenBank數(shù)據(jù)庫中公布的細(xì)粒棘球絳蟲各基因型細(xì)胞色素C氧化酶亞基Ⅰ（Cox1）基因序列,探索細(xì)粒棘球絳蟲各基因型在全球不同地區(qū)的遺傳變異及分化情況。方法收集GenBank數(shù)據(jù)庫中公布的不同基因型細(xì)粒棘球絳蟲Cox1基因序列,排除同一地區(qū)內(nèi)相同基因序列,尋找收集的基因序列間的變異位點并構(gòu)建進(jìn)化樹,觀察不同地區(qū)細(xì)粒棘球絳蟲各基因型的地域聚集性及原始基因序列。結(jié)果通過對Cox1基因序列變異位點統(tǒng)計,發(fā)現(xiàn)細(xì)粒棘球絳蟲Cox1基因突變類型以顛換為主,G1、G6、G7基因型在其分布的各地區(qū)均有相同Cox1基因序列,基因序列相對應(yīng)的GenBank登錄號分別為KY766891、MH300971、MH301007。系統(tǒng)進(jìn)化分析發(fā)現(xiàn)G10基因型存在明顯地域聚集性。結(jié)論細(xì)粒棘球絳蟲G1、G6、G7基因型存在原始Cox1基因序列;G10基因型進(jìn)化樹中出現(xiàn)地域聚集性,存在生殖隔離趨勢。
【文章來源】：中國血吸蟲病防治雜志. 2020,32(01)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】：12 頁
【部分圖文】：
基于CoxCox1基因的細(xì)粒棘球絳蟲GG1基因型分子進(jìn)化樹Fig.1PhylogenetictreeoftheEchinococcusgranulosusGG1genotypebasedontheCoxCox1gene注：ME中東；AF非洲；SA南美洲；AS亞洲；NA北美洲；EU歐洲；AU澳大利亞Note:MEMiddleEast;AFAfrica;SASouthAmerica;ASAsia;NANorthAmerica;EUEurope;AUAustralia
中國血吸蟲病防治雜志2020年第32卷第1期ChinJSchistoControl2020，Vol.32，No.1表3細(xì)粒棘球絳蟲GG3基因型CoxCox1基因變異位點Table3ThemutationsiteoftheCoxCox1geneinEchinococcusgranulosusGG3genotype地理位置Geographicallocation亞洲Asia歐洲Europe非洲Africa中東MiddleEastG3基因型GenBank登錄號GenBankaccessionnumberoftheG3genotypeKJ559023MG682542MG682512MG682529MG682532KY766900KY766897KX020358KX020351KX020350KU697314MG682544MG682515MG682539KY766894核苷酸變異位點Nucleotidevariationsite189CT299TC325AG402CT614CT633CT675CTTTTTTTTTTTTTT678TC717CT777GA918CT1126GT1398AG1601DGGGGGGGGGGGGGG注：EU歐洲；AF非洲；AS亞洲；ME中東Note:EUEurope;AFAfrica;ASAsia;MEMiddleEast圖2基于CoxCox1基因的細(xì)粒棘球絳蟲GG3基因型分子進(jìn)化樹Fig.2PhylogenetictreeoftheEchinococcusgranulosusGG3genotypebasedontheCoxCox1gene··40
中國血吸蟲病防治雜志2020年第32卷第1期ChinJSchistoControl2020，Vol.32，No.13細(xì)粒棘球絳蟲GG4基因型3.1細(xì)粒棘球絳蟲G4基因型Cox1基因序列分析目前，GenBank數(shù)據(jù)庫中細(xì)粒棘球絳蟲G4基因型不同Cox1基因序列共公布了5份，以GenBank登錄號為KP161208的蟲株Cox1基因序列為參照，共發(fā)現(xiàn)4處變異位點，全部為顛換，具體突變位點見表4。3.2細(xì)粒棘球絳蟲G4基因型分子進(jìn)化樹以細(xì)粒棘球絳蟲G1基因型作為外群，構(gòu)建細(xì)粒棘球絳蟲G4基因型遺傳進(jìn)化樹見圖3。由于目前GenBank數(shù)據(jù)庫中公布的細(xì)粒棘球絳蟲G4基因型Cox1基因序列較少，且蟲株主要分布在非洲，因此代表性較差。從現(xiàn)有Cox1基因序列分析，歐洲及非洲地區(qū)細(xì)粒棘球絳蟲G4基因型無區(qū)域聚集性，彼此間無生殖隔離趨勢。4細(xì)粒棘球絳蟲GG5基因型4.1細(xì)粒棘球絳蟲G5基因型Cox1基因序列分析共收集了15個細(xì)粒棘球絳蟲G5基因型Cox1基因序列，其中Cox1基因序列不同的蟲株14株。以GenBank登錄號為KY766908的蟲株Cox1基因序列為參照，共發(fā)現(xiàn)突變位點11處，其中顛換位點10處、轉(zhuǎn)換位點2處；第933號位點出現(xiàn)顛換和轉(zhuǎn)換兩種突變形式（表5）。各基因序列中，亞洲地區(qū)GenBank登錄號為AB235846的蟲株與北美洲GenBank登錄號為KX010903的蟲株Cox1基因序列相同；亞洲地區(qū)GenBank登錄號為KY766908的蟲株與非洲登錄號KU743915的蟲株Cox1基因序列相同。4.2細(xì)粒棘球絳蟲G5基因型分子進(jìn)化樹以細(xì)粒棘球絳蟲G6基因型作為外群，構(gòu)建細(xì)粒棘球絳蟲G5基因型進(jìn)化樹見圖4。從進(jìn)化樹中可以看出各地區(qū)G5基因型蟲株彼此之間進(jìn)化關(guān)系?
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]青海省多房棘球絳蟲分子種系發(fā)生研究[J]. 朱文君,韓秀敏,蔡其剛,孫艷秋,郭亞民. 中國血吸蟲病防治雜志. 2019(06)
[2]青海天峻地區(qū)人和羊源細(xì)粒棘球蚴流行株基因分型及基因多態(tài)性研究[J]. 張學(xué)勇,簡瑩娜,李秀萍,韓秀敏,才旦卓瑪,李福壽,馬利青. 中國血吸蟲病防治雜志. 2018(02)
[3]細(xì)粒棘球絳蟲分型和分類研究進(jìn)展[J]. 楊東,劉愛芹,趙威,張唯哲. 熱帶醫(yī)學(xué)雜志. 2015(09)
碩士論文
[1]青海省兩型棘球?qū)俳{蟲分子種系發(fā)生的研究[D]. 朱文君.青海大學(xué) 2018
本文編號：3354005
【文章來源】：中國血吸蟲病防治雜志. 2020,32(01)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】：12 頁
【部分圖文】：
基于CoxCox1基因的細(xì)粒棘球絳蟲GG1基因型分子進(jìn)化樹Fig.1PhylogenetictreeoftheEchinococcusgranulosusGG1genotypebasedontheCoxCox1gene注：ME中東；AF非洲；SA南美洲；AS亞洲；NA北美洲；EU歐洲；AU澳大利亞Note:MEMiddleEast;AFAfrica;SASouthAmerica;ASAsia;NANorthAmerica;EUEurope;AUAustralia
中國血吸蟲病防治雜志2020年第32卷第1期ChinJSchistoControl2020，Vol.32，No.1表3細(xì)粒棘球絳蟲GG3基因型CoxCox1基因變異位點Table3ThemutationsiteoftheCoxCox1geneinEchinococcusgranulosusGG3genotype地理位置Geographicallocation亞洲Asia歐洲Europe非洲Africa中東MiddleEastG3基因型GenBank登錄號GenBankaccessionnumberoftheG3genotypeKJ559023MG682542MG682512MG682529MG682532KY766900KY766897KX020358KX020351KX020350KU697314MG682544MG682515MG682539KY766894核苷酸變異位點Nucleotidevariationsite189CT299TC325AG402CT614CT633CT675CTTTTTTTTTTTTTT678TC717CT777GA918CT1126GT1398AG1601DGGGGGGGGGGGGGG注：EU歐洲；AF非洲；AS亞洲；ME中東Note:EUEurope;AFAfrica;ASAsia;MEMiddleEast圖2基于CoxCox1基因的細(xì)粒棘球絳蟲GG3基因型分子進(jìn)化樹Fig.2PhylogenetictreeoftheEchinococcusgranulosusGG3genotypebasedontheCoxCox1gene··40
中國血吸蟲病防治雜志2020年第32卷第1期ChinJSchistoControl2020，Vol.32，No.13細(xì)粒棘球絳蟲GG4基因型3.1細(xì)粒棘球絳蟲G4基因型Cox1基因序列分析目前，GenBank數(shù)據(jù)庫中細(xì)粒棘球絳蟲G4基因型不同Cox1基因序列共公布了5份，以GenBank登錄號為KP161208的蟲株Cox1基因序列為參照，共發(fā)現(xiàn)4處變異位點，全部為顛換，具體突變位點見表4。3.2細(xì)粒棘球絳蟲G4基因型分子進(jìn)化樹以細(xì)粒棘球絳蟲G1基因型作為外群，構(gòu)建細(xì)粒棘球絳蟲G4基因型遺傳進(jìn)化樹見圖3。由于目前GenBank數(shù)據(jù)庫中公布的細(xì)粒棘球絳蟲G4基因型Cox1基因序列較少，且蟲株主要分布在非洲，因此代表性較差。從現(xiàn)有Cox1基因序列分析，歐洲及非洲地區(qū)細(xì)粒棘球絳蟲G4基因型無區(qū)域聚集性，彼此間無生殖隔離趨勢。4細(xì)粒棘球絳蟲GG5基因型4.1細(xì)粒棘球絳蟲G5基因型Cox1基因序列分析共收集了15個細(xì)粒棘球絳蟲G5基因型Cox1基因序列，其中Cox1基因序列不同的蟲株14株。以GenBank登錄號為KY766908的蟲株Cox1基因序列為參照，共發(fā)現(xiàn)突變位點11處，其中顛換位點10處、轉(zhuǎn)換位點2處；第933號位點出現(xiàn)顛換和轉(zhuǎn)換兩種突變形式（表5）。各基因序列中，亞洲地區(qū)GenBank登錄號為AB235846的蟲株與北美洲GenBank登錄號為KX010903的蟲株Cox1基因序列相同；亞洲地區(qū)GenBank登錄號為KY766908的蟲株與非洲登錄號KU743915的蟲株Cox1基因序列相同。4.2細(xì)粒棘球絳蟲G5基因型分子進(jìn)化樹以細(xì)粒棘球絳蟲G6基因型作為外群，構(gòu)建細(xì)粒棘球絳蟲G5基因型進(jìn)化樹見圖4。從進(jìn)化樹中可以看出各地區(qū)G5基因型蟲株彼此之間進(jìn)化關(guān)系?
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]青海省多房棘球絳蟲分子種系發(fā)生研究[J]. 朱文君,韓秀敏,蔡其剛,孫艷秋,郭亞民. 中國血吸蟲病防治雜志. 2019(06)
[2]青海天峻地區(qū)人和羊源細(xì)粒棘球蚴流行株基因分型及基因多態(tài)性研究[J]. 張學(xué)勇,簡瑩娜,李秀萍,韓秀敏,才旦卓瑪,李福壽,馬利青. 中國血吸蟲病防治雜志. 2018(02)
[3]細(xì)粒棘球絳蟲分型和分類研究進(jìn)展[J]. 楊東,劉愛芹,趙威,張唯哲. 熱帶醫(yī)學(xué)雜志. 2015(09)
碩士論文
[1]青海省兩型棘球?qū)俳{蟲分子種系發(fā)生的研究[D]. 朱文君.青海大學(xué) 2018
本文編號：3354005
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