發(fā)布時間：2017-04-29 15:03

  本文關鍵詞：膜蛋白TAP分子與抗原肽相互作用的拉伸分子動力學研究，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：與抗原呈遞相關轉(zhuǎn)運體(transporter associated with antigen processing, TAP)在抗原呈遞進程中起著至關重要的作用,它將蛋白酶降解產(chǎn)生的肽類從細胞質(zhì)里轉(zhuǎn)運到內(nèi)質(zhì)網(wǎng)腔中。近來越來越多的研究證實其與多種慢性感染疾病、自身免疫疾病等有很強的關聯(lián)。盡管如此,但是由于其實驗數(shù)據(jù)的缺乏,仍然有很多問題亟待解決,如TAP蛋白質(zhì)的具體構(gòu)象,在轉(zhuǎn)運抗原肽過程中信號傳導與轉(zhuǎn)運機制等。本文采用拉伸分子動力學(steered molecular dynamics, SMD)模擬抗原肽與TAP相互作用,通過在抗原肽上施加虛擬牽引力,使抗原肽通過TAP形成的轉(zhuǎn)運通道。在模擬過程中,由于通道結(jié)構(gòu)的不規(guī)則性以及抗原肽和TAP拉伸過程中的相互作用,故不能采用固定方向的拉伸模式,所以本文采用了選取最優(yōu)化方向來實現(xiàn)拉伸過程。經(jīng)過1483ps時間的SMD模擬,抗原肽順利穿過了TAP分子,到達內(nèi)質(zhì)網(wǎng)腔,完成了轉(zhuǎn)運過程。根據(jù)模擬過程中體系均方根偏差(Root Mean Square Deviation, RMSD)、均方根波動(Root Mean Square Fluctuation, RMSF)和特殊氨基酸位置的變化,分析模擬過程中的結(jié)構(gòu)變化,得到以下結(jié)論：經(jīng)過SMD模擬,由于抗原肽與TAP的相互作用,膜蛋白TAP分子面向細胞質(zhì)的開口變小,而面向內(nèi)質(zhì)網(wǎng)的開口變大。
【關鍵詞】：與抗原呈遞相關轉(zhuǎn)運體 轉(zhuǎn)運機制 拉伸分子動力學 均方根偏差 均方根波動
【學位授予單位】：大連理工大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2015
【分類號】：R392;Q615
【目錄】：

• 摘要4-5
• ABSTRACT5-8
• 1 緒論8-12
• 1.1 研究背景8-10
• 1.2 研究現(xiàn)狀10-11
• 1.3 研究內(nèi)容及意義11-12
• 2 理論基礎和方法介紹12-32
• 2.1 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)簡介12-14
• 2.2 蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫介紹14-15
• 2.3 蛋白質(zhì)相互作用15-16
• 2.4 同源模型的建立16-22
• 2.5 分子模擬技術(shù)簡介22-24
• 2.6 拉伸分子動力學24-30
• 2.6.1 拉伸分子動力學原理24-26
• 2.6.2 拉伸幾何結(jié)構(gòu)的技巧26-30
• 2.7 GROMACS軟件包簡介30-32
• 3 模擬過程32-36
• 3.1 體系介紹32-33
• 3.2 拉伸方向分析33-34
• 3.3 參數(shù)設置34-36
• 4 結(jié)果數(shù)據(jù)及分析36-46
• 4.1 模擬過程結(jié)構(gòu)變化分析36-40
• 4.2 模擬前后體系結(jié)構(gòu)比對40-46
• 結(jié)論46-47
• 參考文獻47-50
• 攻讀碩士學位期間發(fā)表學術(shù)論文情況50-51
• 致謝51-52

【共引文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前2條

1 仇飛飛;呂秋萍;萬光倫;陳召靈;;ABCG2及其在喉癌中的研究進展[J];安徽醫(yī)藥;2014年04期

2 楊杰;董宋鵬;李子彬;高鳳山;;抗原處理相關轉(zhuǎn)運體蛋白的研究進展[J];生命科學;2014年10期

中國碩士學位論文全文數(shù)據(jù)庫 前3條

1 潘顯超;多肽TAP親和活性預測與分子模擬研究[D];重慶大學;2013年

2 仇飛飛;穩(wěn)定轉(zhuǎn)染ABCG2 shRNA真核沉默載體的人喉癌Hep-2細胞的建立及其SP檢測[D];安徽醫(yī)科大學;2014年

3 劉銀麗;基于腸道吸收模型與腸道轉(zhuǎn)運蛋白的元胡白芷藥對配伍規(guī)律研究[D];第二軍醫(yī)大學;2014年

  本文關鍵詞：膜蛋白TAP分子與抗原肽相互作用的拉伸分子動力學研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號：335085